PDB-8qc4: M. tuberculosis salicylate synthase MbtI in complex with 5-(3-car...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8qc4

タイトル

M. tuberculosis salicylate synthase MbtI in complex with 5-(3-carboxyphenyl)furan-2-carboxylic acid

要素

Salicylate synthase

キーワード

LYASE / salicylate / isochorismate / chorismate / mycobactins

機能・相同性

機能・相同性情報

isochorismate lyase / isochorismate pyruvate lyase activity / catechol-containing siderophore biosynthetic process / isochorismate synthase / oxo-acid-lyase activity / isochorismate synthase activity / salicylic acid biosynthetic process / cellular response to iron ion starvation / chorismate mutase / chorismate mutase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.578 Å

データ登録者

Mori, M. / Villa, S. / Meneghetti, F. / Bellinzoni, M.

資金援助

イタリア, 1件

引用

ジャーナル: Pharmaceuticals / 年: 2023
タイトル: Structural Study of a New MbtI-Inhibitor Complex: Towards an Optimized Model for Structure-Based Drug Discovery.
著者: Mori, M. / Villa, S. / Chiarelli, L.R. / Meneghetti, F. / Bellinzoni, M.

履歴

登録	2023年8月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年11月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年12月6日	Group: Database references / Other / カテゴリ: citation / pdbx_database_status Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8qc4.cif.gz	363.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8qc4.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8qc4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qc/8qc4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qc/8qc4	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8qn5C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#124 - 2010年4月コンカナバリンAと循環置換 (Concanavalin A and Circular Permutation) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Salicylate synthase

B: Salicylate synthase

ヘテロ分子

98.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Salicylate synthase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
49.4 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Salicylate synthase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
49.5 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	68.092, 84.001, 93.683
Angle α, β, γ (deg.)	90, 110.53, 90
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Salicylate synthase 分子量: 48949.383 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) 遺伝子: mbtI / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WFX1
#2: 化合物	ChemComp-TXR / 5-(3-carboxyphenyl)furan-2-carboxylic acid 分子量: 232.189 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₈O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 847 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.4 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 15% PEG 8000, 0.2 M (NH4)2SO4

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SOLEIL

/ ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9786 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月5日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9786 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.578→87.735 Å / Num. obs: 93645 / % possible obs: 94.6 % / 冗長度: 6.85 %
詳細: Some remarks regarding the mmCIF items written, the PDB Exchange Dictionary (PDBx/mmCIF) Version 5.0 supporting the data files in the current PDB archive (dictionary version 5.325, last ...詳細: Some remarks regarding the mmCIF items written, the PDB Exchange Dictionary (PDBx/mmCIF) Version 5.0 supporting the data files in the current PDB archive (dictionary version 5.325, last updated 2020-04-13: http://mmcif.wwpdb.org/dictionaries/mmcif_pdbx_v50.dic/Index/) and the actual quantities provided by MRFANA (https://github.com/githubgphl/MRFANA) from the autoPROC package (https://www.globalphasing.com/autoproc/). In general, the mmCIF categories here should provide items that are currently used in the PDB archive. If there are alternatives, the one recommended by the PDB developers has been selected. The distinction between *_all and *_obs quantities is not always clear: often only one version is actively used within the PDB archive (or is the one recommended by PDB developers). The intention of distinguishing between classes of reflections before and after some kind of observation criterion was applied, can in principle be useful - but such criteria change in various ways throughout the data processing steps (rejection of overloaded or too partial reflections, outlier/misfit rejections during scaling etc) and there is no retrospect computation of data scaling/merging statistics for the reflections used in the final refinement (where another observation criterion might have been applied). Typical data processing will usually only provide one version of statistics at various stages and these are given in the recommended item here, irrespective of the "_all" and "_obs" connotation, see e.g. the use of _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs, _reflns.pdbx_Rrim_I_all and _reflns.pdbx_Rpim_I_all. Please note that all statistics related to "merged intensities" (or "merging") are based on inverse-variance weighting of the individual measurements making up a symmetry-unique reflection. This is standard for several decades now, even if some of the dictionary definitions seem to suggest that a simple "mean" or "average" intensity is being used instead. R-values are always given for all symmetry-equivalent reflections following Friedel's law, i.e. Bijvoet pairs are not treated separately (since we want to describe the overall mean intensity and not the mean I(+) and I(-) here). The Rrim metric is identical to the Rmeas R-value and only differs in name. _reflns.pdbx_number_measured_all is the number of measured intensities just before the final merging step (at which point no additional rejection takes place). _reflns.number_obs is the number of symmetry-unique observations, i.e. the result of merging those measurements via inverse-variance weighting. _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI is based on the merged intensities (_reflns.number_obs) as expected. _reflns.pdbx_redundancy is synonymous with "multiplicity". The per-shell item _reflns_shell.number_measured_all corresponds to the overall value _reflns.pdbx_number_measured_all. The per-shell item _reflns_shell.number_unique_all corresponds to the overall value _reflns.number_obs. The per-shell item _reflns_shell.percent_possible_all corresponds to the overall value _reflns.percent_possible_obs. The per-shell item _reflns_shell.meanI_over_sigI_obs corresponds to the overall value given as _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI. But be aware of the incorrect definition of the former in the current dictionary!
CC_1/2: 0.998 / CC_1/2 anomalous: -0.252 / R_merge(I) obs: 0.0746 / R_pim(I) all: 0.0309 / R_rim(I) all: 0.0808 / AbsDiff over sigma anomalous: 0.728 / B_aniso tensor eigenvalue 1: 22.4468 Å² / B_aniso tensor eigenvalue 2: 3.1367 Å² / B_aniso tensor eigenvalue 3: 0 Å² / B_aniso tensor eigenvector 1 ortho1: 0.9595 / B_aniso tensor eigenvector 1 ortho2: 0 / B_aniso tensor eigenvector 1 ortho3: -0.2818 / B_aniso tensor eigenvector 2 ortho1: 0 / B_aniso tensor eigenvector 2 ortho2: 1 / B_aniso tensor eigenvector 2 ortho3: 0 / B_aniso tensor eigenvector 3 ortho1: 0.2818 / B_aniso tensor eigenvector 3 ortho2: 0 / B_aniso tensor eigenvector 3 ortho3: 0.9595 / Aniso diffraction limit 1: 2.093 Å / Aniso diffraction limit 2: 1.635 Å / Aniso diffraction limit 3: 1.578 Å / Aniso diffraction limit axis 1 ortho1: 0.9571 / Aniso diffraction limit axis 1 ortho2: 0 / Aniso diffraction limit axis 1 ortho3: -0.28957 / Aniso diffraction limit axis 2 ortho1: 0 / Aniso diffraction limit axis 2 ortho2: 1 / Aniso diffraction limit axis 2 ortho3: 0 / Aniso diffraction limit axis 3 ortho1: 0.28957 / Aniso diffraction limit axis 3 ortho2: 0 / Aniso diffraction limit axis 3 ortho3: 0.9571 / Net I/σ(I): 12.71 / Num. measured all: 641863 / Observed signal threshold: 1.2 / Orthogonalization convention: pdb / % possible anomalous: 94.4 / % possible ellipsoidal: 94.6 / % possible ellipsoidal anomalous: 94.4 / % possible spherical: 69.1 / % possible spherical anomalous: 68.9 / Redundancy anomalous: 3.48 / Signal type: local

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. measured obs	Num. unique all	Num. unique obs	CC_1/2	CC_1/2 anomalous	R_pim(I) all	R_rim(I) all	AbsDiff over sigma anomalous	% possible anomalous	% possible ellipsoidal	% possible ellipsoidal anomalous	% possible spherical	% possible spherical anomalous	Redundancy anomalous	% possible all
4.887-87.735	6.86	0.0341	39.32	32107	32107	4682	4682	0.998	-0.374	0.0141	0.037	0.573	99.9	99.8	99.9	99.8	99.9	3.58	99.8
3.871-4.887	6.4	0.0384	36.32	29965	29965	4682	4682	0.998	-0.301	0.0163	0.0418	0.692	99.8	99.8	99.8	99.8	99.8	3.29	99.8
3.376-3.871	6.75	0.0471	31.28	31614	31614	4683	4683	0.997	-0.202	0.0196	0.0511	0.757	99.9	100	99.9	100	99.9	3.45	100
3.065-3.376	6.35	0.0554	25.97	29714	29714	4681	4681	0.997	-0.177	0.024	0.0605	0.775	99.6	99.8	99.6	99.8	99.6	3.23	99.8
2.843-3.065	6.9	0.0722	21.32	32321	32321	4683	4683	0.996	-0.226	0.0298	0.0782	0.759	100	100	100	100	100	3.51	100
2.675-2.843	7.06	0.0898	17.48	33047	33047	4683	4683	0.995	-0.172	0.0365	0.097	0.755	100	100	100	100	100	3.59	100
2.539-2.675	7.16	0.1129	14.44	33510	33510	4681	4681	0.993	-0.122	0.0455	0.1218	0.748	100	100	100	100	100	3.63	100
2.428-2.539	7.23	0.1393	12.02	33831	33831	4682	4682	0.992	-0.083	0.0559	0.1502	0.75	99.9	100	99.9	100	99.9	3.67	100
2.334-2.428	7.26	0.1669	10.33	33995	33995	4683	4683	0.99	-0.072	0.0666	0.1798	0.742	99.9	100	99.9	100	99.9	3.68	100
2.253-2.334	6.75	0.2407	7.46	31599	31599	4683	4683	0.981	-0.089	0.1001	0.261	0.744	99.8	100	99.8	100	99.8	3.42	100
2.182-2.253	6.61	0.3013	6.31	30941	30941	4681	4681	0.966	-0.078	0.1269	0.3275	0.762	99.7	99.8	99.7	99.8	99.7	3.35	99.8
2.119-2.182	6.98	0.2966	6.26	32702	32702	4684	4684	0.974	0.007	0.1204	0.3205	0.734	98.3	98.2	98.3	98.2	98.3	3.53	98.2
2.059-2.119	7.02	0.3318	5.74	32878	32878	4682	4682	0.967	-0.051	0.1344	0.3584	0.725	95.7	95.6	95.7	94.4	94.7	3.55	95.6
2.003-2.059	7.07	0.3946	4.89	33121	33121	4682	4682	0.952	-0.008	0.1591	0.4259	0.738	96.2	96.2	96.2	89.5	89.9	3.57	96.2
1.948-2.003	6.77	0.4776	3.95	31695	31695	4682	4682	0.929	-0.043	0.1971	0.5174	0.72	94.4	94.6	94.4	80.9	81.1	3.42	94.6
1.893-1.948	6.57	0.7259	2.65	30764	30764	4683	4683	0.833	-0.049	0.3047	0.7887	0.751	91.5	91.8	91.5	71.7	71.8	3.32	91.8
1.837-1.893	6.78	0.6678	2.71	31734	31734	4681	4681	0.843	-0.033	0.2749	0.7233	0.706	90.4	90.9	90.4	63.8	63.8	3.43	90.9
1.781-1.837	6.78	0.7766	2.29	31760	31760	4681	4681	0.784	-0.001	0.3204	0.8415	0.713	91	91.4	91	56.1	56.2	3.43	91.4
1.72-1.781	6.85	0.9298	1.91	32061	32061	4683	4683	0.715	-0.027	0.3827	1.0071	0.702	87.5	87.8	87.5	45.2	45.4	3.45	87.8
1.578-1.72	6.94	1.1115	1.55	32504	32504	4683	4683	0.625	0.02	0.4538	1.202	0.713	63.3	63.8	63.3	15.2	15.2	3.52	63.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.4	精密化
autoPROC	1.0.5 20220608	data processing
autoPROC	1.0.5 20220608	データ削減
PHASER		位相決定
Aimless		データスケーリング
autoPROC	1.0.5 20220608	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.578→22.76 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.954 / SU R Cruickshank DPI: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.116 / SU R_free Blow DPI: 0.106 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.104

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2047	4717	-	RANDOM
R_work	0.1787	-	-	-
obs	0.18	93600	69 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.21 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.2165 Å²	0 Å²	-1.4049 Å²
2-	-	-1.5816 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.6349 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.21 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.578→22.76 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6671	0	60	847	7578

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	6853	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	0.96	9307	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		2386	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		1201	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		6853	HARMONIC	10
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		888	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		6933	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.96
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	13.88

LS精密化シェル

解像度: 1.58→1.67 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2885	92	-
R_work	0.2633	-	-
obs	0.2645	1872	8.91 %

精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	17.3209	-0.8986	-8.8125	9.2259	-2.5144	11.1161	0.5284	-0.0742	-0.6529	-0.0742	-0.1522	-0.1004	-0.6529	-0.1004	-0.3761	0.2223	0.0259	-0.0232	-0.1479	-0.0369	-0.0906	-29.7333	20.4463	-6.3443
2	0.6489	0.6777	-0.1767	3.0065	0.2166	1.614	0.031	0.3196	0.0727	0.3196	-0.016	-0.0542	0.0727	-0.0542	-0.0149	-0.0199	0.006	-0.0244	-0.1114	-0.0019	-0.1147	-27.1541	-3.6405	-5.4103
3	8.1764	-2.1842	0.9671	35.6144	1.4564	5.2887	-0.0029	1.4622	-0.1083	1.4622	0.3247	-0.3392	-0.1083	-0.3392	-0.3217	0.0543	-0.0018	0.011	-0.033	0.0386	-0.0705	-39.411	-7.2805	-5.0952
4	0.9098	-0.5724	-0.2914	2.4465	1.3453	2.2191	-0.0272	0.1145	0.0576	0.1145	-0.0049	-0.0599	0.0576	-0.0599	0.0321	-0.0586	-0.0068	-0.0144	-0.1305	0.0147	-0.1233	-27.8397	-3.1484	-9.1727
5	0.5996	-0.246	-0.3371	1.1317	0.1562	1.6842	-0.0035	-0.0238	0.034	-0.0238	-0.0114	0.3011	0.034	0.3011	0.0149	-0.0502	-0.0011	-0.0255	-0.0756	0.0096	-0.077	-11.7436	0.4332	-18.2559
6	0.9241	0.2752	-0.5366	1.0617	-0.2672	2.0258	0.006	-0.0626	0.0039	-0.0626	0.061	-0.2317	0.0039	-0.2317	-0.0671	-0.0117	-0.0057	-0.034	-0.0577	0.0131	-0.0918	-27.7143	0.2838	-32.7201
7	1.0528	-0.0453	-0.2703	0.8223	-0.1134	1.4709	0.0035	-0.0918	0.1738	-0.0918	-0.0326	0.046	0.1738	0.046	0.0291	-0.0012	0.0117	-0.0113	-0.1274	-0.0026	-0.1262	-19.9453	-8.9064	-22.1571
8	2.0066	-0.9671	-1.0375	7.0873	6.2169	9.0013	0.0345	-0.3509	-0.0219	-0.3509	-0.0026	0.3628	-0.0219	0.3628	-0.0319	-0.0293	-0.026	-0.0001	-0.0392	0.0497	-0.0389	-6.6646	1.1656	-24.934
9	-0.622	-12.6227	7.1368	8.8657	-7.3063	5.4588	0.3373	-1.256	0.2411	-1.256	-0.1516	0.5653	0.2411	0.5653	-0.1858	0.016	0.019	-0.073	0.0067	0.0127	-0.0406	-16.5616	-3.9304	-29.7555
10	1.7349	-0.0799	1.1713	1.8331	0.8212	1.9062	0.0399	-0.0139	0.0177	-0.0139	-0.0589	-0.3546	0.0177	-0.3546	0.019	-0.0241	0.0043	-0.0146	-0.0191	0.0113	-0.0723	-23.4719	5.5525	20.4125
11	2.356	0.4292	0.6312	1.554	0.4574	1.8723	-0.0087	-0.0824	-0.2572	-0.0824	-0.0429	-0.2396	-0.2572	-0.2396	0.0517	0.0136	0.0224	-0.0217	-0.0691	0.0093	-0.1042	-15.579	13.9796	24.8642
12	12.7818	4.3314	-0.4986	6.4682	0.1759	7.7409	0.0093	-0.9413	0.3217	-0.9413	-0.073	-1.5167	0.3217	-1.5167	0.0638	0.0205	-0.2827	0.0845	0.898	-0.4466	0.5057	-36.4328	-1.2085	16.4154
13	3.8257	1.7168	1.932	2.4327	0.8423	2.3962	0.2509	-0.1505	0.1621	-0.1505	-0.0391	0.4438	0.1621	0.4438	-0.2118	0.0077	0.0757	-0.0293	-0.0244	-0.026	-0.0029	2.6909	-3.2997	17.2825
14	1.4963	-0.349	1.1166	1.0047	0.3453	2.2319	0.1562	0.0215	0.2079	0.0215	0.028	-0.09	0.2079	-0.09	-0.1842	-0.0249	-0.0077	-0.0458	-0.1009	0.0171	-0.069	-11.1509	-2.73	23.9501
15	3.5772	-3.6756	0.9164	8.9953	0.4776	2.4656	0.1961	-0.359	0.1567	-0.359	-0.1011	0.0982	0.1567	0.0982	-0.0949	0.037	0.03	-0.0492	-0.0219	-0.0061	-0.0455	4.0777	-7.5345	37.1197
16	2.9111	-1.3994	1.073	2.9212	-0.2731	3.0483	-0.1331	0.4161	-0.0265	0.4161	0.2955	-0.2046	-0.0265	-0.2046	-0.1624	-0.0033	0.0145	-0.024	0.0324	0.0269	-0.0984	-5.4071	2.2773	41.4769
17	1.4431	0.0974	0.9647	1.223	-0.0033	1.8593	0.1493	-0.0663	0.0401	-0.0663	-0.0329	0.1605	0.0401	0.1605	-0.1165	-0.0396	0.0077	-0.0327	-0.0853	0.0104	-0.063	-1.2828	2.2811	22.7219
18	4.764	2.1299	-8.9977	9.4624	-10.2697	14.079	-0.1498	0.5128	-0.1364	0.5128	-0.504	1.5109	-0.1364	1.5109	0.6538	0.061	0.0042	-0.0384	0.0887	0.0601	-0.002	2.4684	-2.4958	26.9403

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{A\|13 - 25}	A	13 - 25
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{A\|26 - 93}	A	26 - 93
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{A\|94 - 103}	A	94 - 103
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{A\|104 - 160}	A	104 - 160
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{A\|161 - 248}	A	161 - 248
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{A\|249 - 350}	A	249 - 350
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{A\|351 - 426}	A	351 - 426
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{A\|427 - 450}	A	427 - 450
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{A\|501}	A	501
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{B\|15 - 80}	B	15 - 80
11	X-RAY DIFFRACTION	11	{B\|81 - 155}	B	81 - 155
12	X-RAY DIFFRACTION	12	{B\|156 - 164}	B	156 - 164
13	X-RAY DIFFRACTION	13	{B\|165 - 211}	B	165 - 211
14	X-RAY DIFFRACTION	14	{B\|212 - 274}	B	212 - 274
15	X-RAY DIFFRACTION	15	{B\|275 - 310}	B	275 - 310
16	X-RAY DIFFRACTION	16	{B\|311 - 348}	B	311 - 348
17	X-RAY DIFFRACTION	17	{B\|349 - 449}	B	349 - 449
18	X-RAY DIFFRACTION	18	{B\|501}	B	501

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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