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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8qb1 | ||||||
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タイトル | C-terminal domain of mirolase from Tannerella forsythia | ||||||
要素 | Mirolase | ||||||
キーワード | PROTEIN TRANSPORT / Type-IX Secretion System C-terminal secretion-signal domain | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Tannerella forsythia (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.601 Å | ||||||
データ登録者 | Gomis-Ruth, F.X. / Rodriguez-Banqueri, A. / Mizgalska, D. / Veillard, F. / Goulas, T. / Eckhard, U. / Potempa, J. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Open Biology / 年: 2024 タイトル: Structural and functional insights into the C-terminal signal domain of the Bacteroidetes type-IX secretion system. 著者: Mizgalska, D. / Rodriguez-Banqueri, A. / Veillard, F. / Ksiazek, M. / Goulas, T. / Guevara, T. / Eckhard, U. / Potempa, J. / Gomis-Ruth, F.X. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8qb1.cif.gz | 222.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8qb1.ent.gz | 181.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8qb1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8qb1_validation.pdf.gz | 484.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8qb1_full_validation.pdf.gz | 493.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8qb1_validation.xml.gz | 27 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8qb1_validation.cif.gz | 38.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qb/8qb1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qb/8qb1 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9928.908 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Tannerella forsythia (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0A7KVG3 #2: 化合物 | ChemComp-CL / #3: 化合物 | ChemComp-PEG / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.51 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: Protein at 19 mg per mL in 5mM Tris-HCl pH 8.0 and 30% polyethylene glycol (PEG) 2000, 0.1 M potassium thiocyanide as reservoir solution. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97917 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97917 Å / 相対比: 1 |
Reflection twin | タイプ: hemihedral / Operator: h,-h-k,-l / Fraction: 0.423 |
反射 | 解像度: 1.6→48.41 Å / Num. obs: 65076 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 11.2 % / Biso Wilson estimate: 23.5 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.121 / Rrim(I) all: 0.127 / Net I/σ(I): 9 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.7 Å / Rmerge(I) obs: 0.954 / Mean I/σ(I) obs: 11.1 / Num. unique obs: 10842 / CC1/2: 0.943 / Rrim(I) all: 0.999 / % possible all: 99.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.601→48.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU R Cruickshank DPI: 0.139 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.142 / SU Rfree Blow DPI: 0.13 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.129
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原子変位パラメータ | Biso mean: 21.68 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.37 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.601→48.41 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.601→1.62 Å
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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