PDB-8qg6: Crystal structure of NAD kinase 1 from Listeria monocytogenes in ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8qg6

タイトル

Crystal structure of NAD kinase 1 from Listeria monocytogenes in complex with a di-adenosine derivative

要素

NAD kinase 1

キーワード

TRANSFERASE / tetrameric NAD-kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

NAD+ kinase / NAD+ kinase activity / NADP+ biosynthetic process / NAD+ metabolic process / NAD binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.142 Å

データ登録者

Gelin, M. / Labesse, G. / Lionne, C.

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of NAD kinase 1 from Listeria monocytogenes in complex with a di-adenosine derivative
著者: Gelin, M. / Labesse, G. / Clement, D. / Pochet, S. / Lionne, C. / Leseigneur, C. / Huteau, V.

履歴

登録	2023年9月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年3月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8qg6.cif.gz	124.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8qg6.ent.gz	96 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8qg6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qg/8qg6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qg/8qg6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8qg2C 8qg3C 8qg4C 8qg5C 8qg7C 8qg8C 8qg9C 8qgaC 8qgbC 8qgcC 8qgeC 8qggC 8qghC 8qgiC 8qgjC 8qgkC 8qglC 8qgmC 8qgnC 8qgoC 8a9v C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: NAD kinase 1

ヘテロ分子

31.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: NAD kinase 1

ヘテロ分子

A: NAD kinase 1

ヘテロ分子

A: NAD kinase 1

ヘテロ分子

A: NAD kinase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: SAXS, Tetramer
127 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.800, 75.360, 118.410
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-425- HOH

#1: タンパク質	NAD kinase 1 / ATP-dependent NAD kinase 分子量: 31045.279 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア) 遺伝子: nadK1, lmo0968 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8Y8D7, NAD+ kinase
#2: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#3: 化合物	ChemComp-V09 / (2~{R},3~{R},4~{S},5~{R})-2-(6-aminopurin-9-yl)-5-[3-[6-azanyl-9-(phenylmethyl)purin-8-yl]prop-2-ynoxymethyl]oxolane-3,4-diol 分子量: 528.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₅H₂₄N₁₀O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.49 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 30 mM NaBr, 220 mM Kcitrate, glycerol 6%, 15-16% w/v PEG400 PH範囲: 4.8-5.1

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.979288 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979288 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.14→63.58 Å / Num. obs: 14311 / % possible obs: 90.4 % / 冗長度: 6.4 % / CC_1/2: 0.992 / R_merge(I) obs: 0.102 / R_pim(I) all: 0.043 / R_rim(I) all: 0.111 / Χ²: 0.86 / Net I/σ(I): 10.8 / Num. measured all: 91783
反射シェル	解像度: 2.14→2.2 Å / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 0.588 / Num. measured all: 6409 / Num. unique obs: 1271 / CC_1/2: 0.94 / R_pim(I) all: 0.287 / R_rim(I) all: 0.657 / Χ²: 0.49 / Net I/σ(I) obs: 1.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
MOSFLM		データ削減
PHENIX		位相決定
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.142→34.965 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2178	685	4.84 %
R_work	0.1939	-	-
obs	0.1951	14151	89.38 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.142→34.965 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2046	0	52	95	2193

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	2193
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.709	2971
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.689	1293
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.068	323
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	373

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1421-2.3075	0.3376	121	0.354	2258	X-RAY DIFFRACTION	77
2.3075-2.5396	0.2674	142	0.225	2969	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5396-2.9069	0.2951	158	0.2213	2606	X-RAY DIFFRACTION	88
2.9069-3.6618	0.2288	149	0.1911	2779	X-RAY DIFFRACTION	94
3.6618-34.965	0.1555	115	0.1655	2854	X-RAY DIFFRACTION	93

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.1965	-0.8577	-1.7639	2.9464	1.4357	5.5842	-0.2488	-0.8415	0.023	0.0112	0.2329	0.3292	-0.4305	-0.1978	0.2316	0.5123	0.0949	0.034	0.6824	-0.1276	0.381	8.9086	22.7382	28.6005
2	3.794	-0.5339	-1.4886	1.5994	0.5246	4.8184	-0.1592	-0.1048	0.3046	0.3518	-0.1214	0.3645	-0.3564	-0.5189	0.1059	0.5183	0.1172	0.0212	0.5594	-0.1326	0.4133	9.4679	25.7833	19.4576
3	4.0075	-0.9024	-1.8343	2.2573	0.9282	5.045	-0.4512	-0.6003	0.0902	0.0336	0.2349	0.0214	-0.2399	-0.0392	0.1246	0.5181	0.0024	0.0262	0.5004	-0.0995	0.3698	16.7229	21.5833	17.8237
4	2.0323	-0.7532	-1.4646	1.1701	0.9357	5.2531	0.0842	-1.01	0.7926	0.1369	0.2914	0.0743	-1.3643	0.5202	-0.175	0.6177	-0.053	0.0481	0.8185	-0.2538	0.5204	20.7024	28.5349	23.8719
5	2.4675	-0.4278	-0.1869	2.5872	0.5017	3.938	0.0561	0.2489	0.1034	-0.1235	0.0005	0.2773	-0.173	-0.4234	0.042	0.2506	0.0268	0.0047	0.3064	0.0337	0.2499	18.8555	13.0286	-3.6416
6	4.6398	0.7827	-0.3058	5.7804	0.2633	4.693	0.01	0.4726	-0.3188	-0.7026	-0.1189	0.0887	0.5605	-0.1635	0.0097	0.4781	0.0313	-0.0281	0.4335	0.0344	0.2629	25.5285	1.2951	-12.5994
7	3.6949	-0.267	-0.1124	2.4184	-0.2882	4.1518	0.1758	0.7101	0.2703	-0.1178	-0.1041	0.5124	-0.125	-0.457	0.0617	0.3631	0.0981	-0.0515	0.3901	0.0425	0.3234	17.5095	15.6571	-10.2655
8	3.954	0.5974	1.0139	3.5227	1.2854	4.5998	-0.056	0.3643	0.0915	0.0246	0.0364	0.9101	0.1068	-1.0246	0.0592	0.3077	0.1032	-0.0148	0.5359	-0.0332	0.4596	8.9958	13.3679	-3.9744
9	3.6614	-0.826	-0.237	3.1667	0.8754	3.9087	-0.1705	-0.6342	0.6627	0.267	0.2275	-0.1284	-1.1663	-0.0808	0.0459	0.6193	-0.0463	0.0824	0.3758	-0.1257	0.4617	22.8577	26.6655	14.9383
10	6.0666	-0.296	-0.2733	7.4544	0.4686	6.0316	-0.1559	-1.2539	0.2735	0.8456	0.1644	-0.6862	0.0179	0.0865	-0.018	0.4709	-0.0516	0.0246	0.5093	-0.0958	0.2885	31.0959	13.1338	17.5024

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 26 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 27 through 55 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 56 through 79 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 80 through 101 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 102 through 184 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 185 through 198 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 199 through 216 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 217 through 238 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 239 through 252 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 253 through 264 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)