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- PDB-8qcb: CryoEM structure of a S. Cerevisiae Ski2387 complex in the open state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qcb
タイトルCryoEM structure of a S. Cerevisiae Ski2387 complex in the open state
要素
  • Antiviral helicase SKI2
  • Antiviral protein SKI8
  • Superkiller protein 3
  • Superkiller protein 7
キーワードHYDROLASE / Helicase / RNA binding / RNA degradation
機能・相同性
機能・相同性情報


Ski complex / mRNA decay by 3' to 5' exoribonuclease / protein-DNA complex assembly / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, 3'-5' exonucleolytic nonsense-mediated decay / Cdc73/Paf1 complex / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, non-stop decay / : / nonfunctional rRNA decay / sulfur compound metabolic process / reciprocal meiotic recombination ...Ski complex / mRNA decay by 3' to 5' exoribonuclease / protein-DNA complex assembly / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, 3'-5' exonucleolytic nonsense-mediated decay / Cdc73/Paf1 complex / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, non-stop decay / : / nonfunctional rRNA decay / sulfur compound metabolic process / reciprocal meiotic recombination / translational elongation / nuclear chromosome / mRNA catabolic process / translation elongation factor activity / protein catabolic process / protein-macromolecule adaptor activity / regulation of translation / protein-containing complex assembly / defense response to virus / RNA helicase activity / RNA helicase / translation / GTPase activity / mRNA binding / protein-containing complex binding / GTP binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Tetratricopeptide-like repeat / Tetratricopeptide repeat / : / Ski2, beta-barrel domain / Ski3/TTC37 / Ski2, N-terminal domain / Ski2 N-terminal region / : / Exosome RNA helicase MTR4-like, stalk / ATP-dependent RNA helicase Ski2, C-terminal ...Tetratricopeptide-like repeat / Tetratricopeptide repeat / : / Ski2, beta-barrel domain / Ski3/TTC37 / Ski2, N-terminal domain / Ski2 N-terminal region / : / Exosome RNA helicase MTR4-like, stalk / ATP-dependent RNA helicase Ski2, C-terminal / ATP-dependent RNA helicase Ski2-like / DSHCT (NUC185) domain / DSHCT / Tetratricopeptide repeat / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Tetratricopeptide repeats / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain / Tetratricopeptide repeat / Helicase conserved C-terminal domain / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Superkiller protein 3 / Antiviral helicase SKI2 / Antiviral protein SKI8 / Superkiller protein 7
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Keidel, A. / Koegel, A. / Reichelt, P. / Kowalinski, E. / Schaefer, I.B. / Conti, E.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Max Planck Society ドイツ
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2023
タイトル: Concerted structural rearrangements enable RNA channeling into the cytoplasmic Ski238-Ski7-exosome assembly.
著者: Achim Keidel / Alexander Kögel / Peter Reichelt / Eva Kowalinski / Ingmar B Schäfer / Elena Conti /
要旨: The Ski2-Ski3-Ski8 (Ski238) helicase complex directs cytoplasmic mRNAs toward the nucleolytic exosome complex for degradation. In yeast, the interaction between Ski238 and exosome requires the ...The Ski2-Ski3-Ski8 (Ski238) helicase complex directs cytoplasmic mRNAs toward the nucleolytic exosome complex for degradation. In yeast, the interaction between Ski238 and exosome requires the adaptor protein Ski7. We determined different cryo-EM structures of the Ski238 complex depicting the transition from a rigid autoinhibited closed conformation to a flexible active open conformation in which the Ski2 helicase module has detached from the rest of Ski238. The open conformation favors the interaction of the Ski3 subunit with exosome-bound Ski7, leading to the recruitment of the exosome. In the Ski238-Ski7-exosome holocomplex, the Ski2 helicase module binds the exosome cap, enabling the RNA to traverse from the helicase through the internal exosome channel to the Rrp44 exoribonuclease. Our study pinpoints how conformational changes within the Ski238 complex regulate exosome recruitment for RNA degradation. We also reveal the remarkable conservation of helicase-exosome RNA channeling mechanisms throughout eukaryotic nuclear and cytoplasmic exosome complexes.
履歴
登録2023年8月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年11月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Antiviral helicase SKI2
B: Superkiller protein 3
C: Antiviral protein SKI8
D: Antiviral protein SKI8
E: Superkiller protein 7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)427,4505
ポリマ－427,4505
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 Antiviral helicase SKI2 / Superkiller protein 2


分子量: 146259.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: SKI2, YLR398C, L8084.17 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P35207, RNA helicase
#2: タンパク質 Superkiller protein 3


分子量: 164278.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: SKI3 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P17883
#3: タンパク質 Antiviral protein SKI8


分子量: 44283.527 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: SKI8 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q02793
#4: タンパク質 Superkiller protein 7


分子量: 28345.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: SKI7, YOR076C, YOR29-27 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q08491

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Ski2delarch387 PolyU RNA / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量単位: KILODALTONS/NANOMETER / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
由来(組換発現)生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm
撮影電子線照射量: 77.7 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 7127

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解析

EMソフトウェア名称: cryoSPARC / バージョン: 3.3.2 / カテゴリ: 分類
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 357690 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00211643
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.41915789
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d3.9441564
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0381835
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0032002

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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