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- PDB-8qe7: NMR2 Structure of KRAS G12V (GMPPNP bound) in complex with 2-(met... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qe7
タイトルNMR2 Structure of KRAS G12V (GMPPNP bound) in complex with 2-(methylsulfonylmethyl)-1H-benzimidazole
要素RASK GTPase (Fragment)
キーワードONCOPROTEIN / Complex / Fragment
機能・相同性
機能・相同性情報


small monomeric GTPase / GTPase activity / GTP binding / signal transduction / membrane
類似検索 - 分子機能
Small GTPase Rab domain profile. / Small GTPase Rho domain profile. / Small GTPase, Ras-type / Small GTPase Ras domain profile. / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
2-[(methylsulfonyl)methyl]-1H-benzimidazole / small monomeric GTPase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Buetikofer, M. / Orts, J.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss Cancer LeagueKFS-4903-08-2019 スイス
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2025
タイトル: NMR2-Based Drug Discovery Pipeline Presented on the Oncogenic Protein KRAS.
著者: Butikofer, M. / Torres, F. / Kadavath, H. / Gamperli, N. / Abi Saad, M.J. / Zindel, D. / Coudevylle, N. / Riek, R. / Orts, J.
履歴
登録2023年8月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年5月7日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RASK GTPase (Fragment)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5082
ポリマ－19,2981
非ポリマー2101
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)4 / 4structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 RASK GTPase (Fragment)


分子量: 19297.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: KRAS G12V GMPPNP bound / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: Kras / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A7L2RV33
#2: 化合物 ChemComp-T6J / 2-[(methylsulfonyl)methyl]-1H-benzimidazole


分子量: 210.253 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H10N2O2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-1H NOESY
121isotropic12D 1H-13C HSQC

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 1 mM KRAS G12V GMPPNP, 5 mM 2-(methylsulfonylmethyl)-1H-benzimidazole, 100% D2O
詳細: KRAS G12V GMPPNP / Label: Unlabelled / 溶媒系: 100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMKRAS G12V GMPPNPnatural abundance1
5 mM2-(methylsulfonylmethyl)-1H-benzimidazolenatural abundance1
試料状態詳細: 25 mM Tris, 100 mM NaCl, 5 mM MgCl2, 5mM BME all deuterated in D2O
イオン強度: 130 mM / Label: conditions1 / pH: 7.4 pD / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III HD / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III HD / 磁場強度: 900 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
HADDOCKBonvin精密化
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CcpNmr AnalysisCCPNchemical shift assignment
CcpNmr AnalysisCCPNpeak picking
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 4 / 登録したコンフォーマーの数: 4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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