+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8qb1 | ||||||
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Title | C-terminal domain of mirolase from Tannerella forsythia | ||||||
Components | Mirolase | ||||||
Keywords | PROTEIN TRANSPORT / Type-IX Secretion System C-terminal secretion-signal domain | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Tannerella forsythia (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.601 Å | ||||||
Authors | Gomis-Ruth, F.X. / Rodriguez-Banqueri, A. / Mizgalska, D. / Veillard, F. / Goulas, T. / Eckhard, U. / Potempa, J. | ||||||
Funding support | 1items
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Citation | Journal: Open Biology / Year: 2024 Title: Structural and functional insights into the C-terminal signal domain of the Bacteroidetes type-IX secretion system. Authors: Mizgalska, D. / Rodriguez-Banqueri, A. / Veillard, F. / Ksiazek, M. / Goulas, T. / Guevara, T. / Eckhard, U. / Potempa, J. / Gomis-Ruth, F.X. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8qb1.cif.gz | 222.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8qb1.ent.gz | 181.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8qb1.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8qb1_validation.pdf.gz | 484.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8qb1_full_validation.pdf.gz | 493.2 KB | Display | |
Data in XML | 8qb1_validation.xml.gz | 27 KB | Display | |
Data in CIF | 8qb1_validation.cif.gz | 38.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qb/8qb1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qb/8qb1 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 9928.908 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Tannerella forsythia (bacteria) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0A0A7KVG3 #2: Chemical | ChemComp-CL / #3: Chemical | ChemComp-PEG / #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.14 Å3/Da / Density % sol: 42.51 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 Details: Protein at 19 mg per mL in 5mM Tris-HCl pH 8.0 and 30% polyethylene glycol (PEG) 2000, 0.1 M potassium thiocyanide as reservoir solution. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 110 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID23-1 / Wavelength: 0.97917 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Aug 28, 2011 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97917 Å / Relative weight: 1 |
Reflection twin | Type: hemihedral / Operator: h,-h-k,-l / Fraction: 0.423 |
Reflection | Resolution: 1.6→48.41 Å / Num. obs: 65076 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 11.2 % / Biso Wilson estimate: 23.5 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.121 / Rrim(I) all: 0.127 / Net I/σ(I): 9 |
Reflection shell | Resolution: 1.6→1.7 Å / Rmerge(I) obs: 0.954 / Mean I/σ(I) obs: 11.1 / Num. unique obs: 10842 / CC1/2: 0.943 / Rrim(I) all: 0.999 / % possible all: 99.6 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.601→48.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU R Cruickshank DPI: 0.139 / Cross valid method: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.142 / SU Rfree Blow DPI: 0.13 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.129
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Displacement parameters | Biso mean: 21.68 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.37 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.601→48.41 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.601→1.62 Å
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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