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万見
- PDB-8qbx: Chimeric Adenovirus-derived dodecamer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qbx
タイトルChimeric Adenovirus-derived dodecamer
要素Penton protein
キーワードVIRUS LIKE PARTICLE / Adenovirus / capsid protein / virus-like particle
機能・相同性Adenovirus penton base protein / Adenovirus penton base protein / T=25 icosahedral viral capsid / endocytosis involved in viral entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / metal ion binding / Penton protein
機能・相同性情報
生物種Human adenovirus sp. (ヒトアデノウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Buzas, D. / Borucu, U. / Bufton, J. / Kapadalakere, S.Y. / Toelzer, C.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Max Planck Bristol Centre for Minimal Biology - University of Bristol 英国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: Engineering the ADDobody protein scaffold for generation of high-avidity ADDomer super-binders.
著者: Dora Buzas / Huan Sun / Christine Toelzer / Sathish K N Yadav / Ufuk Borucu / Gunjan Gautam / Kapil Gupta / Joshua C Bufton / Julien Capin / Richard B Sessions / Frederic Garzoni / Imre ...著者: Dora Buzas / Huan Sun / Christine Toelzer / Sathish K N Yadav / Ufuk Borucu / Gunjan Gautam / Kapil Gupta / Joshua C Bufton / Julien Capin / Richard B Sessions / Frederic Garzoni / Imre Berger / Christiane Schaffitzel /
要旨: Adenovirus-derived nanoparticles (ADDomer) comprise 60 copies of adenovirus penton base protein (PBP). ADDomer is thermostable, rendering the storage, transport, and deployment of ADDomer-based ...Adenovirus-derived nanoparticles (ADDomer) comprise 60 copies of adenovirus penton base protein (PBP). ADDomer is thermostable, rendering the storage, transport, and deployment of ADDomer-based therapeutics independent of a cold chain. To expand the scope of ADDomers for new applications, we engineered ADDobodies, representing PBP crown domain, genetically separated from PBP multimerization domain. We inserted heterologous sequences into hyper-variable loops, resulting in monomeric, thermostable ADDobodies expressed at high yields in Escherichia coli. The X-ray structure of an ADDobody prototype validated our design. ADDobodies can be used in ribosome display experiments to select a specific binder against a target, with an enrichment factor of ∼10-fold per round. ADDobodies can be re-converted into ADDomers by genetically reconnecting the selected ADDobody with the PBP multimerization domain from a different species, giving rise to a multivalent nanoparticle, called Chimera, confirmed by a 2.2 Å electron cryo-microscopy structure. Chimera comprises 60 binding sites, resulting in ultra-high, picomolar avidity to the target.
履歴
登録2023年8月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年12月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22024年3月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
F: Penton protein
C: Penton protein
A: Penton protein
B: Penton protein
D: Penton protein
E: Penton protein
G: Penton protein
H: Penton protein
I: Penton protein
J: Penton protein
K: Penton protein
L: Penton protein
M: Penton protein
N: Penton protein
O: Penton protein
P: Penton protein
Q: Penton protein
R: Penton protein
S: Penton protein
T: Penton protein
V: Penton protein
W: Penton protein
X: Penton protein
Y: Penton protein
Z: Penton protein
AA: Penton protein
BA: Penton protein
CA: Penton protein
DA: Penton protein
EA: Penton protein
FA: Penton protein
GA: Penton protein
HA: Penton protein
IA: Penton protein
JA: Penton protein
KA: Penton protein
LA: Penton protein
MA: Penton protein
NA: Penton protein
OA: Penton protein
PA: Penton protein
QA: Penton protein
RA: Penton protein
SA: Penton protein
TA: Penton protein
UA: Penton protein
VA: Penton protein
WA: Penton protein
XA: Penton protein
YA: Penton protein
ZA: Penton protein
AB: Penton protein
BB: Penton protein
CB: Penton protein
DB: Penton protein
EB: Penton protein
FB: Penton protein
GB: Penton protein
HB: Penton protein
IB: Penton protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,791,74960
ポリマ－3,791,74960
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 ...
Penton protein


分子量: 63195.812 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human adenovirus sp. (ヒトアデノウイルス)
遺伝子: L2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q2Y0H9

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: unidentified adenovirus / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: unidentified adenovirus (ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
ウイルスについての詳細中空か: YES / エンベロープを持つか: NO / 単離: OTHER / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 1.06 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 566795 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.004188280
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.738257580
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d13.0465160
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.05329580
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00433240

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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