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万見
- PDB-8qgt: 5'vRNA-bound Hantaan virus polymerase in monomeric intermediate state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qgt
タイトル5'vRNA-bound Hantaan virus polymerase in monomeric intermediate state
要素
  • RNA (5'-R(P*UP*AP*GP*UP*AP*GP*UP*AP*GP*AP*CP*A)-3')
  • RNA-directed RNA polymerase L
キーワードVIRAL PROTEIN / Bunyavirus / Hantaan virus / polymerase / dimer
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA-templated viral transcription / negative stranded viral RNA replication / cap snatching / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / host cell perinuclear region of cytoplasm / RNA-directed RNA polymerase / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA-templated transcription / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
RNA-directed RNA polymerase, hantavirus / RNA-directed RNA polymerase, hantavirus, N-terminal / : / RNA dependent RNA polymerase / Cap-snatching endonuclease / : / RNA-dependent RNA polymerase, bunyaviral / Bunyavirus RNA dependent RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase, negative-strand RNA virus / RdRp of negative ssRNA viruses with segmented genomes catalytic domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / RNA-directed RNA polymerase L
類似検索 - 構成要素
生物種Hantaan virus 76-118 (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Durieux Trouilleton, Q. / Arragain, B. / Malet, H.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-19-CE11-0024 フランス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structural characterization of the oligomerization of full-length Hantaan virus polymerase into symmetric dimers and hexamers.
著者: Quentin Durieux Trouilleton / Dominique Housset / Paco Tarillon / Benoît Arragain / Hélène Malet /
要旨: Hantaan virus is a dangerous human pathogen whose segmented negative-stranded RNA genome is replicated and transcribed by a virally-encoded multi-functional polymerase. Here we describe the complete ...Hantaan virus is a dangerous human pathogen whose segmented negative-stranded RNA genome is replicated and transcribed by a virally-encoded multi-functional polymerase. Here we describe the complete cryo-electron microscopy structure of Hantaan virus polymerase in several oligomeric forms. Apo polymerase protomers can adopt two drastically different conformations, which assemble into two distinct symmetric homodimers, that can themselves gather to form hexamers. Polymerase dimerization induces the stabilization of most polymerase domains, including the C-terminal domain that contributes the most to dimer's interface, along with a lariat region that participates to the polymerase steadying. Binding to viral RNA induces significant conformational changes resulting in symmetric oligomer disruption and polymerase activation, suggesting the possible involvement of apo multimers as protecting systems that would stabilize the otherwise flexible C-terminal domains. Overall, these results provide insights into the multimerization capability of Hantavirus polymerase and may help to define antiviral compounds to counteract these life-threatening viruses.
履歴
登録2023年9月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA-directed RNA polymerase L
C: RNA (5'-R(P*UP*AP*GP*UP*AP*GP*UP*AP*GP*AP*CP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)257,5232
ポリマ－257,5232
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 RNA-directed RNA polymerase L


分子量: 249476.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hantaan virus 76-118 (ウイルス) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P23456
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(P*UP*AP*GP*UP*AP*GP*UP*AP*GP*AP*CP*A)-3')


分子量: 8046.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Hantaan virus 76-118 (ウイルス)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Hantaan virus polymeraseCOMPLEXall0MULTIPLE SOURCES
2RNA-directed RNA polymerase LCOMPLEX#11RECOMBINANT
3RNA (5'-R(P*UP*AP*GP*UP*AP*GP*UP*AP*GP*AP*CP*A)-3')COMPLEX#21RECOMBINANT
分子量値: 0.25 MDa / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Hantaan virus 76-118 (ウイルス)11602
33Hantaan virus 76-118 (ウイルス)11602
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)7111
33Synthetic construct (人工物)32630
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
130 mMHEPESC8H18N2O4S1
2250 mMNaClNaCl1
310 mMTCEPC9H15O6P1
試料濃度: 0.25 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: 25 mA / グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 77 K / 詳細: blot force 1 3s

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 倍率（補正後）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Calibrated defocus min: 800 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2000 nm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 1.45 sec. / 電子線照射量: 40 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 26745
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャン横: 5760 / 縦: 4092

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1cryoSPARC4.2.1粒子像選択blob picker
2EPU画像取得
4cryoSPARC4.2.1CTF補正
7Coot0.9.8.1モデルフィッティング
9cryoSPARC4.2.1初期オイラー角割当
10cryoSPARC4.2.1最終オイラー角割当
11cryoSPARC4.2.1分類
12cryoSPARC4.2.1３次元再構成
19PHENIX1.20.1モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 3285016
3次元再構成解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 111684 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 18.12 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 8C4S

8c4s


PDB chain-ID: A / Accession code: 8C4S / Source name: PDB / タイプ: experimental model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00210895
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.45514776
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d7.0351534
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0361655
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0041814

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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