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- PDB-8qb1: C-terminal domain of mirolase from Tannerella forsythia -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qb1
タイトルC-terminal domain of mirolase from Tannerella forsythia
要素Mirolase
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Type-IX Secretion System C-terminal secretion-signal domain
機能・相同性
機能・相同性情報


protein processing / serine-type endopeptidase activity / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
PKD-like domain / PKD-like domain / Secretion system C-terminal sorting domain / Secretion system C-terminal sorting domain / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site / Serine proteases, subtilase family, serine active site. / Peptidase S8, subtilisin, Ser-active site / Peptidase S8, subtilisin-related / Serine proteases, subtilase domain profile. ...PKD-like domain / PKD-like domain / Secretion system C-terminal sorting domain / Secretion system C-terminal sorting domain / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site / Serine proteases, subtilase family, serine active site. / Peptidase S8, subtilisin, Ser-active site / Peptidase S8, subtilisin-related / Serine proteases, subtilase domain profile. / Peptidase S8/S53 domain superfamily / Subtilase family / Peptidase S8/S53 domain
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Mirolase
類似検索 - 構成要素
生物種Tannerella forsythia (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.601 Å
データ登録者Gomis-Ruth, F.X. / Rodriguez-Banqueri, A. / Mizgalska, D. / Veillard, F. / Goulas, T. / Eckhard, U. / Potempa, J.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Open Biology / 年: 2024
タイトル: Structural and functional insights into the C-terminal signal domain of the Bacteroidetes type-IX secretion system.
著者: Mizgalska, D. / Rodriguez-Banqueri, A. / Veillard, F. / Ksiazek, M. / Goulas, T. / Guevara, T. / Eckhard, U. / Potempa, J. / Gomis-Ruth, F.X.
履歴
登録2023年8月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年2月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mirolase
B: Mirolase
C: Mirolase
D: Mirolase
E: Mirolase
F: Mirolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,50120
ポリマ－59,5736
非ポリマー92814
水8,575476
1
A: Mirolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,0703
ポリマ－9,9291
非ポリマー1422
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Mirolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,1104
ポリマ－9,9291
非ポリマー1813
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Mirolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,0703
ポリマ－9,9291
非ポリマー1422
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Mirolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,0703
ポリマ－9,9291
非ポリマー1422
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Mirolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,1104
ポリマ－9,9291
非ポリマー1813
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Mirolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,0703
ポリマ－9,9291
非ポリマー1422
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)81.445, 81.445, 66.553
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 120
Int Tables number144
Space group name H-MP31

-
要素

#1: タンパク質
Mirolase


分子量: 9928.908 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Tannerella forsythia (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0A7KVG3
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 476 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.51 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: Protein at 19 mg per mL in 5mM Tris-HCl pH 8.0 and 30% polyethylene glycol (PEG) 2000, 0.1 M potassium thiocyanide as reservoir solution.

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97917 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97917 Å / 相対比: 1
Reflection twinタイプ: hemihedral / Operator: h,-h-k,-l / Fraction: 0.423
反射解像度: 1.6→48.41 Å / Num. obs: 65076 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 11.2 % / Biso Wilson estimate: 23.5 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.121 / Rrim(I) all: 0.127 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 1.6→1.7 Å / Rmerge(I) obs: 0.954 / Mean I/σ(I) obs: 11.1 / Num. unique obs: 10842 / CC1/2: 0.943 / Rrim(I) all: 0.999 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHELXDE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.601→48.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU R Cruickshank DPI: 0.139 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.142 / SU Rfree Blow DPI: 0.13 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.129
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3016 656 -RANDOM
Rwork0.2746 ---
obs0.2748 64887 99.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 21.68 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.7542 Å20 Å20 Å2
2--0.7542 Å20 Å2
3----1.5084 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.37 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.601→48.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4048 0 50 476 4574
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0084205HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.975694HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1502SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes692HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4205HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion573SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies9HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3758SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.31
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.75
LS精密化 シェル解像度: 1.601→1.62 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3048 34 -
Rwork0.2399 --
obs--95.65 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1382-0.63620.54860.5769-0.23591.4918-0.02810.0396-0.0040.0396-0.0167-0.043-0.004-0.0430.0448-0.05660.00030.0094-0.0766-0.0139-0.077826.471321.1348-29.9541
2-0.00640.46310.01482.5475-0.6491.31610.02430.0808-0.07870.0808-0.09160.0461-0.07870.04610.0674-0.0510.0056-0.0053-0.0046-0.00940.03079.206511.198-38.4031
31.8379-1.6910.31860.5218-0.02480.6132-0.10090.004-0.01990.0040.04270.0335-0.01990.03350.0582-0.012-0.013-0.012-0.02780.00580.04425.552633.9784-17.8784
41.82290.4509-0.28630.7175-0.12741.3818-0.0084-0.03290.0175-0.0329-0.0249-0.07380.0175-0.07380.0333-0.06-0.0012-0.008-0.0712-0.0188-0.077126.469725.87345.1625
50.3365-0.4273-0.12432.4486-0.52681.54750.0056-0.05530.0535-0.0553-0.08490.08410.05350.08410.0793-0.0525-0.00890.0101-0.01420.00250.01969.189935.779613.6348
62.14411.4789-0.27890.993-0.09250.8973-0.08380.0120.0020.0120.01710.0070.0020.0070.0667-0.01240.01510.0095-0.03060.00510.00775.501512.9911-6.8938
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|-2 - A|-1 A|706 - A|791 A|801 - A|801 }A-2 - -1
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|-2 - A|-1 A|706 - A|791 A|801 - A|801 }A706 - 791
3X-RAY DIFFRACTION1{ A|-2 - A|-1 A|706 - A|791 A|801 - A|801 }A801
4X-RAY DIFFRACTION2{ B|-2 - B|-1 B|706 - B|791 B|801 - B|802 }B-2 - -1
5X-RAY DIFFRACTION2{ B|-2 - B|-1 B|706 - B|791 B|801 - B|802 }B706 - 791
6X-RAY DIFFRACTION2{ B|-2 - B|-1 B|706 - B|791 B|801 - B|802 }B801 - 802
7X-RAY DIFFRACTION3{ C|-2 - C|-1 C|706 - C|790 C|801 - C|801 }C-2 - -1
8X-RAY DIFFRACTION3{ C|-2 - C|-1 C|706 - C|790 C|801 - C|801 }C706 - 790
9X-RAY DIFFRACTION3{ C|-2 - C|-1 C|706 - C|790 C|801 - C|801 }C801
10X-RAY DIFFRACTION4{ D|-2 - D|-1 D|706 - D|791 D|801 - D|801 }D-2 - -1
11X-RAY DIFFRACTION4{ D|-2 - D|-1 D|706 - D|791 D|801 - D|801 }D706 - 791
12X-RAY DIFFRACTION4{ D|-2 - D|-1 D|706 - D|791 D|801 - D|801 }D801
13X-RAY DIFFRACTION5{ E|-2 - E|-1 E|706 - E|791 E|801 - E|802 }E-2 - -1
14X-RAY DIFFRACTION5{ E|-2 - E|-1 E|706 - E|791 E|801 - E|802 }E706 - 791
15X-RAY DIFFRACTION5{ E|-2 - E|-1 E|706 - E|791 E|801 - E|802 }E801 - 802
16X-RAY DIFFRACTION6{ F|-2 - F|-1 F|706 - F|790 F|801 - F|801 }F-2 - -1
17X-RAY DIFFRACTION6{ F|-2 - F|-1 F|706 - F|790 F|801 - F|801 }F706 - 790
18X-RAY DIFFRACTION6{ F|-2 - F|-1 F|706 - F|790 F|801 - F|801 }F801

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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