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- PDB-8qgx: Complex between human neutrophil elastase with nanobody NbE201 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qgx
タイトルComplex between human neutrophil elastase with nanobody NbE201
要素
  • NbE201
  • Neutrophil elastase
キーワードHYDROLASE / nanobody / elastase / inhibitor / serine protease
機能・相同性
機能・相同性情報


leukocyte elastase / biosynthetic process of antibacterial peptides active against Gram-negative bacteria / Expression of NOTCH2NL genes / acute inflammatory response to antigenic stimulus / neutrophil-mediated killing of fungus / negative regulation of chemotaxis / positive regulation of leukocyte tethering or rolling / response to yeast / leukocyte migration involved in inflammatory response / negative regulation of interleukin-8 production ...leukocyte elastase / biosynthetic process of antibacterial peptides active against Gram-negative bacteria / Expression of NOTCH2NL genes / acute inflammatory response to antigenic stimulus / neutrophil-mediated killing of fungus / negative regulation of chemotaxis / positive regulation of leukocyte tethering or rolling / response to yeast / leukocyte migration involved in inflammatory response / negative regulation of interleukin-8 production / negative regulation of chemokine production / Antimicrobial peptides / pyroptotic inflammatory response / cytokine binding / neutrophil-mediated killing of gram-negative bacterium / Activation of Matrix Metalloproteinases / positive regulation of MAP kinase activity / Collagen degradation / extracellular matrix disassembly / Pyroptosis / phagocytosis / response to UV / phagocytic vesicle / Degradation of the extracellular matrix / transcription repressor complex / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / secretory granule / Regulation of Complement cascade / positive regulation of interleukin-8 production / protein catabolic process / positive regulation of immune response / negative regulation of inflammatory response / specific granule lumen / intracellular calcium ion homeostasis / azurophil granule lumen / transcription corepressor activity / peptidase activity / heparin binding / : / protease binding / response to lipopolysaccharide / endopeptidase activity / defense response to bacterium / serine-type endopeptidase activity / intracellular membrane-bounded organelle / Neutrophil degranulation / cell surface / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / Golgi apparatus / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin ...: / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Neutrophil elastase
類似検索 - 構成要素
生物種Lama glama (ラマ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Morales-Yanez, F. / Redeghieri, P. / Moray, J. / Dumoulin, M. / Kerff, F.
資金援助 ベルギー, 1件
組織認可番号国
Service public de Wallonie1710173 ベルギー
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2024
タイトル: Enzymatic, structural, and biophysical characterization of a single-domain antibody (VHH) selectively and tightly inhibiting neutrophil elastase and exhibiting favorable developability properties.
著者: Redeghieri, P. / Moray, J. / Kerff, F. / Gohy, S. / Leal, T. / Muyldermans, S. / Vanbever, R. / Morales-Yanez, F.J. / Dumoulin, M.
履歴
登録2023年9月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neutrophil elastase
B: NbE201
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9065
ポリマ－37,6702
非ポリマー1,2363
水32418
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering, Bio-layer interferometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3850 Å2
ΔGint8 kcal/mol
Surface area14860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.980, 73.000, 84.920
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Neutrophil elastase


分子量: 23318.982 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 組織: sputum / 参照: UniProt: P08246
#2: 抗体 NbE201


分子量: 14351.014 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / プラスミド: pHEN6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): WK6
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.99 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: The crystals were grown at 20oC using the sitting drop vapor diffusion method. The drop contained 0.2 uL of hNE in complex with NbE201 at a concentration of 15 mg/mL and 0.2 uL of 0.1M HEPES ...詳細: The crystals were grown at 20oC using the sitting drop vapor diffusion method. The drop contained 0.2 uL of hNE in complex with NbE201 at a concentration of 15 mg/mL and 0.2 uL of 0.1M HEPES pH7 buffer with 10 per cent (v/v) polyethylene glycol 5000 monomethyl ether and 5 per cent (v/v) tacsimate. The crystals were transferred to a cryoprotectant solution containing 33 per cent (v/v) polyethylene glycol 6000 and 33 per cent (v/v) glycerol before being frozen in liquid nitrogen.

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→48.54 Å / Num. obs: 18530 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 13.2 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.128 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / Rmerge(I) obs: 1.914 / Num. unique obs: 2962 / CC1/2: 0.886

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→48.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.297 / SU Rfree Blow DPI: 0.233
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.271 927 5 %RANDOM
Rwork0.224 ---
obs0.226 18530 99.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 84.99 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.9353 Å20 Å20 Å2
2---6.9655 Å20 Å2
3---10.9008 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.43 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.3→48.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2566 0 81 18 2665
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.015310HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.139557HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1177SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes863HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5310HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.62
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.78
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion361SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5798SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / Total num. of bins used: 9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.327 148 5 %
Rwork0.2596 2814 -
all0.2628 2962 -
obs--99.7 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.640.7313-0.14220.57840.30321.9687-0.08150.02340.0856-0.14030.124-0.07010.33980.1194-0.04250.86290.0570.0203-0.0483-0.0156-0.2527-8.86461.6342-22.8571
20.2174-1.0813-0.70680.89131.91980.2859-0.0473-0.12330.0193-0.03080.0516-0.02750.0225-0.1344-0.00430.91190.06290.0041-0.05020.0008-0.2506-25.481123.7002-10.4758
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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