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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8qex | ||||||
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タイトル | Streptavidin variant with a cobalt catalyst for CH metal-catalyzed hydrogen-atom-transfer (M-HAT) | ||||||
要素 | Streptavidin | ||||||
キーワード | METAL BINDING PROTEIN / metal-catalyzed hydrogen-atom-transfer / artificial radical cyclase / protein design | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Streptomyces avidinii (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Jakob, R.P. / Chen, D. / Ward, T.R. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Nat.Chem. / 年: 2024 タイトル: An evolved artificial radical cyclase enables the construction of bicyclic terpenoid scaffolds via an H-atom transfer pathway. 著者: Chen, D. / Zhang, X. / Vorobieva, A.A. / Tachibana, R. / Stein, A. / Jakob, R.P. / Zou, Z. / Graf, D.A. / Li, A. / Maier, T. / Correia, B.E. / Ward, T.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8qex.cif.gz | 69.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8qex.ent.gz | 49 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8qex.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8qex_validation.pdf.gz | 877.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8qex_full_validation.pdf.gz | 883.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8qex_validation.xml.gz | 14.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8qex_validation.cif.gz | 19.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qe/8qex ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qe/8qex | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17445.941 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptomyces avidinii (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P22629 #2: 化合物 | 分子量: 797.871 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H50CoN6O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.46 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 詳細: 0.05 M Citric acid, 19 % w/v PEG 1000, 0.1 M Lithium sulfate, 0.05 M Sodium phosphate dibasic dihydrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月31日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→45.25 Å / Num. obs: 22733 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 7.1 % / CC1/2: 0.997 / Rpim(I) all: 0.079 / Rrim(I) all: 0.155 / Net I/σ(I): 8.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 2267 / CC1/2: 0.816 / Rpim(I) all: 0.59 / Rrim(I) all: 1.15 / % possible all: 97 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→45.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 3.978 / SU ML: 0.116 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.179 / ESU R Free: 0.155 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.607 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.9→45.25 Å
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拘束条件 |
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