PDB-8qf8: GH146 beta-L-arabinofuranosidase from Bacteroides thetaioatomicro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8qf8

タイトル

GH146 beta-L-arabinofuranosidase from Bacteroides thetaioatomicron in complex with beta-l-arabinofurano cyclophellitol aziridine

要素

Glycosyl hydrolase

キーワード

HYDROLASE / btGH146 / inhibitors / fluorescent probes

機能・相同性

機能・相同性情報

carbohydrate metabolic process / hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Borlandelli, V. / Offen, W. / Moroz, O.V. / Nin-Hill, A. / McGregor, N. / Binkhorst, L. / Armstrong, Z. / Ishiwata, A. / Artola, M. / Rovira, C. ...

資金援助

European Union, 1件

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2023
タイトル: beta-l- Arabino furano-cyclitol Aziridines Are Covalent Broad-Spectrum Inhibitors and Activity-Based Probes for Retaining beta-l-Arabinofuranosidases.
著者: Borlandelli, V. / Offen, W. / Moroz, O. / Nin-Hill, A. / McGregor, N. / Binkhorst, L. / Ishiwata, A. / Armstrong, Z. / Artola, M. / Rovira, C. / Davies, G.J. / Overkleeft, H.S.

履歴

登録	2023年9月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年12月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年12月27日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8qf8.cif.gz	1.5 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8qf8.ent.gz	1000.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8qf8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8qf8_validation.pdf.gz	781.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8qf8_full_validation.pdf.gz	784.8 KB	表示
XML形式データ	8qf8_validation.xml.gz	53.4 KB	表示
CIF形式データ	8qf8_validation.cif.gz	75.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qf/8qf8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qf/8qf8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8qf2C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Glycosyl hydrolase

B: Glycosyl hydrolase

ヘテロ分子

183 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	93.840, 98.549, 196.584
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 22 - 802 / Label seq-ID: 22 - 802

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Glycosyl hydrolase 分子量: 91462.547 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア) 遺伝子: GAN91_19850 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6I0SRL5
#2: 化合物	ChemComp-UI5 / (1~{S},2~{S},3~{S},4~{R})-4-azanyl-3-(hydroxymethyl)cyclopentane-1,2-diol 分子量: 147.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-UHU / (1~{S},2~{S},3~{S},4~{S},5~{S})-4-(hydroxymethyl)-6-azabicyclo[3.1.0]hexane-2,3-diol 分子量: 145.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₁NO₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 312 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.6 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 15-17% PEG 3350, MES pH 6.25-6.5, 0.2M ammonium formate, seeding from similar conditions

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I03 / 波長: 0.97623 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年1月22日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97623 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.4→55.9 Å / Num. obs: 72064 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.7 % / CC_1/2: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.101 / R_pim(I) all: 0.041 / R_rim(I) all: 0.109 / Net I/σ(I): 16.8

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
11.76-55.9	12.1	0.029	773	0.991	0.013	0.032
2.4-2.45	12.7	1.138	5308	0.83	0.481	1.237

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
REFMAC	5.8.0419	精密化
DIALS		データ収集
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定
DIALS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.4→55.899 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / SU B: 17.765 / SU ML: 0.199 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.397 / ESU R Free: 0.233 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2208	3622	5.032 %
R_work	0.1896	68360	-
all	0.191	-	-
obs	-	71982	99.963 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 61.794 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.914 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.045 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.868 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→55.899 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12421	0	22	312	12755

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.012	12756
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	11763
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.259	1.671	17292
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.492	1.588	27084
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.085	5	1542
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.964	5	80
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.437	10	2149
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.086	10	627
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.062	0.2	1856
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	15126
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	3030
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.183	0.2	2128
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.153	0.2	10314
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.163	0.2	6027
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.067	0.2	6486
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.114	0.2	476
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.134	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.148	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.144	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.18	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.016	3.774	6183
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.016	3.774	6183
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.134	6.799	7720
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.134	6.799	7721
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.31	3.978	6573
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.309	3.978	6574
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.742	7.215	9569
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.741	7.215	9570
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.057	45.559	54157
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.052	45.548	54044
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.064	0.05	26238

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06414	0.0501
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06414	0.0501

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.4-2.462	0.348	282	0.279	4954	0.282	5238	0.925	0.945	99.9618	0.251
2.462-2.53	0.272	250	0.27	4876	0.27	5128	0.952	0.951	99.961	0.239
2.53-2.603	0.264	248	0.248	4732	0.249	4980	0.955	0.961	100	0.216
2.603-2.683	0.277	234	0.24	4607	0.242	4841	0.953	0.966	100	0.209
2.683-2.77	0.295	274	0.231	4416	0.235	4690	0.951	0.969	100	0.197
2.77-2.867	0.264	261	0.216	4287	0.218	4548	0.959	0.972	100	0.183
2.867-2.975	0.264	218	0.212	4170	0.215	4388	0.959	0.973	100	0.185
2.975-3.096	0.231	217	0.216	4022	0.217	4239	0.963	0.97	100	0.19
3.096-3.234	0.274	168	0.22	3919	0.222	4087	0.951	0.969	100	0.199
3.234-3.391	0.26	196	0.21	3681	0.212	3877	0.96	0.973	100	0.191
3.391-3.574	0.203	186	0.21	3543	0.209	3729	0.977	0.977	100	0.195
3.574-3.79	0.238	172	0.191	3348	0.193	3522	0.967	0.981	99.9432	0.176
3.79-4.05	0.204	154	0.162	3155	0.164	3309	0.977	0.985	100	0.149
4.05-4.372	0.184	157	0.147	2936	0.149	3093	0.981	0.987	100	0.135
4.372-4.787	0.161	153	0.132	2720	0.133	2873	0.984	0.99	100	0.123
4.787-5.347	0.188	150	0.147	2454	0.15	2606	0.98	0.988	99.9233	0.138
5.347-6.165	0.218	114	0.18	2217	0.182	2332	0.973	0.984	99.9571	0.167
6.165-7.527	0.208	79	0.177	1892	0.179	1982	0.976	0.981	99.445	0.168
7.527-10.55	0.146	73	0.138	1507	0.138	1580	0.986	0.988	100	0.133
10.55-55.899	0.196	36	0.246	923	0.244	959	0.972	0.924	100	0.236

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0543	-0.2229	0.1065	1.7918	0.9875	2.2359	0.0055	0.1408	-0.0765	-0.2377	-0.2848	0.2315	-0.0256	-0.2969	0.2793	0.0578	0.0124	-0.016	0.0802	-0.0596	0.0486	-8.2895	-36.8988	21.6665
2	1.9459	0.2501	0.6386	1.1886	0.4983	1.7833	-0.1271	0.2189	0.2413	-0.218	-0.0025	-0.041	-0.1341	-0.0129	0.1296	0.0855	-0.0274	-0.0102	0.1011	-0.0557	0.1553	-37.3928	-71.2696	29.0003

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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