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- PDB-8qdh: Engineered LmrR carrying a cyclic boronate ester formed between T... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qdh
タイトルEngineered LmrR carrying a cyclic boronate ester formed between Tris and p-boronophenylalanine at position 89
要素Transcriptional regulator, PadR-like family
キーワードTRANSCRIPTION / Artificial enzyme / boron catalysis / unnatural amino acid / 4-boronophenylalanine
機能・相同性Transcription regulator PadR, N-terminal / Transcriptional regulator PadR-like family / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Transcriptional regulator, PadR-like family
機能・相同性情報
生物種Lactococcus cremoris subsp. cremoris MG1363 (乳酸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.72 Å
データ登録者Thunnissen, A.M.W.H. / Rozeboom, H.J. / Longwitz, L. / Leveson-Gower, R.B. / Roelfes, G.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)885396European Union
引用ジャーナル: Nature / 年: 2024
タイトル: Boron catalysis in a designer enzyme.
著者: Longwitz, L. / Leveson-Gower, R.B. / Rozeboom, H.J. / Thunnissen, A.W.H. / Roelfes, G.
履歴
登録2023年8月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年6月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator, PadR-like family
B: Transcriptional regulator, PadR-like family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,8225
ポリマ－30,5462
非ポリマー2763
水1,45981
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4290 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area12520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.714, 53.691, 98.981
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional regulator, PadR-like family


分子量: 15272.956 Da / 分子数: 2
変異: M8H, A92L, F93E, M89 replaced with p-boronophenylalanine
由来タイプ: 組換発現
詳細: LmrR carrying a C-terminal strep-tag, with mutations M8H, A92L, F93E and with M89 replaced with para-boronophenylalanine. The para-boronophenylalanine at position 89 has reacted with Tris to ...詳細: LmrR carrying a C-terminal strep-tag, with mutations M8H, A92L, F93E and with M89 replaced with para-boronophenylalanine. The para-boronophenylalanine at position 89 has reacted with Tris to form a cyclic boronate ester
由来: (組換発現) Lactococcus cremoris subsp. cremoris MG1363 (乳酸菌)
遺伝子: llmg_0323 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A2RI36
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.27 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: Protein was concentrated to 6.5 mg/ml in 20 mM Tris-HCl, pH 8.0, 280 mM NaCl and 1 mM EDTA. Reservoir solution contained 0.2 M NaCl, 20% PEG 6000 in 0.1 M MES, pH 6.0. Crystal was cryo- ...詳細: Protein was concentrated to 6.5 mg/ml in 20 mM Tris-HCl, pH 8.0, 280 mM NaCl and 1 mM EDTA. Reservoir solution contained 0.2 M NaCl, 20% PEG 6000 in 0.1 M MES, pH 6.0. Crystal was cryo-protected by addition of 25% glycerol.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.96546 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96546 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.72→49.49 Å / Num. obs: 25538 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 12.9 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.086 / Χ2: 0.93 / Net I/σ(I): 14.8 / Num. measured all: 329575
反射 シェル解像度: 1.72→1.75 Å / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 13.2 % / Rmerge(I) obs: 2.034 / Num. measured all: 17356 / Num. unique obs: 1311 / CC1/2: 0.628 / Rpim(I) all: 0.576 / Rrim(I) all: 2.116 / Χ2: 0.8 / Net I/σ(I) obs: 1.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20rc1_4395: ???)精密化
XDS20220110データ削減
Aimless0.7.9データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PDB_EXTRACTデータ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.72→47.19 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.74 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.26 1256 4.93 %
Rwork0.2055 --
obs0.2083 25463 97.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.72→47.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1817 0 18 81 1916
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0151892
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4752550
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7746
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074269
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.013320
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.72-1.790.36431250.3392632X-RAY DIFFRACTION96
1.79-1.870.30231210.28292608X-RAY DIFFRACTION97
1.87-1.970.30671440.24932625X-RAY DIFFRACTION98
1.97-2.090.30291300.2462684X-RAY DIFFRACTION98
2.09-2.250.28111460.21642645X-RAY DIFFRACTION97
2.25-2.480.28591490.20462665X-RAY DIFFRACTION98
2.48-2.840.24661530.21872686X-RAY DIFFRACTION98
2.84-3.580.26291560.2022750X-RAY DIFFRACTION99
3.58-47.190.23131320.17932912X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.3913-0.0186-0.08020.7158-0.5231.0556-0.1067-0.07030.05710.0130.12360.13140.1863-0.13340.00010.2288-0.03390.01390.29150.01580.2523-2.590310.5024-6.3481
20.60750.13010.81560.7394-0.52381.9931-1.2745-0.0378-0.70870.0701-0.0698-0.30271.43981.117-0.57470.49460.12970.20230.5429-0.01850.60947.31476.2423-12.1851
30.5021-0.0614-0.13531.2668-0.75480.4764-0.08650.08680.0770.3406-0.08250.06480.08-0.359-0.0510.244-0.08730.02520.31760.01480.235411.808118.9547-12.9545
40.49580.67081.39450.80091.18890.4077-0.19920.13440.062-0.0862-0.00710.2161-0.14260.1569-0.02550.299-0.05010.00340.2847-0.01880.2719-12.86497.2615-18.6626
50.03870.4924-0.13942.0028-0.19190.59930.20880.10590.07770.3461-0.08720.12490.06980.08620.01030.3181-0.0228-0.00470.2011-0.01510.2589-19.0012-6.876-19.0969
60.10950.0887-0.28740.1507-0.4620.93180.28820.19590.2661-0.5863-0.7657-0.78691.31130.4498-0.0350.52880.1481-0.12010.5121-0.05230.7614-13.3808-17.021-15.6631
70.8065-0.6228-0.42120.7034-0.06640.37360.15340.1547-0.14550.6723-0.1213-0.0613-0.0099-0.1028-0.03310.3904-0.0219-0.06110.22880.02830.2529-25.275-24.1512-14.0528
80.82550.26740.95740.47721.21860.44240.2407-0.05160.09760.3006-0.2392-0.15920.2848-0.16650.00720.3439-0.08740.03090.32190.0060.2415-16.03051.7458-5.5957
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 5 through 46 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 47 through 59 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 60 through 76 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 77 through 112 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 2 through 46 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 47 through 59 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 60 through 76 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 77 through 112 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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