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- PDB-8qb3: ADDobody zinc containing condition -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qb3
タイトルADDobody zinc containing condition
要素ADDobody
キーワードVIRAL PROTEIN / Adenovirus capsid / Penton base protein / Structural viral protein
生物種Human adenovirus sp. (ヒトアデノウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Buzas, D. / Toelzer, C. / Berger, I. / Schaffitzel, C.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Max Planck Bristol Centre for Minimal Biology - University of Bristol 英国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: Engineering the ADDobody protein scaffold for generation of high-avidity ADDomer super-binders.
著者: Dora Buzas / Huan Sun / Christine Toelzer / Sathish K N Yadav / Ufuk Borucu / Gunjan Gautam / Kapil Gupta / Joshua C Bufton / Julien Capin / Richard B Sessions / Frederic Garzoni / Imre ...著者: Dora Buzas / Huan Sun / Christine Toelzer / Sathish K N Yadav / Ufuk Borucu / Gunjan Gautam / Kapil Gupta / Joshua C Bufton / Julien Capin / Richard B Sessions / Frederic Garzoni / Imre Berger / Christiane Schaffitzel /
要旨: Adenovirus-derived nanoparticles (ADDomer) comprise 60 copies of adenovirus penton base protein (PBP). ADDomer is thermostable, rendering the storage, transport, and deployment of ADDomer-based ...Adenovirus-derived nanoparticles (ADDomer) comprise 60 copies of adenovirus penton base protein (PBP). ADDomer is thermostable, rendering the storage, transport, and deployment of ADDomer-based therapeutics independent of a cold chain. To expand the scope of ADDomers for new applications, we engineered ADDobodies, representing PBP crown domain, genetically separated from PBP multimerization domain. We inserted heterologous sequences into hyper-variable loops, resulting in monomeric, thermostable ADDobodies expressed at high yields in Escherichia coli. The X-ray structure of an ADDobody prototype validated our design. ADDobodies can be used in ribosome display experiments to select a specific binder against a target, with an enrichment factor of ∼10-fold per round. ADDobodies can be re-converted into ADDomers by genetically reconnecting the selected ADDobody with the PBP multimerization domain from a different species, giving rise to a multivalent nanoparticle, called Chimera, confirmed by a 2.2 Å electron cryo-microscopy structure. Chimera comprises 60 binding sites, resulting in ultra-high, picomolar avidity to the target.
履歴
登録2023年8月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年12月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22024年3月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ADDobody
B: ADDobody
C: ADDobody
D: ADDobody
E: ADDobody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)176,3086
ポリマ－176,2435
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7640 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area47790 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)101.478, 103.072, 167.224
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質
ADDobody


分子量: 35248.512 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human adenovirus sp. (ヒトアデノウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.42 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20% w/v PEG 6000, 0.1 M zinc-acetate, 0.1 M HEPES pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→87.74 Å / Num. obs: 75083 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 26.71 Å2 / CC1/2: 0.946 / Net I/σ(I): 5.6
反射 シェル解像度: 2.9→2.95 Å / Rmerge(I) obs: 0.136 / Num. unique obs: 39593

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→87.74 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 31.3 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2906 3763 5.02 %
Rwork0.2714 --
obs0.2724 74991 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→87.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8616 0 1 0 8617
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.2393081
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0431338
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051553
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9-2.940.38041490.36632576X-RAY DIFFRACTION99
2.94-2.980.41961370.3512643X-RAY DIFFRACTION99
4.55-4.790.23451450.20822663X-RAY DIFFRACTION100
4.79-5.090.26141470.21782608X-RAY DIFFRACTION100
5.09-5.480.28541320.23982648X-RAY DIFFRACTION100
6.03-6.90.26921260.28532652X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 33.0606 Å / Origin y: 23.3463 Å / Origin z: 59.9577 Å
111213212223313233
T0.1238 Å20.0121 Å2-0.0114 Å2-0.1421 Å2-0.0477 Å2--0.1681 Å2
L0.5937 °2-0.3963 °20.2296 °2-1.4978 °2-0.5125 °2--0.806 °2
S-0.1178 Å °-0.0822 Å °0.0553 Å °0.4136 Å °0.0779 Å °-0.0679 Å °-0.1344 Å °0.0998 Å °0.0355 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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