PDB-8qfu: Diels-Alderase AbyU mutant - Y76F

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8qfu

タイトル

Diels-Alderase AbyU mutant - Y76F

要素

YD repeat-containing protein

キーワード

LIGASE / The Y76F mutant of WT Diels-Alderase protein AbyU / which catalyses the cyclisation of spirotetronate precursor of abyssomicin C and atrop-abyssomicin C. / BIOSYNTHETIC PROTEIN

機能・相同性

Allene oxide cyclase barrel-like domain / Allene oxide cyclase barrel like domain / antibiotic biosynthetic process / isomerase activity / YD repeat-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Micromonospora maris AB-18-032 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.56 Å

データ登録者

Tiwari, K. / Burton, N.M. / Yang, S. / Race, P.R.

資金援助

英国, 3件

組織	認可番号	国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)	BB/T001968/1	英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)	BB/M012107/1	英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)	BB/M025624/1	英国

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of Diels-Alderase AbyU mutant Y76F at 1.56 Angstroms resolution.
著者: Tiwari, K. / Burton, N.M. / Yang, S. / Race, P.R.

履歴

登録	2023年9月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え	2024年9月18日	ID: 7Z6P
改定 1.0	2024年9月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8qfu.cif.gz	227.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8qfu.ent.gz	178 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8qfu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8qfu_validation.pdf.gz	474.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8qfu_full_validation.pdf.gz	477.3 KB	表示
XML形式データ	8qfu_validation.xml.gz	32.3 KB	表示
CIF形式データ	8qfu_validation.cif.gz	43.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qf/8qfu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qf/8qfu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: YD repeat-containing protein

B: YD repeat-containing protein

C: YD repeat-containing protein

D: YD repeat-containing protein

ヘテロ分子

71.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: YD repeat-containing protein

B: YD repeat-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
36 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: YD repeat-containing protein

D: YD repeat-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.710, 53.820, 60.480
Angle α, β, γ (deg.)	90.110, 96.980, 94.660
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	YD repeat-containing protein 分子量: 17747.900 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Micromonospora maris AB-18-032 (バクテリア) 遺伝子: VAB18032_16470 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: F4F7G1
#2: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 484 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.45 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.25 M Magnesium Chloride 0.1M HEPES 10% PEG 6K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 193 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.56→40.58 Å / Num. obs: 84307 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 3.5 % / R_rim(I) all: 0.033 / Net I/σ(I): 11.3
反射シェル	解像度: 1.56→1.59 Å / Num. unique obs: 84307 / CC_1/2: 0.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.56→40.577 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.977 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.966 / SU B: 2.374 / SU ML: 0.078 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.077 / ESU R Free: 0.081 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2079	4233	5.021 %
R_work	0.1724	80073	-
all	0.174	-	-
obs	-	84306	95.462 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.42 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.576 Å²	-0.799 Å²	0.12 Å²
2-	-	-2.337 Å²	-0.487 Å²
3-	-	-	-0.083 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.56→40.577 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4120	0	60	484	4664

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.012	4307
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	4054
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.915	1.654	5858
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.654	1.574	9318
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.885	5	540
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	8.147	5	32
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.775	10	672
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	18.153	10	200
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.101	0.2	655
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.024	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	5140
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1016
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.206	0.2	677
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.201	0.2	3732
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.183	0.2	2058
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.091	0.2	2381
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.24	0.2	432
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.107	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.121	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.098	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.192	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.316	3.583	2136
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.312	3.583	2136
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.859	6.392	2666
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.86	6.392	2667
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.901	4.191	2171
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.861	4.187	2169
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.542	7.422	3186
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.541	7.424	3187
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	10.48	37.558	4789
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	10.504	35.537	4624

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.56-1.6	0.326	305	0.328	5837	0.328	6491	0.884	0.892	94.6233	0.331
1.6-1.644	0.338	295	0.304	5724	0.305	6368	0.888	0.91	94.5195	0.302
1.644-1.692	0.319	309	0.29	5598	0.291	6202	0.896	0.92	95.2435	0.283
1.692-1.744	0.271	298	0.25	5384	0.251	5992	0.939	0.943	94.8264	0.24
1.744-1.801	0.274	291	0.235	5314	0.237	5845	0.945	0.958	95.8939	0.223
1.801-1.864	0.256	254	0.206	5112	0.209	5605	0.956	0.969	95.7359	0.194
1.864-1.934	0.224	245	0.191	4973	0.192	5425	0.966	0.973	96.1843	0.177
1.934-2.013	0.225	247	0.181	4834	0.183	5274	0.965	0.978	96.3405	0.173
2.013-2.102	0.227	251	0.186	4568	0.188	4985	0.966	0.978	96.67	0.18
2.102-2.205	0.224	235	0.18	4417	0.183	4790	0.967	0.979	97.119	0.178
2.205-2.323	0.21	205	0.165	4228	0.167	4573	0.973	0.983	96.9386	0.166
2.323-2.464	0.224	217	0.154	3993	0.157	4332	0.967	0.985	97.1837	0.16
2.464-2.633	0.201	201	0.159	3713	0.161	4034	0.975	0.984	97.0253	0.168
2.633-2.843	0.214	215	0.165	3454	0.168	3794	0.97	0.983	96.7053	0.18
2.843-3.113	0.23	178	0.177	3136	0.181	3459	0.971	0.981	95.808	0.204
3.113-3.478	0.201	128	0.175	2799	0.176	3133	0.976	0.984	93.4248	0.201
3.478-4.011	0.203	117	0.155	2504	0.157	2785	0.974	0.987	94.1113	0.185
4.011-4.901	0.13	131	0.122	2065	0.122	2357	0.989	0.992	93.1693	0.157
4.901-6.881	0.215	63	0.164	1604	0.166	1808	0.982	0.988	92.2013	0.202
6.881-40.577	0.197	48	0.2	816	0.2	1027	0.978	0.974	84.1285	0.261

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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