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- PDB-8qf5: Complex between N-lobe of Arc and nanobody E5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qf5
タイトルComplex between N-lobe of Arc and nanobody E5
要素
  • Activity-regulated cytoskeleton-associated protein
  • Nanobody E5
キーワードIMMUNE SYSTEM / nanobody
機能・相同性
機能・相同性情報


postsynaptic endosome / virus-like capsid / vesicle-mediated intercellular transport / neuronal ribonucleoprotein granule / clathrin-coated vesicle membrane / endoderm development / regulation of dendritic spine morphogenesis / NGF-stimulated transcription / dendritic spine morphogenesis / regulation of cell morphogenesis ...postsynaptic endosome / virus-like capsid / vesicle-mediated intercellular transport / neuronal ribonucleoprotein granule / clathrin-coated vesicle membrane / endoderm development / regulation of dendritic spine morphogenesis / NGF-stimulated transcription / dendritic spine morphogenesis / regulation of cell morphogenesis / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / regulation of long-term synaptic potentiation / response to morphine / anterior/posterior pattern specification / regulation of long-term synaptic depression / regulation of neuronal synaptic plasticity / mRNA transport / long-term memory / cytoskeleton organization / acrosomal vesicle / learning / long-term synaptic potentiation / postsynaptic density membrane / modulation of chemical synaptic transmission / protein homooligomerization / endocytosis / extracellular vesicle / cell migration / actin cytoskeleton / cell cortex / early endosome membrane / response to ethanol / dendritic spine / membrane raft / mRNA binding / neuronal cell body / glutamatergic synapse / structural molecule activity / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Activity-regulated cytoskeleton-associated protein, capsid domain / Activity-regulated cytoskeleton-associated protein / Activity-regulated cytoskeleton-associated protein, C-terminal domain / Activity-regulated cytoskeleton-associated protein, N-terminal domain / Arc C-lobe / Arc MA domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Activity-regulated cytoskeleton-associated protein
類似検索 - 構成要素
生物種Vicugna pacos (アルパカ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Godoy Munoz, J.M. / Kursula, P.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Complex between N-lobe of Arc and nanobody E5
著者: Godoy Munoz, J.M. / Kursula, P.
履歴
登録2023年9月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: Nanobody E5
H: Activity-regulated cytoskeleton-associated protein
A: Nanobody E5
B: Activity-regulated cytoskeleton-associated protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,5299
ポリマ－43,2624
非ポリマー2675
水6,233346
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)34.500, 99.480, 138.430
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Space group name HallP22ab(z,x,y)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11H-301-

ZN

21B-441-

HOH

-
要素

#1: 抗体 Nanobody E5


分子量: 12767.269 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質 Activity-regulated cytoskeleton-associated protein / hArc / Activity-regulated gene 3.1 protein homolog / ARC/ARG3.1 / Arg3.1


分子量: 8863.826 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ARC, KIAA0278 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7LC44
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 346 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Tris pH 8, 0.01 M ZnCl2 and 20% w/v PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.03 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 146561 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 30.52 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Rrim(I) all: 0.052 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / Rmerge(I) obs: 2.496 / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique obs: 14662 / CC1/2: 0.194 / Rrim(I) all: 2.9 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.5→33.83 Å / SU ML: 0.253 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.0021
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1926 3780 2.59 %
Rwork0.1445 142056 -
obs0.1457 145836 98.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 42.96 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→33.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2980 0 5 346 3331
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01133096
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.09454184
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0823420
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0099549
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.97111126
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5-1.520.38171330.36244850X-RAY DIFFRACTION93.3
1.52-1.540.36481390.33625133X-RAY DIFFRACTION97.04
1.54-1.560.31681410.32445318X-RAY DIFFRACTION98.7
1.56-1.580.33221420.31165270X-RAY DIFFRACTION98.96
1.58-1.610.35391400.30935231X-RAY DIFFRACTION99.33
1.61-1.630.36981410.29135314X-RAY DIFFRACTION99.24
1.63-1.660.4321420.29065311X-RAY DIFFRACTION99.56
1.66-1.690.3511410.25665253X-RAY DIFFRACTION99.12
1.69-1.720.31991380.23415258X-RAY DIFFRACTION98.54
1.72-1.750.24361410.22035172X-RAY DIFFRACTION97.41
1.75-1.790.24881360.1845186X-RAY DIFFRACTION97.81
1.79-1.820.24811440.1625361X-RAY DIFFRACTION100
1.82-1.870.21541390.14975260X-RAY DIFFRACTION99.98
1.87-1.910.23421470.15045402X-RAY DIFFRACTION99.93
1.91-1.970.19911380.15415190X-RAY DIFFRACTION99.85
1.97-2.020.23011400.11845419X-RAY DIFFRACTION99.89
2.02-2.090.16781390.11395233X-RAY DIFFRACTION99.94
2.09-2.160.19651430.1195391X-RAY DIFFRACTION99.91
2.16-2.250.17911420.11135224X-RAY DIFFRACTION99.67
2.25-2.350.17861440.12735271X-RAY DIFFRACTION98.89
2.35-2.480.19771380.12625213X-RAY DIFFRACTION97.36
2.48-2.630.21211360.13645336X-RAY DIFFRACTION99.82
2.63-2.830.20951380.12435285X-RAY DIFFRACTION99.93
2.83-3.120.18571380.14455326X-RAY DIFFRACTION99.76
3.12-3.570.16381390.12645264X-RAY DIFFRACTION99.69
3.57-4.50.15531390.12855316X-RAY DIFFRACTION99.71
4.5-33.830.17531420.15395269X-RAY DIFFRACTION98.92

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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