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- PDB-8qdo: Crystal structure of the tegument protein UL82 (pp71) from Human ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qdo
タイトルCrystal structure of the tegument protein UL82 (pp71) from Human Cytomegalovirus
要素Protein pp71
キーワードVIRAL PROTEIN / dUTPase fold / tegument protein / transactivator
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-templated viral transcription / viral tegument / host cell endoplasmic reticulum / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / virus-mediated perturbation of host defense response / host cell nucleus
類似検索 - 分子機能
Herpesvirus UL82/UL83 / Betaherpesvirus UL82/83 protein N terminus
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Human betaherpesvirus 5 (ヘルペスウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Bresch, I.P. / Eberhage, J. / Reubold, T.F. / Eschenburg, S.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)390874280 ドイツ
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2024
タイトル: Crystal structure of the tegument protein UL82 (pp71) from human cytomegalovirus.
著者: Eberhage, J. / Bresch, I.P. / Ramani, R. / Viohl, N. / Buchta, T. / Rehfeld, C.L. / Hinse, P. / Reubold, T.F. / Brinkmann, M.M. / Eschenburg, S.
履歴
登録2023年8月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年2月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein pp71
B: Protein pp71
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,1883
ポリマ－124,9942
非ポリマー1941
水77543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3850 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area39240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.610, 137.440, 275.120
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number24
Space group name H-MI212121
Space group name HallI2b2c
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z+1/2
#3: -x+1/2,y,-z
#4: -x,-y+1/2,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: x+1/2,-y+1/2,-z+1
#7: -x+1,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and resid 13 through 539)
d_2ens_1(chain "B" and (resid 13 through 147 or resid 155 through 396 or resid 479 through 539))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11SERSERPROPROAA13 - 53918 - 544
d_21SERSERARGARGBB13 - 14718 - 152
d_22PROPROASNASNBB155 - 396160 - 401
d_23GLYGLYPROPROBB479 - 539484 - 544

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.0203818160206, -0.989007489787, 0.146453974755), (-0.988595928809, -0.00192484142211, -0.150580159806), (0.149206806539, -0.147852900314, -0.977689546201) ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.0203818160206, -0.989007489787, 0.146453974755), (-0.988595928809, -0.00192484142211, -0.150580159806), (0.149206806539, -0.147852900314, -0.977689546201)
ベクター: 59.3099119186, 87.8043726797, 194.060673777)

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要素

#1: タンパク質 Protein pp71


分子量: 62496.988 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human betaherpesvirus 5 (ヘルペスウイルス)
株: AD169 / 遺伝子: UL82 / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P06726
#2: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.37 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M MES pH 6.5, 0.2 M MgCl2, 7.25% w/v PEG4000

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-IDSerial crystal experiment
11001N
21001N
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンPETRA III, EMBL c/o DESY P13 (MX1)10.978565
シンクロトロンPETRA III, EMBL c/o DESY P13 (MX1)21.00522
検出器
タイプID検出器日付
DECTRIS PILATUS 6M1PIXEL2021年8月17日
DECTRIS PILATUS 6M2PIXEL2021年8月17日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1MSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MSINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9785651
21.005221
反射解像度: 2.7→48.614 Å / Num. obs: 47593 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.76 % / Biso Wilson estimate: 85.38 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.075 / Rsym value: 0.072 / Net I/σ(I): 22.55
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 14.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.11 / Num. unique obs: 4846 / CC1/2: 0.793 / Rrim(I) all: 1.209 / Rsym value: 1.167 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
CRANK2位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.7→48.61 Å / SU ML: 0.4785 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 24.8578
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2306 2380 5 %
Rwork0.2067 45206 -
obs0.2079 47586 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 81.72 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→48.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7001 0 13 43 7057
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00457183
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.70089775
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04911110
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00621283
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.95162668
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.861718070637 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.760.58821370.53572605X-RAY DIFFRACTION99.96
2.76-2.820.46421390.45122631X-RAY DIFFRACTION99.96
2.82-2.880.41051370.36272610X-RAY DIFFRACTION100
2.88-2.950.35651390.30442638X-RAY DIFFRACTION99.96
2.95-3.030.28061390.26052645X-RAY DIFFRACTION100
3.03-3.120.27861380.25622620X-RAY DIFFRACTION100
3.12-3.220.29661400.24692652X-RAY DIFFRACTION100
3.22-3.340.29481380.26072633X-RAY DIFFRACTION100
3.34-3.470.32061390.28832631X-RAY DIFFRACTION100
3.47-3.630.24731390.21492652X-RAY DIFFRACTION100
3.63-3.820.25691400.21162658X-RAY DIFFRACTION100
3.82-4.060.23181390.20552636X-RAY DIFFRACTION100
4.06-4.370.21011400.18862663X-RAY DIFFRACTION100
4.37-4.810.20771410.15882684X-RAY DIFFRACTION100
4.81-5.510.18331420.16722697X-RAY DIFFRACTION100
5.51-6.940.20841430.19612716X-RAY DIFFRACTION100
6.94-48.610.16291500.16232835X-RAY DIFFRACTION99.83

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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