+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8qc2 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of NAD-dependent glycoside hydrolase from Flavobacterium sp. (strain K172) in complex with co-factor NAD+ and sulfoquinovose (SQ) | |||||||||
要素 | Gfo/Idh/MocA family oxidoreductase | |||||||||
キーワード | HYDROLASE / oxidoreductive / sulfoquinovose / glycoside hydrolase | |||||||||
機能・相同性 | NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / sulfoquinovose / : 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Paenarthrobacter ureafaciens (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Pickles, I.B. / Sharma, M. / Davies, G.J. | |||||||||
資金援助 | European Union, 英国, 2件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2023 タイトル: Widespread Family of NAD + -Dependent Sulfoquinovosidases at the Gateway to Sulfoquinovose Catabolism. 著者: Kaur, A. / Pickles, I.B. / Sharma, M. / Madeido Soler, N. / Scott, N.E. / Pidot, S.J. / Goddard-Borger, E.D. / Davies, G.J. / Williams, S.J. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8qc2.cif.gz | 306.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb8qc2.ent.gz | 247.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8qc2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8qc2_validation.pdf.gz | 2.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 8qc2_full_validation.pdf.gz | 2.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8qc2_validation.xml.gz | 59.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8qc2_validation.cif.gz | 84.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qc/8qc2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qc/8qc2 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
2 |
| ||||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42881.348 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Paenarthrobacter ureafaciens (バクテリア) 遺伝子: FV140_09610 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A7D7VZ79 #2: 化合物 | ChemComp-NAD / #3: 化合物 | ChemComp-R7R / #4: 化合物 | ChemComp-TRS / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.28 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 100 mM bis-tris propane pH 7, 0.02 mM sodium and potassium phosphate, 28% (w/v) PEG3350, 5 mM NAD+ and 1 mM manganese chloride. SQ powder soaked into the well directly for around 2 minutes |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年5月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9763 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→51.19 Å / Num. obs: 73391 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.8 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.288 / Rpim(I) all: 0.08 / Rrim(I) all: 0.299 / Χ2: 0.88 / Net I/σ(I): 6.2 / Num. measured all: 1014728 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.35 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.4 % / Rmerge(I) obs: 1.616 / Num. measured all: 64373 / Num. unique obs: 4478 / CC1/2: 0.876 / Rpim(I) all: 0.438 / Rrim(I) all: 1.675 / Χ2: 0.85 / Net I/σ(I) obs: 1.7 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→49.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 8.836 / SU ML: 0.201 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.344 / ESU R Free: 0.24 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.867 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.3→49.06 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|