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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8qdk | ||||||
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タイトル | NMR2 Structure of KRAS G12V (GMPPNP bound) in complex with N-(furan-2-ylmethyl)-1H-benzimidazol-2-amine | ||||||
要素 | RASK GTPase (Fragment) | ||||||
キーワード | ONCOPROTEIN / Complex / Fragment | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 small monomeric GTPase / GDP binding / Ras protein signal transduction / GTPase activity / GTP binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 溶液NMR / molecular dynamics | ||||||
データ登録者 | Buetikofer, M. / Orts, J. | ||||||
資金援助 | スイス, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: NMR2 Structure of KRAS G12V (GMPPNP bound) in complex with 5-(1H-indol-2-l)piperazin-2-one 著者: Buetikofer, M. / Orts, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8qdk.cif.gz | 223.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8qdk.ent.gz | 177.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8qdk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8qdk_validation.pdf.gz | 476 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8qdk_full_validation.pdf.gz | 496 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8qdk_validation.xml.gz | 16.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8qdk_validation.cif.gz | 20.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qd/8qdk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qd/8qdk | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8pi0C 8piyC 8qdpC 8qdsC 8qdtC 8qdwC 8qe7C 8qeiC 8qejC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
その他のデータベース |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19297.773 Da / 分子数: 1 / 変異: G12V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: Kras / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A7L2RV33 |
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#2: 化合物 | ChemComp-WZD / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | タイプ: solution 内容: 5 mM N-(furan-2-ylmethyl)-1H-benzimidazol-2-amine,, 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] K-Ras G12V (GMPPNP bound), 100% D2O Label: 13C, 15N / 溶媒系: 100% D2O | ||||||||||||
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試料 |
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試料状態 | 詳細: 25 mM Tris (deut), 100 mM NaCl, 5 mM MgCl2, 5 mM BME (deut) イオン強度: 130 mM / Label: condition_1 / pH: 7.4 pD / 圧: 1 atm / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AVANCE III HD / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III HD / 磁場強度: 600 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1 | |||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | |||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 4 / 登録したコンフォーマーの数: 4 |