PDB-8qeh: Crystal structure of the G11 protein heterotrimer bound to FR9003...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8qeh

タイトル

Crystal structure of the G11 protein heterotrimer bound to FR900359 inhibitor

要素

(Guanine nucleotide-binding protein ...) x 3

キーワード

SIGNALING PROTEIN / G protein / FR900359 / cell signaling / GNA11 / GNB1 / GNG2 / G alpha 11

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of melanocyte differentiation / Fatty Acids bound to GPR40 (FFAR1) regulate insulin secretion / phospholipase C-activating G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / Acetylcholine regulates insulin secretion / endothelin receptor signaling pathway / phospholipase C-activating dopamine receptor signaling pathway / developmental pigmentation / cellular response to pH / PLC beta mediated events / entrainment of circadian clock ...regulation of melanocyte differentiation / Fatty Acids bound to GPR40 (FFAR1) regulate insulin secretion / phospholipase C-activating G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / Acetylcholine regulates insulin secretion / endothelin receptor signaling pathway / phospholipase C-activating dopamine receptor signaling pathway / developmental pigmentation / cellular response to pH / PLC beta mediated events / entrainment of circadian clock / cranial skeletal system development / ligand-gated ion channel signaling pathway / action potential / phototransduction, visible light / photoreceptor outer segment / enzyme regulator activity / Turbulent (oscillatory, disturbed) flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and integrins in endothelial cells / skeletal system development / G protein-coupled receptor binding / positive regulation of insulin secretion / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / regulation of blood pressure / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / G-protein activation / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through CDC42 / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through BTK / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / photoreceptor disc membrane / Glucagon-type ligand receptors / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / G alpha (z) signalling events / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / cellular response to catecholamine stimulus / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / GPER1 signaling / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / cellular response to prostaglandin E stimulus / G-protein beta-subunit binding / heterotrimeric G-protein complex / G alpha (12/13) signalling events / sensory perception of taste / extracellular vesicle / signaling receptor complex adaptor activity / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / retina development in camera-type eye / G protein activity / heart development / GTPase binding / Ca2+ pathway / fibroblast proliferation / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / G alpha (i) signalling events / G alpha (s) signalling events / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / G alpha (q) signalling events / Ras protein signal transduction / Extra-nuclear estrogen signaling / cell population proliferation / G protein-coupled receptor signaling pathway / lysosomal membrane / GTPase activity / synapse / GTP binding / protein-containing complex binding / signal transduction / extracellular exosome / metal ion binding / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.43 Å

データ登録者

Muehle, J. / Rodrigues, M.J. / Guixa-Gonzalez, R. / Deupi, X. / Schertler, G.F.X.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2025
タイトル: Cyclic peptide inhibitors function as molecular glues to stabilize Gq/11 heterotrimers.
著者: Muhle, J. / Alenfelder, J. / Rodrigues, M.J. / Jurgenliemke, L. / Guixa-Gonzalez, R. / Gratz, L. / Andres, F. / Bacchin, A. / Hennig, M. / Schihada, H. / Crusemann, M. / Konig, G.M. / ...

履歴

登録	2023年8月31日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年3月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年5月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8qeh.cif.gz	470.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8qeh.ent.gz	289.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8qeh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8qeh_validation.pdf.gz	3.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8qeh_full_validation.pdf.gz	3.4 MB	表示
XML形式データ	8qeh_validation.xml.gz	42.8 KB	表示
CIF形式データ	8qeh_validation.cif.gz	61 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qe/8qeh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qe/8qeh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8qegC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#58 - 2004年10月 Gタンパク質 (G Proteins) 類似性 (14) #202 - 2016年10月ジペプチジルペプチダーゼ4 (Dipeptidyl Peptidase 4) 類似性 (5) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1) #184 - 2015年4月グルカゴン (Glucagon) 類似性 (5) #164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (14) #251 - 2020年11月アデニリルシクラーゼ (Adenylyl Cyclase) 類似性 (5) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (10) #147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (5) #149 - 2012年5月レプチン (Leptin) 類似性 (1) #152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (3) #100 - 2008年4月アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors) 類似性 (1) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (2) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #173 - 2014年5月アクアポリン (Aquaporin) 類似性 (1) #239 - 2019年11月ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2) 類似性 (1) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#58 - 2004年10月
Gタンパク質 (G Proteins)
類似性 (14)
#202 - 2016年10月
ジペプチジルペプチダーゼ4 (Dipeptidyl Peptidase 4)
類似性 (5)
#222 - 2018年6月
タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles)
類似性 (1)
#184 - 2015年4月
グルカゴン (Glucagon)
類似性 (5)
#164 - 2013年8月
セロトニン受容体 (Serotonin Receptor)
類似性 (14)
#251 - 2020年11月
アデニリルシクラーゼ (Adenylyl Cyclase)
類似性 (5)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (10)
#147 - 2012年3月
ロドプシン (Rhodopsin)
類似性 (5)
#149 - 2012年5月
レプチン (Leptin)
類似性 (1)
#152 - 2012年8月
環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase)
類似性 (3)
#100 - 2008年4月
アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors)
類似性 (1)
#148 - 2012年4月
Rasタンパク質 (Ras Protein)
類似性 (2)
#44 - 2003年8月
カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (1)
#173 - 2014年5月
アクアポリン (Aquaporin)
類似性 (1)
#239 - 2019年11月
ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2)
類似性 (1)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (1)
#136 - 2011年4月
ナノボディ (Nanobodies)
類似性 (1)
#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (1)
#196 - 2016年4月
鉛の毒 (Lead Poisoning)
類似性 (1)
#28 - 2002年4月
炭疽毒素 (Anthrax Toxin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Guanine nucleotide-binding protein subunit alpha-11

B: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

G: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

ヘテロ分子

89 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, mass spectrometry

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.644, 95.813, 126.801
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
Guanine nucleotide-binding protein ... , 3種, 3分子 ABG

#1: タンパク質	Guanine nucleotide-binding protein subunit alpha-11 / G alpha-11 / G-protein subunit alpha-11 / Guanine nucleotide-binding protein G(y) subunit alpha 分子量: 41139.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNA11, GA11 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P29992
#2: タンパク質	Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 分子量: 37671.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNB1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P62873
#3: タンパク質	Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / G gamma-I 分子量: 7845.078 Da / 分子数: 1 / Mutation: C68S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNG2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P59768

-
非ポリマー , 14種, 782分子

#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#7: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 化合物	ChemComp-DAM / N-METHYL-ALPHA-BETA-DEHYDROALANINE / N-メチルデヒドロアラニンタイプ: peptide linking / 分子量: 101.104 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₄H₇NO₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 化合物	ChemComp-HF2 / (2R)-2-hydroxy-3-phenylpropanoic acid / 3-フェニル-D-乳酸タイプ: peptide-like / 分子量: 166.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₀O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#10: 化合物	ChemComp-UDL / (2~{S},3~{R})-2-acetamido-4-methyl-3-oxidanyl-pentanoic acid 分子量: 189.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#11: 化合物	ChemComp-OTH / N,O-dimethyl-L-threonine タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#12: 化合物	ChemComp-HL2 / (2S,3R)-2-amino-3-hydroxy-4-methylpentanoic acid / BETA-HYDROXYLEUCINE / (3R)-3-ヒドロキシ-L-ロイシンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.172 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#13: 化合物	ChemComp-MAA / N-methyl-L-alanine / N-メチルアラニンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 103.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₉NO₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#14: 化合物	ChemComp-ALA / ALANINE / アラニンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 89.093 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₇NO₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#15: 化合物	ChemComp-PPI / PROPANOIC ACID / プロピオン酸分子量: 74.079 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₆O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#16: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#17: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 760 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.16 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 0.09 M Na Acetate pH 4.5, 2.7 % PEG Smears Medium, 6.3 % MPD, 0.5% n-octyl-beta-D-Glucoside and 10 mM Zinc sulfate heptahydrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.43→126.8 Å / Num. obs: 163494 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 44 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 16.5
反射シェル	解像度: 1.43→1.45 Å / 冗長度: 46.7 % / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Num. unique obs: 8016 / CC_1/2: 0.309 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
XDS		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.43→63.113 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.979 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.972 / WR_factor R_free: 0.16 / WR_factor R_work: 0.124 / SU B: 3.456 / SU ML: 0.054 / Average fsc free: 0.9661 / Average fsc work: 0.9788 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.056 / ESU R Free: 0.056 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1804	7962	4.873 %	RANDOM
R_work	0.1399	155413	-	-
all	0.142	-	-	-
obs	-	163375	99.98 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.784 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.511 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-3.419 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.908 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.43→63.113 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5755	0	113	760	6628

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	6336
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	5732
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.422	1.648	8610
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.518	1.567	13337
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.422	5	813
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	12.09	5	53
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	0.387	5	1
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.088	10	1065
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.476	10	281
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	970
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.09	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	7420
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1310
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.301	0.2	1162
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.2	0.2	5397
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.173	0.2	3105
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	3267
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.16	0.2	566
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.01	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.147	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.268	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.194	0.2	61
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.116	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.071	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.608	2.44	3162
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.609	2.511	3163
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.418	3.658	4005
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.418	3.695	4005
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.417	2.819	3174
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.416	2.818	3175
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.318	4.082	4605
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.317	4.082	4606
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.741	36.378	7316
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.741	36.378	7317
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	3.488	3	12063

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.43-1.467	0.338	577	0.33	11364	0.33	11951	0.911	0.926	99.9163	0.327
1.467-1.507	0.311	563	0.298	11109	0.298	11673	0.925	0.945	99.9914	0.29
1.507-1.551	0.327	578	0.274	10743	0.277	11325	0.927	0.956	99.9647	0.259
1.551-1.599	0.259	510	0.218	10535	0.22	11046	0.959	0.973	99.9909	0.198
1.599-1.651	0.235	556	0.188	10166	0.19	10722	0.967	0.981	100	0.162
1.651-1.709	0.211	511	0.166	9838	0.168	10349	0.972	0.985	100	0.138
1.709-1.773	0.202	476	0.14	9524	0.143	10001	0.977	0.99	99.99	0.113
1.773-1.846	0.18	492	0.123	9131	0.126	9624	0.98	0.992	99.9896	0.097
1.846-1.928	0.184	448	0.118	8807	0.121	9255	0.981	0.993	100	0.094
1.928-2.022	0.161	426	0.102	8418	0.104	8847	0.987	0.995	99.9661	0.082
2.022-2.131	0.162	414	0.106	8039	0.109	8453	0.984	0.994	100	0.089
2.131-2.26	0.158	400	0.1	7587	0.103	7987	0.985	0.995	100	0.085
2.26-2.416	0.161	351	0.099	7171	0.102	7522	0.986	0.995	100	0.085
2.416-2.609	0.165	344	0.107	6705	0.11	7049	0.983	0.994	100	0.094
2.609-2.858	0.158	304	0.113	6152	0.115	6456	0.985	0.992	100	0.102
2.858-3.194	0.168	265	0.12	5635	0.122	5900	0.981	0.991	100	0.113
3.194-3.687	0.177	251	0.138	4965	0.14	5216	0.981	0.99	100	0.135
3.687-4.512	0.143	237	0.123	4223	0.124	4462	0.989	0.991	99.9552	0.125
4.512-6.364	0.183	169	0.158	3343	0.159	3512	0.982	0.987	100	0.163
6.364-63.113	0.175	90	0.205	1959	0.204	2050	0.985	0.966	99.9512	0.205

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
Guanine nucleotide-binding protein ... , 3種, 3分子 ABG

-
非ポリマー , 14種, 782分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-Guanine nucleotide-binding protein ... , 3種, 3分子 ABG

-非ポリマー , 14種, 782分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
Guanine nucleotide-binding protein ... , 3種, 3分子 ABG

-
非ポリマー , 14種, 782分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)