PDB-8qdf: Engineered LmrR with Met-89 replaced by para-boronophenylalanine

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8qdf

タイトル

Engineered LmrR with Met-89 replaced by para-boronophenylalanine

要素

Transcriptional regulator, PadR-like family

キーワード

TRANSCRIPTION / Artificial enzyme / boron catalysis / unnatural amino acid / 4-boronophenylalanine

機能・相同性

Transcription regulator PadR, N-terminal / Transcriptional regulator PadR-like family / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Transcriptional regulator, PadR-like family

機能・相同性情報

生物種

Lactococcus cremoris subsp. cremoris MG1363 (乳酸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Thunnissen, A.M.W.H. / Rozeboom, H.J. / Longwitz, L. / Leveson-Gower, R.B. / Roelfes, G.

資金援助

European Union, 1件

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2024
タイトル: Boron catalysis in a designer enzyme.
著者: Longwitz, L. / Leveson-Gower, R.B. / Rozeboom, H.J. / Thunnissen, A.W.H. / Roelfes, G.

履歴

登録	2023年8月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年5月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2024年6月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8qdf.cif.gz	264.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8qdf.ent.gz	219 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8qdf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8qdf_validation.pdf.gz	449.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8qdf_full_validation.pdf.gz	451.2 KB	表示
XML形式データ	8qdf_validation.xml.gz	17.4 KB	表示
CIF形式データ	8qdf_validation.cif.gz	24.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qd/8qdf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qd/8qdf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

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類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Transcriptional regulator, PadR-like family

B: Transcriptional regulator, PadR-like family

C: Transcriptional regulator, PadR-like family

D: Transcriptional regulator, PadR-like family

59.3 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Transcriptional regulator, PadR-like family

B: Transcriptional regulator, PadR-like family

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, light scattering
29.6 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Transcriptional regulator, PadR-like family

D: Transcriptional regulator, PadR-like family

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, light scattering
29.6 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	60.674, 53.890, 69.034
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.45, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Transcriptional regulator, PadR-like family 分子量: 14824.584 Da / 分子数: 4 / 変異: M89 replaced with para-boronophenylalanine / 由来タイプ: 組換発現詳細: LmrR carrying a C-terminal strep-tag, with M89 replaced with para-boronophenylalanine 由来: (組換発現) Lactococcus cremoris subsp. cremoris MG1363 (乳酸菌) 遺伝子: llmg_0323 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A2RI36
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 34.87 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: Protein was concentrated to 9 mg/ml in 20 mM Tris-HCl, pH 8.0, 280 mM NaCl and 1 mM EDTA. Reservoir solution contained 25% PEG 1500 in 0.1 M malonate/imidazole/boric acid buffer, pH 6.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.96546 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.96546 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→53.89 Å / Num. obs: 22769 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.1 % / CC_1/2: 0.991 / R_merge(I) obs: 0.082 / R_pim(I) all: 0.056 / R_rim(I) all: 0.099 / Χ²: 0.7 / Net I/σ(I): 6.8 / Num. measured all: 70024
反射シェル	解像度: 2.2→2.27 Å / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.376 / Num. measured all: 6099 / Num. unique obs: 1970 / CC_1/2: 0.812 / R_pim(I) all: 0.254 / R_rim(I) all: 0.456 / Χ²: 0.78 / Net I/σ(I) obs: 2.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20rc1_4395: ???)	精密化
xia2	3.8.6	データ削減
Aimless	0.7.9	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.2→43.37 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.03 / 位相誤差: 31.56 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2774	1194	5.26 %
R_work	0.2063	-	-
obs	0.2101	22682	99.25 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→43.37 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3492	0	0	86	3578

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	3570
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.322	4803
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.579	1395
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.063	509
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.012	618

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.29	0.3308	123	0.2537	2392	X-RAY DIFFRACTION	99
2.29-2.39	0.3281	121	0.2386	2373	X-RAY DIFFRACTION	99
2.39-2.52	0.2874	138	0.2286	2339	X-RAY DIFFRACTION	99
2.52-2.67	0.3448	128	0.248	2376	X-RAY DIFFRACTION	99
2.67-2.88	0.3071	137	0.2511	2394	X-RAY DIFFRACTION	100
2.88-3.17	0.3101	140	0.2386	2370	X-RAY DIFFRACTION	100
3.17-3.63	0.3025	146	0.2092	2376	X-RAY DIFFRACTION	99
3.63-4.57	0.2621	133	0.1638	2406	X-RAY DIFFRACTION	99
4.57-43.37	0.1924	128	0.1707	2462	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	-0.0383	0.0001	0.0289	0.0139	0.0452	0.0599	-0.1476	-0.0512	0.1556	0.0427	0.1104	-0.1701	-0.0296	-0.0234	0	0.2156	0.0207	0.0112	0.1058	0.0034	0.2003	5.2391	8.8429	-32.5258
2	0.0587	0.0115	-0.0437	0.0125	0.0072	0.068	0.2182	-0.0916	-0.0009	-0.1125	0.0653	-0.1285	-0.2319	0.2264	0.0074	0.2156	-0.0121	-0.0203	0.1739	0.0002	0.2222	13.9889	9.6928	-41.1547
3	0.0061	0.0138	0.0027	0.0169	-0.0308	0.0399	0.0499	0.1952	0.066	-0.1382	-0.0074	-0.1183	0.2116	0.0619	-0	0.2879	-0.0224	0.0276	0.1756	-0.0295	0.2323	2.2665	0.4682	-41.1872
4	0.096	-0.0064	-0.0638	0.1127	0.1142	0.1418	-0.0722	0.1242	-0.1912	0.0594	-0.3829	-0.0238	-0.1293	0.0451	-0.0089	0.2457	0.0705	-0.0237	0.2392	0.0247	0.2546	3.4663	6.8932	-52.4912
5	0.3703	0.0342	-0.1515	0.0394	-0.0209	0.0626	0.3923	-0.0317	-0.1466	0.6108	-0.3336	0.9356	-0.5049	-0.1272	0.0155	0.402	0.0196	0.049	0.1795	-0.0132	0.2778	-3.4134	18.1144	-27.9881
6	0.0025	-0.0601	-0.0288	0.029	-0.0323	0.1403	0.0727	0.0311	-0.0674	-0.0796	0.0624	0.0593	-0.2288	0.0301	0.0034	0.2766	0.0089	0.0476	0.1721	-0.0152	0.1836	-4.3064	12.3464	-14.7611
7	0.1144	-0.0172	0.0698	0.0364	-0.0021	0.0483	0.0193	0.0558	-0.2035	-0.0254	-0.2138	-0.0401	0.1632	-0.3142	0.0011	0.3461	0.0523	0.1202	0.1422	0.0314	0.3011	-1.7185	1.0283	-11.6997
8	0.3338	-0.1432	-0.3696	0.3578	0.0121	0.7037	-0.0704	-0.4816	0.0948	-0.0774	0.0705	-0.1034	-0.0904	0.514	0.0678	0.2173	0.0174	-0.0064	0.3503	0.0032	0.1911	6.7396	11.1273	-13.9791
9	0.1469	-0.1419	-0.0105	0.2594	0.068	0.1318	0.1861	-0.1255	-0.0678	-0.1476	0.0856	0.0039	-0.0539	-0.2288	0.0107	0.1885	-0.0158	-0.0334	0.3085	0.0192	0.2509	23.4631	33.9956	2.7494
10	0.0182	0.0228	0.0186	0.0106	0.0095	0.0227	0.1811	0.0013	-0.1864	0.1095	-0.0682	0.2667	0.1899	-0.0768	-0	0.2863	0.0354	-0.0252	0.2812	0.032	0.3679	32.2061	26.2182	7.1351
11	0.3983	-0.5094	-0.033	0.6789	0.2326	0.3574	0.1103	-0.4527	0.1052	-0.3361	-0.0512	-0.5202	-0.0506	-0.2975	0.2159	0.1256	-0.0949	-0.1256	0.4531	0.0211	0.2656	33.0061	38.7573	3.6746
12	0.0581	-0.0482	-0.0406	-0.0094	0.0154	0.0702	-0.0086	0.203	-0.0727	-0.0175	-0.0994	-0.3686	0.2404	-0.1285	-0.0033	0.3433	0.0402	0.0023	0.3053	0.0332	0.2938	33.7483	34.8083	-15.5469
13	0.0545	-0.0188	-0.0301	0.0828	-0.0553	0.0418	0.4443	0.1152	0.0968	0.1442	-0.11	-0.0061	-0.0767	-0.2384	-0.0001	0.2227	0.0249	0.0401	0.2413	0.0035	0.3001	39.9435	40.7106	-24.0817
14	0.0034	-0.0046	0.003	0.0296	0.0086	0.008	-0.0306	0.1418	-0.008	0.0323	-0.065	0.0034	0.1474	-0.0309	-0	0.4246	-0.059	0.0337	0.31	0.0661	0.3867	36.7453	26.1931	-23.5153
15	0.1515	0.1413	-0.0229	0.773	-0.4029	0.5202	-0.107	0.6439	0.1831	0.0454	0.1526	0.0954	0.1498	-0.2663	0.2029	0.1261	-0.0736	-0.0496	0.6172	0.0303	0.2549	26.7322	35.1581	-21.412

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 4 through 23 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 24 through 46 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 47 through 59 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 60 through 82 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 83 through 107 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 4 through 46 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 47 through 59 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 60 through 110 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 4 through 46 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 47 through 59 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 60 through 109 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 4 through 23 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 24 through 46 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 47 through 59 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 60 through 109 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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