[日本語] English
万見
- PDB-8qfa: Solution structure of the extreme C-terminus of the Bordetella pe... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qfa
タイトルSolution structure of the extreme C-terminus of the Bordetella pertussis filamentous hemagglutinin prodomain
要素FHA protein
キーワードCELL ADHESION / FHA / FhaB / extreme C terminus / Bordetella
機能・相同性
機能・相同性情報


catalytic activity
類似検索 - 分子機能
Filamentous haemagglutinin repeat / Haemagglutinin repeat / Hemagglutinin repeat / Hemagglutinin repeat / Filamentous haemagglutinin FhaB/tRNA nuclease CdiA-like, TPS domain / TPS secretion domain / haemagglutination activity domain / ESPR domain / Extended Signal Peptide of Type V secretion system / Pectin lyase fold / Pectin lyase fold/virulence factor
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bordetella pertussis (百日咳菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Jurnecka, D. / Chmelik, J. / Bumba, L.
資金援助 チェコ, 2件
組織認可番号国
Czech Science Foundation22-23578S チェコ
Ministry of Education, Youth and Sports of the Czech RepublicLM2023053 チェコ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Solution structure of the extreme C-terminus of the Bordetella pertussis filamentous hemagglutinin prodomain
著者: Jurnecka, D. / Chmelik, J. / Bumba, L.
履歴
登録2023年9月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: FHA protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,0161
ポリマ－12,0161
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 250structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

-
要素

#1: タンパク質 FHA protein


分子量: 12015.659 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bordetella pertussis (百日咳菌) / 株: CIP 81.32 / 遺伝子: fhaB2 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 {lambda}DE3 / 参照: UniProt: Q8VV99

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic12D 1H-13C HSQC
131isotropic13D HN(CA)CB
141isotropic13D CBCA(CO)NH
151isotropic13D HNCO
161isotropic13D HN(CA)CO
171isotropic13D HNCA
181isotropic13D HN(CO)CA
191isotropic13D (H)CC(CO)NH
1101isotropic13D H(CCO)NH
1111isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1121isotropic13D (H)CCH-TOCSY aromatic
1131isotropic12D (HB)CB(CGCD)HD
1141isotropic12D (HB)CB(CGCDCE)HE
1151isotropic13D 1H-15N NOESY
1161isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
1171isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic

-
試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 0.5 mM [U-13C; U-15N] FHA-ECT, 137 mM sodium chloride, 2.7 mM potassium chloride, 10 mM disodium phosphate, 1.8 mM monopotassium phosphate, 0.1 % sodium azide, 90 % v/v H2O, 10 % v/v [U-2H] D2O, 90% H2O/10% D2O
詳細: volume=550 ul / Label: 15N_13C_sample / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMFHA-ECT[U-13C; U-15N]1
137 mMsodium chloridenatural abundance1
2.7 mMpotassium chloridenatural abundance1
10 mMdisodium phosphatenatural abundance1
1.8 mMmonopotassium phosphatenatural abundance1
0.1 %sodium azidenatural abundance1
90 % v/vH2Onatural abundance1
10 % v/vD2O[U-2H]1
試料状態イオン強度: 171.5 mM / Label: conditions_1 / pH: 7.4 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 700 MHz

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRFAM-SPARKY1.2Lee, Tonelli, Markleychemical shift assignment
ARIA2.3.2Linge, O'Donoghue and Nilgesstructure calculation
CNS1.3Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readstructure calculation
RECOORDNederveen, Doreleijers, Vranken, Miller, Spronk, Nabuurs, Guntert, Livny, Markley, Nilges, Ulrich, Kaptein, Bonvin精密化
NMRFAM-SPARKY1.2Lee, Tonelli, Markleypeak picking
TopSpin3.5.7Bruker Biospincollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 3
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 250 / 登録したコンフォーマーの数: 10

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る