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万見
- PDB-8qc0: Nucleoside 2'deoxyribosyltransferase from Chroococcidiopsis therm... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qc0
タイトルNucleoside 2'deoxyribosyltransferase from Chroococcidiopsis thermalis PCC 7203 WT ribosylated
要素Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Ribosylated / holoprotein
機能・相同性deoxyribonucleoside monophosphate catabolic process / 5-hydroxymethyl-dUMP N-hydrolase activity / : / Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase / Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase / transferase activity / metal ion binding / alpha-D-ribofuranose / Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase
機能・相同性情報
生物種Chroococcidiopsis thermalis PCC 7203 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.02 Å
データ登録者Tang, P. / Harding, C.J. / Czekster, C.M.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Other privateIBioIC 2020-2-1 英国
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2024
タイトル: Snapshots of the Reaction Coordinate of a Thermophilic 2'-Deoxyribonucleoside/ribonucleoside Transferase.
著者: Tang, P. / Harding, C.J. / Dickson, A.L. / da Silva, R.G. / Harrison, D.J. / Czekster, C.M.
履歴
登録2023年8月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年2月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase
B: Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase
C: Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase
D: Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,61912
ポリマ－70,7574
非ポリマー8628
水4,143230
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, The corresponding mass of ~62kDa calculated from a calibration curve of Superdex 75 Increase 10/300 GL
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14310 Å2
ΔGint-248 kcal/mol
Surface area21610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)135.240, 135.240, 87.220
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

#1: タンパク質
Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase


分子量: 17689.146 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chroococcidiopsis thermalis PCC 7203 (バクテリア)
株: PCC 7203 / 遺伝子: Chro_1188 / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: K9TVX3
#2: 糖
ChemComp-RIB / alpha-D-ribofuranose / alpha-D-ribose / D-ribose / ribose / α-D-リボフラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 150.130 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H10O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DRibfaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-ribofuranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-RibfIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
RibSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 230 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.92 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 21.43% v/v PEG 6000; 0.1 M Tris pH 8; 0.5 M Zinc chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.02→53.5 Å / Num. obs: 59536 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 39.2 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.192 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.194 / Net I/σ(I): 15.6
反射 シェル解像度: 2.02→2.05 Å / 冗長度: 42.1 % / Rmerge(I) obs: 5.534 / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / Num. unique obs: 2939 / CC1/2: 0.286 / Rpim(I) all: 0.862 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
xia23.4.2データ削減
xia23.4.2データスケーリング
PHENIX1.19.2-4158位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.02→44.27 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.86 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2408 2958 4.98 %RANDOM
Rwork0.2138 ---
obs0.2152 59456 99.9 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.02→44.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4951 0 4 230 5185
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0095094
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1086918
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.902695
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.088745
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007892
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.02-2.050.42551430.42552610X-RAY DIFFRACTION99
2.05-2.090.43271320.4022696X-RAY DIFFRACTION100
2.09-2.130.33731400.3342672X-RAY DIFFRACTION100
2.13-2.170.35051510.32661X-RAY DIFFRACTION100
2.17-2.210.31851240.28942729X-RAY DIFFRACTION100
2.21-2.260.28981470.27362638X-RAY DIFFRACTION100
2.26-2.310.29841360.26372695X-RAY DIFFRACTION100
2.31-2.370.30471540.26372702X-RAY DIFFRACTION100
2.37-2.430.33271460.25912649X-RAY DIFFRACTION100
2.43-2.510.29251420.25882682X-RAY DIFFRACTION100
2.51-2.590.32311500.26552669X-RAY DIFFRACTION100
2.59-2.680.29721440.25812689X-RAY DIFFRACTION100
2.68-2.790.25821100.23392730X-RAY DIFFRACTION100
2.79-2.910.25821170.23392699X-RAY DIFFRACTION100
2.91-3.070.24871450.22462705X-RAY DIFFRACTION100
3.07-3.260.25491310.21712701X-RAY DIFFRACTION100
3.26-3.510.261320.22142710X-RAY DIFFRACTION100
3.51-3.860.21541450.19742699X-RAY DIFFRACTION100
3.86-4.420.19131880.16692670X-RAY DIFFRACTION100
4.42-5.570.20341460.16532715X-RAY DIFFRACTION100
5.57-44.270.2151350.19282777X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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