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- PDB-8qb5: Crystal structure of apo-GltTk obtained with in meso crystallizat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qb5
タイトルCrystal structure of apo-GltTk obtained with in meso crystallization (P6322 space group)
要素Proton/glutamate symporter, SDF family
キーワードMEMBRANE PROTEIN / glutamate transporter / in meso crystallization / aspartate / glutamate
機能・相同性
機能・相同性情報


carboxylic acid transport / symporter activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Sodium:dicarboxylate symporter / Sodium:dicarboxylate symporter, conserved site / Sodium:dicarboxylate symporter superfamily / Sodium:dicarboxylate symporter family / Sodium:dicarboxylate symporter family signature 1.
類似検索 - ドメイン・相同性
OLEIC ACID / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / Proton/glutamate symporter, SDF family
類似検索 - 構成要素
生物種Thermococcus kodakarensis KOD1 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Marin, E. / Guskov, A. / Borshchevskiy, V. / Kovalev, K.
資金援助 オランダ, 1件
組織認可番号国
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)OCENW.KLEIN.141 オランダ
引用
ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of apo-GltTk obtained with in meso crystallization (P6322 space group)
著者: Marin, E. / Guskov, A. / Borshchevskiy, V. / Kovalev, K.
#3: ジャーナル: To Be Published
タイトル: Custom Design of Humidifier Chamber for In Meso Crystallisation
著者: Marin, E. / Guskov, A.
履歴
登録2023年8月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proton/glutamate symporter, SDF family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,1637
ポリマ－45,5801
非ポリマー1,5826
水00
1
A: Proton/glutamate symporter, SDF family
ヘテロ分子

A: Proton/glutamate symporter, SDF family
ヘテロ分子

A: Proton/glutamate symporter, SDF family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,48821
ポリマ－136,7413
非ポリマー4,74718
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area12270 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area46180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.240, 94.240, 244.560
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Space group name HallP6c2c
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/2
#3: y,-x+y,z+1/2
#4: -y,x-y,z
#5: -x+y,-x,z
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z
#10: -y,-x,-z+1/2
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Proton/glutamate symporter, SDF family


分子量: 45580.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermococcus kodakarensis KOD1 (古細菌)
遺伝子: TK0986 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5JID0
#2: 化合物
ChemComp-OLA / OLEIC ACID / オレイン酸


分子量: 282.461 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2
#3: 化合物 ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.23 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 4.9 / 詳細: 1 M ammonium sulfate 100 mM sodium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.97242 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97242 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 10342 / % possible obs: 92.6 % / 冗長度: 36.9 % / Biso Wilson estimate: 101.55 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rrim(I) all: 0.322 / Net I/σ(I): 12.95
反射 シェル解像度: 3.2→3.3 Å / 冗長度: 39.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.14 / Num. unique obs: 1083 / CC1/2: 0.585 / Rrim(I) all: 3.968 / % possible all: 0.999

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.2→47.12 Å / SU ML: 0.595 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 39.0993
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3124 516 4.99 %
Rwork0.2923 9825 -
obs0.2934 10341 91.35 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 102.52 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→47.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2994 0 75 0 3069
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00383117
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.72924224
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0435524
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008514
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.71161108
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2-3.520.42281340.41122563X-RAY DIFFRACTION98.94
3.52-4.030.4525900.41491731X-RAY DIFFRACTION65.86
4.03-5.080.29681400.27352663X-RAY DIFFRACTION99.93
5.08-47.120.26981520.25472868X-RAY DIFFRACTION99.87
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -24.2956385034 Å / Origin y: 6.78041348169 Å / Origin z: -32.9755850322 Å
111213212223313233
T0.450572359994 Å20.0260689591848 Å20.019344315297 Å2-0.663162839835 Å20.0291111440731 Å2--0.60519634538 Å2
L0.566333057888 °20.365184750137 °2-0.0709141486634 °2-0.930125876949 °2-0.153168683555 °2--1.05623199361 °2
S-0.231787412555 Å °0.196238464861 Å °0.0944142560553 Å °0.0195262567103 Å °0.153044834564 Å °-0.284253486364 Å °-0.0567653535942 Å °-0.683674035858 Å °-0.0171326038738 Å °
精密化 TLSグループSelection details: (chain 'A' and resid 14 through 430)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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