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- PDB-8qam: vaccinia virus Uracil DNA glycosidase mutant I197K-V200E-L204K -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qam
タイトルvaccinia virus Uracil DNA glycosidase mutant I197K-V200E-L204K
要素Uracil-DNA glycosylase
キーワードHYDROLASE / DNA POLYMERASE PROCESSIVITY FACTOR / DNA BINDING / DNA POLYMERASE BINDING / HYDROLASE-REPLICATION COMPLEX
機能・相同性uracil-DNA glycosylase / Uracil-DNA glycosylase, active site / Uracil-DNA glycosylase signature. / Uracil-DNA glycosylase-like domain superfamily / viral DNA genome replication / uracil DNA N-glycosylase activity / DNA repair / DNA binding / Uracil-DNA glycosylase
機能・相同性情報
生物種Vaccinia virus Copenhagen (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.32 Å
データ登録者Tarbouriech, N. / Burmeister, W.P.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-13-BSV8-0014 フランス
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2024
タイトル: Structure and flexibility of the DNA polymerase holoenzyme of vaccinia virus.
著者: Wim P Burmeister / Laetitia Boutin / Aurelia C Balestra / Henri Gröger / Allison Ballandras-Colas / Stephanie Hutin / Christian Kraft / Clemens Grimm / Bettina Böttcher / Utz Fischer / ...著者: Wim P Burmeister / Laetitia Boutin / Aurelia C Balestra / Henri Gröger / Allison Ballandras-Colas / Stephanie Hutin / Christian Kraft / Clemens Grimm / Bettina Böttcher / Utz Fischer / Nicolas Tarbouriech / Frédéric Iseni /
要旨: The year 2022 was marked by the mpox outbreak caused by the human monkeypox virus (MPXV), which is approximately 98% identical to the vaccinia virus (VACV) at the sequence level with regard to the ...The year 2022 was marked by the mpox outbreak caused by the human monkeypox virus (MPXV), which is approximately 98% identical to the vaccinia virus (VACV) at the sequence level with regard to the proteins involved in DNA replication. We present the production in the baculovirus-insect cell system of the VACV DNA polymerase holoenzyme, which consists of the E9 polymerase in combination with its co-factor, the A20-D4 heterodimer. This led to the 3.8 Å cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of the DNA-free form of the holoenzyme. The model of the holoenzyme was constructed from high-resolution structures of the components of the complex and the A20 structure predicted by AlphaFold 2. The structures do not change in the context of the holoenzyme compared to the previously determined crystal and NMR structures, but the E9 thumb domain became disordered. The E9-A20-D4 structure shows the same compact arrangement with D4 folded back on E9 as observed for the recently solved MPXV holoenzyme structures in the presence and the absence of bound DNA. A conserved interface between E9 and D4 is formed by a cluster of hydrophobic residues. Small-angle X-ray scattering data show that other, more open conformations of E9-A20-D4 without the E9-D4 contact exist in solution using the flexibility of two hinge regions in A20. Biolayer interferometry (BLI) showed that the E9-D4 interaction is indeed weak and transient in the absence of DNA although it is very important, as it has not been possible to obtain viable viruses carrying mutations of key residues within the E9-D4 interface.
履歴
登録2023年8月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Uracil-DNA glycosylase
C: Uracil-DNA glycosylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,08912
ポリマ－51,1532
非ポリマー93710
水13,295738
1
B: Uracil-DNA glycosylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,0456
ポリマ－25,5761
非ポリマー4685
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Uracil-DNA glycosylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,0456
ポリマ－25,5761
非ポリマー4685
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)161.668, 161.668, 39.281
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4

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要素

#1: タンパク質 Uracil-DNA glycosylase


分子量: 25576.271 Da / 分子数: 2 / 変異: I197K-V200E-L204K / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: first residues GAMGS are cloning atrifacts
由来: (組換発現) Vaccinia virus Copenhagen (ウイルス)
遺伝子: OPG116 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 star / 参照: UniProt: P20536
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 738 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.97 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 22 % PEG4000, 100 mM LiSO4, 100 mM Hepes pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.318→40.42 Å / Num. obs: 119652 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 13.29 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 23.4
反射 シェル解像度: 1.318→1.34 Å / Rmerge(I) obs: 1.134 / Num. unique obs: 5311 / CC1/2: 0.844 / % possible all: 90.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.32→38.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.982 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.974 / SU B: 1.52 / SU ML: 0.028 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.044 / ESU R Free: 0.045 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16463 6094 5.1 %RANDOM
Rwork0.12951 ---
obs0.13129 113557 99.46 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.741 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.04 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.04 Å2-0 Å2
3----0.08 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.32→38.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3554 0 56 738 4348
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0134043
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0173767
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1181.6485541
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.6131.5818853
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8685520
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.85923.054203
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.77515741
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.7561519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1370.2531
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.024506
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02835
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.5861.8561877
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.5871.8561876
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.282.7922380
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.2792.7922381
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.7792.3982166
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.7682.3932151
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.4673.3653105
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.25625.6894940
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.90324.2714745
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr5.26437809
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.32→1.352 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.476 454 -
Rwork0.467 7804 -
obs--93.38 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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