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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8qfn | ||||||
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タイトル | Ergothioneine dioxygenase from Thermocatellispora tengchongensis in complex with manganese and in presence of catalase aerobic | ||||||
![]() | Cysteine dioxygenase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / thiol dioxygenase Ergothioneine Dioxygenase | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Vasseur, C.M. / Seebeck, F.P. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Enzyme-Catalyzed Oxidative Degradation of Ergothioneine. 著者: Nalivaiko, E.Y. / Vasseur, C.M. / Seebeck, F.P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 131.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 103.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 3.7 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 3.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 22.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 20704.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: HNP84_002159 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 6種, 210分子 ![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/PG4.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/PG4.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-ACT / #3: 化合物 | ChemComp-PG4 / | #4: 化合物 | ChemComp-EDO / | #5: 化合物 | ChemComp-MG / | #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.55 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2 M magnesium acetate tetrahydrate 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.5 20% w/v PEG 8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.75→44.51 Å / Num. obs: 72960 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Net I/σ(I): 13.89 |
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.813 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 7181 / CC1/2: 0.727 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→44.45 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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