PDB-8qft: X-ray structure of non-toxic non-hemagglutinin (NTNH) protein fro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8qft

タイトル

X-ray structure of non-toxic non-hemagglutinin (NTNH) protein from botulinum neurotoxin serotype X

要素

non-toxic non-hemagglutinin protein X

キーワード

TOXIN / botulinum neurotoxin / progenitor toxin complex / Clostridium botulinum / strain 111

生物種

Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.3 Å

データ登録者

Skerlova, J. / Masuyer, G. / Stenmark, P.

資金援助

スウェーデン, European Union, 3件

組織	認可番号	国
Swedish Research Council	2018-03406	スウェーデン
Swedish Research Council	2022-03681	スウェーデン
European Regional Development Fund	CZ.02.2.69/0.0/0.0/16_027/0008477	European Union

引用

ジャーナル: Commun Chem / 年: 2024
タイトル: Activity of botulinum neurotoxin X and its structure when shielded by a non-toxic non-hemagglutinin protein.
著者: Markel Martínez-Carranza / Jana Škerlová / Pyung-Gang Lee / Jie Zhang / Ajda Krč / Abhishek Sirohiwal / Dave Burgin / Mark Elliott / Jules Philippe / Sarah Donald / Fraser Hornby / Linda ...
要旨: Botulinum neurotoxins (BoNTs) are the most potent toxins known and are used to treat an increasing number of medical disorders. All BoNTs are naturally co-expressed with a protective partner protein ...

履歴

登録	2023年9月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年8月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年8月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8qft.cif.gz	254.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8qft.ent.gz	201.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8qft.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qf/8qft ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qf/8qft	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	16330C 8bypC C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: non-toxic non-hemagglutinin protein X

137 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	174.106, 174.106, 138.023
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	non-toxic non-hemagglutinin protein X 分子量: 137394.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridium botulinum (ボツリヌス菌) 株: 111 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 72.02 % / 解説: clusters of hexagonal rods
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 15 mg/ml NTNH/X in 20 mM MES pH 5.5, 150 mM NaCl, 0.5 mM TCEP mixed in 2:1 volume ratio with 90 mM MES/imidazole pH 6.5, 9% (w/v) PEG 4,000, 18% (v/v) glycerol, and 3% (w/v) dextran sulfate sodium salt

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.3→87.05 Å / Num. obs: 36727 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.3 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.202 / R_pim(I) all: 0.047 / R_rim(I) all: 0.208 / Χ²: 1.05 / Net I/σ(I): 7 / Num. measured all: 709704
反射シェル	解像度: 3.3→3.45 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 16.5 % / R_merge(I) obs: 2.772 / Num. measured all: 72911 / Num. unique obs: 4424 / CC_1/2: 0.924 / R_pim(I) all: 0.699 / R_rim(I) all: 2.859 / Χ²: 1.13 / Net I/σ(I) obs: 0.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0405	精密化
Aimless		データスケーリング
DIALS		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.3→73.74 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.938 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.906 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.593 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3326	1939	5.308 %
R_work	0.2763	34592	-
all	0.279	-	-
obs	-	36531	99.526 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 220.051 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	9.301 Å²	4.651 Å²	-0 Å²
2-	-	9.301 Å²	0 Å²
3-	-	-	-30.173 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.3→73.74 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9710	0	0	0	9710

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.012	9925
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	9263
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.044	1.636	13473
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.616	1.564	21333
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.167	5	1173
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	3.892	5	19
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.157	10	1763
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.168	10	531
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.049	0.2	1494
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	11487
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	2365
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.196	0.2	2402
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.23	0.2	9849
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.186	0.2	5063
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	5120
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.191	0.2	253
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.09	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.266	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.283	0.2	78
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.223	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	17.506	21.757	4695
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	17.506	21.757	4695
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	26.686	39.106	5867
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	26.684	39.104	5868
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	16.783	22.395	5230
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	16.782	22.396	5231
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	26.536	41.003	7606
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	26.535	41.002	7607
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	37.621	263.969	41330
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	37.622	263.967	41331

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
3.3-3.386	0.557	119	0.55	2541	0.551	2678	0.821	0.821	99.3279	0.551
3.386-3.478	0.534	163	0.517	2428	0.518	2610	0.816	0.838	99.272	0.505
3.478-3.579	0.554	129	0.458	2382	0.462	2531	0.847	0.845	99.2098	0.437
3.579-3.689	0.428	137	0.43	2316	0.43	2470	0.854	0.852	99.3117	0.416
3.689-3.809	0.421	136	0.389	2253	0.391	2408	0.854	0.869	99.211	0.369
3.809-3.943	0.446	157	0.369	2164	0.374	2336	0.852	0.887	99.3579	0.346
3.943-4.091	0.376	134	0.313	2066	0.316	2214	0.892	0.913	99.3677	0.289
4.091-4.257	0.338	113	0.24	2073	0.244	2193	0.926	0.95	99.6808	0.221
4.257-4.446	0.276	88	0.222	1965	0.224	2061	0.935	0.962	99.6118	0.205
4.446-4.662	0.316	79	0.232	1887	0.236	1978	0.939	0.964	99.3933	0.216
4.662-4.913	0.249	87	0.21	1798	0.212	1889	0.962	0.973	99.7882	0.198
4.913-5.21	0.283	96	0.23	1684	0.233	1786	0.946	0.966	99.6641	0.216
5.21-5.568	0.361	83	0.267	1613	0.271	1697	0.92	0.96	99.9411	0.251
5.568-6.011	0.325	84	0.271	1510	0.274	1598	0.942	0.96	99.7497	0.26
6.011-6.58	0.315	87	0.263	1358	0.266	1446	0.938	0.96	99.9308	0.254
6.58-7.35	0.382	75	0.266	1247	0.273	1322	0.924	0.959	100	0.264
7.35-8.473	0.266	57	0.219	1123	0.222	1180	0.953	0.97	100	0.221
8.473-10.343	0.213	55	0.185	952	0.186	1007	0.976	0.981	100	0.19
10.343-14.485	0.216	35	0.201	772	0.202	807	0.974	0.977	100	0.208
14.485-73.74	0.44	25	0.347	460	0.351	489	0.81	0.918	99.182	0.522

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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