PDB-8qdi: compound 1b bound KMT9 crystal structure

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8qdi

タイトル

compound 1b bound KMT9 crystal structure

要素

Methyltransferase N6AMT1
Multifunctional methyltransferase subunit TRM112-like protein

キーワード

TRANSFERASE / Protein transferase / gene regulation

機能・相同性

機能・相同性情報

arsonoacetate metabolic process / arsenite methyltransferase activity / protein-glutamine N-methyltransferase activity / eRF1 methyltransferase complex / peptidyl-glutamine methylation / tRNA (m2G10) methyltransferase complex / rRNA (guanine-N7)-methylation / tRNA methyltransferase activator activity / histone H4K12 methyltransferase activity / toxin metabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.467 Å

データ登録者

Sheng, W. / Eric, M. / Roland, S.

資金援助

ドイツ, 5件

組織	認可番号	国
German Research Foundation (DFG)	SFB1381	ドイツ
German Research Foundation (DFG)	SFB992	ドイツ
German Research Foundation (DFG)	Schu688	ドイツ
German Research Foundation (DFG)	EXC-2189	ドイツ
German Research Foundation (DFG)	DKTK FR01-374	ドイツ

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: compound 1a bound KMT9 crystal structure
著者: Sheng, W. / Eric, M. / Roland, S.

履歴

登録	2023年8月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年9月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8qdi.cif.gz	344.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8qdi.ent.gz	215.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8qdi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8qdi_validation.pdf.gz	740.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8qdi_full_validation.pdf.gz	744 KB	表示
XML形式データ	8qdi_validation.xml.gz	17.8 KB	表示
CIF形式データ	8qdi_validation.cif.gz	24.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qd/8qdi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qd/8qdi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8qdgC 9fimC 9fkeC 9fkgC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Methyltransferase N6AMT1

B: Multifunctional methyltransferase subunit TRM112-like protein

ヘテロ分子

36.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	110.516, 110.516, 129.837
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-277- HOH

#1: タンパク質	Methyltransferase N6AMT1 / HemK methyltransferase family member 2 / M.HsaHemK2P / Lysine N-methyltransferase 9 / ...HemK methyltransferase family member 2 / M.HsaHemK2P / Lysine N-methyltransferase 9 / Methylarsonite methyltransferase N6AMT1 / Protein N(5)-glutamine methyltransferase 分子量: 21804.064 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: N6AMT1, C21orf127, HEMK2, KMT9, PRED28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9Y5N5, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: タンパク質	Multifunctional methyltransferase subunit TRM112-like protein / tRNA methyltransferase 112 homolog 分子量: 14272.412 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRMT112, AD-001, HSPC152, HSPC170 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UI30
#3: 化合物	ChemComp-QII / (2~{S})-4-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl-[2-[(2~{R})-pyrrolidin-2-yl]ethyl]amino]-2-azanyl-butanoic acid 分子量: 464.519 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₃₂N₈O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 184 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.23 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.1 M Na3Citrate, 0.1M HEPES 7.25

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月12日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.467→47.901 Å / Num. obs: 80097 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 39.4 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.095 / R_pim(I) all: 0.021 / R_rim(I) all: 0.097 / Net I/σ(I): 26.4

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
8.03-47.85	34.3	0.031	606	1	0.007	0.031
1.47-1.49	29.6	4.189	3793	0.448	1.086	4.331

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.467→47.901 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.975 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.965 / SU B: 2.045 / SU ML: 0.034 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.054 / ESU R Free: 0.054 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1905	4033	5.039 %
R_work	0.1576	75996	-
all	0.159	-	-
obs	-	80029	99.782 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.636 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.3 Å²	-0.15 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.3 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.975 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.467→47.901 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2407	0	33	184	2624

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.012	2570
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.008	0.016	2438
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.736	1.646	3510
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.606	1.551	5711
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.639	5	335
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	8.481	5	17
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.381	10	444
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.154	10	105
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	410
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.044	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	2915
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	468
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.233	0.2	406
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.183	0.2	2194
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.171	0.2	1235
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	1354
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.121	0.2	127
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.15	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.177	0.2	77
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.162	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	6.123	2.236	1283
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	6.114	2.235	1283
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.649	3.346	1610
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.652	3.348	1611
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	10.385	2.826	1287
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	10.381	2.826	1288
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	10.284	3.986	1891
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	10.281	3.987	1892
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.838	31.212	2698
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.843	30.329	2668
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	13.962	3	5008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.467-1.505	0.383	272	0.355	5409	0.356	5824	0.949	0.947	97.5446	0.352
1.505-1.546	0.374	317	0.313	5385	0.316	5702	0.95	0.969	100	0.305
1.546-1.591	0.286	271	0.252	5257	0.253	5528	0.967	0.979	100	0.24
1.591-1.64	0.237	307	0.202	5093	0.204	5400	0.975	0.985	100	0.187
1.64-1.693	0.2	230	0.169	4979	0.171	5209	0.979	0.987	100	0.151
1.693-1.753	0.185	240	0.139	4830	0.141	5070	0.982	0.989	100	0.12
1.753-1.819	0.168	234	0.121	4636	0.123	4870	0.982	0.991	100	0.104
1.819-1.893	0.176	242	0.121	4472	0.124	4716	0.984	0.992	99.9576	0.107
1.893-1.977	0.188	227	0.133	4319	0.136	4546	0.98	0.991	100	0.121
1.977-2.073	0.164	230	0.139	4086	0.14	4316	0.986	0.992	100	0.129
2.073-2.185	0.177	198	0.145	3941	0.146	4139	0.985	0.991	100	0.136
2.185-2.318	0.165	188	0.139	3736	0.141	3924	0.983	0.991	100	0.13
2.318-2.477	0.176	201	0.137	3499	0.139	3700	0.981	0.99	100	0.127
2.477-2.675	0.167	182	0.142	3259	0.143	3444	0.983	0.988	99.9129	0.132
2.675-2.929	0.187	170	0.153	3041	0.155	3211	0.98	0.986	100	0.143
2.929-3.274	0.204	143	0.169	2766	0.17	2909	0.971	0.982	100	0.162
3.274-3.777	0.144	129	0.143	2464	0.143	2593	0.986	0.988	100	0.143
3.777-4.619	0.17	113	0.131	2123	0.133	2236	0.983	0.99	100	0.137
4.619-6.502	0.227	85	0.189	1680	0.191	1767	0.979	0.985	99.8868	0.199
6.502-47.901	0.26	54	0.213	1021	0.215	1075	0.964	0.976	100	0.228

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0149	-0.0157	0.0005	0.0518	0.0337	0.0334	0.0014	-0.0014	-0.0031	-0.0016	-0.0015	0.0034	0.0005	-0.0026	0.0001	0.0108	-0.0011	0.0008	0.011	0.0001	0.0012	-42.4116	-6.9182	-16.5154
2	0.0202	0.0027	-0.0098	0.008	0.0114	0.0262	0.001	0.001	0.0011	0	-0.0007	0.0003	-0.0013	-0.002	-0.0003	0.0105	0.0003	-0.0002	0.01	0.0002	0.0001	-47.3507	-26.8381	-2.4533

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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