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Yorodumi- PDB-8qb4: Crystal structure of apo-GltTk obtained with in meso crystallizat... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8qb4 | ||||||
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Title | Crystal structure of apo-GltTk obtained with in meso crystallization (H32 space group) | ||||||
Components | Proton/glutamate symporter, SDF family | ||||||
Keywords | MEMBRANE PROTEIN / glutamate transporter / in meso crystallization / aspartate / glutamate | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Thermococcus kodakarensis KOD1 (archaea) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.7 Å | ||||||
Authors | Marin, E. / Guskov, A. / Borshchevskiy, V. / Kovalev, K. | ||||||
Funding support | Netherlands, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal structure of apo-GltTk obtained with in meso crystallization (H32 space group) Authors: Marin, E. / Guskov, A. / Borshchevskiy, V. / Kovalev, K. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8qb4.cif.gz | 284.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8qb4.ent.gz | 195.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8qb4.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8qb4_validation.pdf.gz | 1.5 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8qb4_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | Display | |
Data in XML | 8qb4_validation.xml.gz | 19.1 KB | Display | |
Data in CIF | 8qb4_validation.cif.gz | 24.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qb/8qb4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qb/8qb4 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 45580.203 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Thermococcus kodakarensis KOD1 (archaea) Gene: TK0986 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q5JID0 | ||
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#2: Chemical | ChemComp-OLA / Has ligand of interest | N | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.05 Å3/Da / Density % sol: 59.7 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: lipidic cubic phase / pH: 5 / Details: 1.6 M ammonium phosphate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PETRA III, EMBL c/o DESY / Beamline: P13 (MX1) / Wavelength: 0.97242 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: May 24, 2022 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97242 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.7→50 Å / Num. obs: 15646 / % possible obs: 99.2 % / Redundancy: 19.3 % / Biso Wilson estimate: 70.2 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rrim(I) all: 0.34 / Net I/σ(I): 8.28 |
Reflection shell | Resolution: 2.7→2.77 Å / Redundancy: 20.1 % / Mean I/σ(I) obs: 0.69 / Num. unique obs: 1538 / CC1/2: 0.201 / Rrim(I) all: 4.649 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.7→42.88 Å / SU ML: 0.4751 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 32.9032 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 77.05 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.7→42.88 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
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