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- PDB-8qew: Eosinophil Derived Neurotoxin/RNase 2 in complex with Tartrate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qew
タイトルEosinophil Derived Neurotoxin/RNase 2 in complex with Tartrate
要素Non-secretory ribonuclease
キーワードIMMUNE SYSTEM / anion binding site / RNase
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA catabolic process / pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / innate immune response in mucosa / chemotaxis / azurophil granule lumen / defense response to virus / nucleic acid binding / lyase activity ...RNA catabolic process / pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / innate immune response in mucosa / chemotaxis / azurophil granule lumen / defense response to virus / nucleic acid binding / lyase activity / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Pancreatic ribonuclease / Ribonuclease A, active site / Ribonuclease A-domain / Ribonuclease A-like domain superfamily / Pancreatic ribonuclease family signature. / Pancreatic ribonuclease / Pancreatic ribonuclease
類似検索 - ドメイン・相同性
L(+)-TARTARIC ACID / Non-secretory ribonuclease
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli 'BL21-GoldpLysS AG'
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Li, J. / Kang, X. / Prats-Ejarque, G. / Boix, E.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Agencia Estatal de Investigacion (AEI)PID2019-106123GB-I00 スペイン
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Eosinophil Derived Neurotoxin/RNase 2 in complex with Tartrate
著者: Li, J. / Kang, X. / Prats-Ejarque, G. / Boix, E.
履歴
登録2023年9月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Non-secretory ribonuclease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,0624
ポリマ－15,6121
非ポリマー4503
水2,774154
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area910 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area7410 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)41.793, 52.677, 56.421
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Non-secretory ribonuclease / Eosinophil-derived neurotoxin / RNase UpI-2 / Ribonuclease 2 / RNase 2 / Ribonuclease US


分子量: 15611.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
遺伝子: RNASE2, EDN, RNS2
発現宿主: Cloning vector pET-T7p(-14G)-SpacerA-GFP-LVA (その他)
参照: UniProt: P10153, pancreatic ribonuclease
#2: 化合物 ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.16 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M Ammonium tartrate dibasic pH 7.0, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.197→38.5 Å / Num. obs: 34213 / % possible obs: 89.4 % / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 8.49 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル解像度: 1.197→1.252 Å / Rmerge(I) obs: 0.35 / Num. unique obs: 1711

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.2→38.5 Å / SU ML: 0.1039 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 20.0336
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1932 1991 5.82 %
Rwork0.1738 32220 -
obs0.175 34211 85.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 12.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→38.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1088 0 30 154 1272
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00541178
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.90661618
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0809179
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0101220
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.1495158
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.2-1.230.3803480.2795703X-RAY DIFFRACTION26.64
1.23-1.260.2576710.25071206X-RAY DIFFRACTION45.74
1.26-1.30.20351060.22151664X-RAY DIFFRACTION63.21
1.3-1.340.22561260.20692052X-RAY DIFFRACTION77.12
1.34-1.390.22851400.19422351X-RAY DIFFRACTION88.24
1.39-1.440.17671610.17642556X-RAY DIFFRACTION95.84
1.44-1.510.21011620.17452642X-RAY DIFFRACTION99.86
1.51-1.590.17131640.16732663X-RAY DIFFRACTION99.96
1.59-1.690.18481660.17252699X-RAY DIFFRACTION99.97
1.69-1.820.20231710.17762680X-RAY DIFFRACTION99.93
1.82-20.20761580.17152705X-RAY DIFFRACTION99.93
2-2.290.18471750.16662688X-RAY DIFFRACTION99.83
2.29-2.880.18481650.17812746X-RAY DIFFRACTION99.79
2.88-38.50.18121780.15662865X-RAY DIFFRACTION99.57
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -10.2949238357 Å / Origin y: 9.11155689706 Å / Origin z: -10.0750036173 Å
111213212223313233
T0.0405085585833 Å20.00141816837938 Å2-0.00289693157996 Å2-0.0580101204127 Å20.013307599944 Å2--0.0430134015673 Å2
L0.753428963616 °2-0.22683306449 °2-0.424167003684 °2-1.23806754582 °20.759314461543 °2--1.03736951949 °2
S0.0200117649608 Å °0.0367510352406 Å °0.0353741311216 Å °-0.0423683975577 Å °-0.0139584706715 Å °0.0278884136298 Å °-0.0170488895347 Å °-0.0274787987033 Å °-0.000959250755293 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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