PDB-8qf6: Sulfoxide synthase from Chloracidobacterium thermophilum, EgtB ty...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8qf6

タイトル

Sulfoxide synthase from Chloracidobacterium thermophilum, EgtB type II, in complex with iron and trimethylhistidine

要素

Ergothioneine biosynthesis protein EgtB

キーワード

OXIDOREDUCTASE / EgtB Ergothioneine isoTMH

機能・相同性

機能・相同性情報

ergothioneine biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli BL21 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Vasseur, C.M. / Stampfli, A.R. / Seebeck, F.P.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Catalytic mechanism analysis of sulfoxide synthase via inhibition assay
著者: Vasseur, C.M. / Stampfli, A.R. / Seebeck, F.P.

履歴

登録	2023年9月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年9月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8qf6.cif.gz	336.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8qf6.ent.gz	271.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8qf6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8qf6_validation.pdf.gz	3.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8qf6_full_validation.pdf.gz	3.5 MB	表示
XML形式データ	8qf6_validation.xml.gz	71.4 KB	表示
CIF形式データ	8qf6_validation.cif.gz	94.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qf/8qf6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qf/8qf6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#232 - 2019年4月タンパク質と生体鉱物 (Proteins and Biominerals) 類似性 (1) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (1) #261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (1) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ergothioneine biosynthesis protein EgtB

B: Ergothioneine biosynthesis protein EgtB

C: Ergothioneine biosynthesis protein EgtB

D: Ergothioneine biosynthesis protein EgtB

ヘテロ分子

198 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.708, 124.439, 90.055
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 112.05, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Ergothioneine biosynthesis protein EgtB 分子量: 49158.184 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 遺伝子: Cabther_A1318 発現宿主: Chloracidobacterium thermophilum B (バクテリア) 参照: UniProt: G2LET6
#2: 化合物	ChemComp-UCQ / (2~{S})-2-(dimethylamino)-3-(3-methylimidazol-4-yl)propanoic acid 分子量: 197.234 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₅N₃O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 592 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.02 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M zinc acetate dehydrate, 20% w/v polyethylene glycol 3350, pH 6.4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→49.88 Å / Num. obs: 4333932 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4 % / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 9.7
反射シェル	解像度: 2.2→2.24 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 21960 / CC_1/2: 0.614

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.18.2_3874: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.2→49.88 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.17 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2373	4415	5.04 %
R_work	0.1888	-	-
obs	0.1913	87591	99.89 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→49.88 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12809	0	60	592	13461

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	13352
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.068	18257
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.844	1833
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	1853
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	2409

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.23	0.3598	144	0.2689	2805	X-RAY DIFFRACTION	100
2.23-2.25	0.3575	146	0.3071	2732	X-RAY DIFFRACTION	100
2.25-2.28	0.4107	133	0.3098	2764	X-RAY DIFFRACTION	99
2.28-2.31	0.359	157	0.2832	2763	X-RAY DIFFRACTION	100
2.31-2.34	0.3337	152	0.2493	2740	X-RAY DIFFRACTION	100
2.34-2.37	0.32	159	0.247	2747	X-RAY DIFFRACTION	100
2.37-2.4	0.2945	155	0.2374	2747	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4-2.44	0.3262	163	0.2473	2780	X-RAY DIFFRACTION	100
2.44-2.48	0.3256	146	0.2389	2742	X-RAY DIFFRACTION	100
2.48-2.52	0.3205	152	0.2391	2772	X-RAY DIFFRACTION	100
2.52-2.56	0.2773	138	0.2252	2768	X-RAY DIFFRACTION	100
2.56-2.61	0.2687	121	0.2163	2761	X-RAY DIFFRACTION	100
2.61-2.66	0.3068	147	0.2143	2804	X-RAY DIFFRACTION	100
2.66-2.71	0.2832	121	0.2138	2771	X-RAY DIFFRACTION	100
2.71-2.77	0.2616	138	0.1985	2771	X-RAY DIFFRACTION	100
2.77-2.84	0.2824	155	0.2135	2776	X-RAY DIFFRACTION	100
2.84-2.91	0.2567	165	0.2133	2744	X-RAY DIFFRACTION	100
2.91-2.99	0.2494	167	0.2049	2734	X-RAY DIFFRACTION	100
2.99-3.07	0.2427	145	0.1982	2795	X-RAY DIFFRACTION	100
3.07-3.17	0.2559	139	0.1952	2768	X-RAY DIFFRACTION	100
3.17-3.29	0.2522	149	0.1913	2770	X-RAY DIFFRACTION	100
3.29-3.42	0.2386	137	0.1892	2792	X-RAY DIFFRACTION	100
3.42-3.57	0.2425	143	0.1838	2772	X-RAY DIFFRACTION	100
3.57-3.76	0.222	141	0.1838	2802	X-RAY DIFFRACTION	100
3.76-4	0.2309	145	0.1675	2758	X-RAY DIFFRACTION	100
4-4.31	0.1824	146	0.1467	2806	X-RAY DIFFRACTION	100
4.31-4.74	0.1776	113	0.1377	2811	X-RAY DIFFRACTION	100
4.74-5.42	0.1723	151	0.1456	2776	X-RAY DIFFRACTION	100
5.42-6.83	0.2074	156	0.1586	2804	X-RAY DIFFRACTION	100
6.83-49.88	0.1691	191	0.1596	2801	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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