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- PDB-8qaj: NMR solution structure of C-terminal domain of CDNF -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qaj
タイトルNMR solution structure of C-terminal domain of CDNF
要素Cerebral dopamine neurotrophic factor
キーワードSIGNALING PROTEIN / neurotrophic factor
機能・相同性
機能・相同性情報


dopaminergic neuron differentiation / growth factor activity / neuron projection development / endoplasmic reticulum / extracellular space
類似検索 - 分子機能
ARMET, C-terminal / ARMET, N-terminal / ARMET-like / ARMET, C-terminal / ARMET, N-terminal / SAP domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Cerebral dopamine neurotrophic factor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing / molecular dynamics
データ登録者Tossavainen, H. / Permi, P.
資金援助 フィンランド, 1件
組織認可番号国
Academy of Finland フィンランド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: NMR solution structure of C-terminal domain of CDNF
著者: Tossavainen, H. / Permi, P.
履歴
登録2023年8月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cerebral dopamine neurotrophic factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,4731
ポリマ－7,4731
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 300structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質 Cerebral dopamine neurotrophic factor / ARMET-like protein 1 / Conserved dopamine neurotrophic factor


分子量: 7472.620 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: GSHM expression artefact / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDNF, ARMETL1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q49AH0
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic32D 1H-15N HSQC
121isotropic32D 1H-13C HSQC aliphatic
131isotropic32D 1H-13C HSQC aromatic
141isotropic13D HN(COCA)CB
161isotropic13D HN(CA)CB
171isotropic13D HNCA
181isotropic13D HN(CO)CA
191isotropic13D HNCO
1101isotropic33D HCACO
1111isotropic13D C(CO)NH
1121isotropic13D H(CCO)NH
1131isotropic12D (HB)CB(CGCD)HD
1141isotropic12D (HB)CB(CGCDCE)HE
1151isotropic33D (H)CCH-COSY
1161isotropic33D HCCmHm-TOCSY
1171isotropic33D 1H-13C NOESY
1181isotropic33D 1H-15N NOESY

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 1 mM [U-13C; U-15N] C-CDNF, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 93% H2O/7% D2O
Label: sample1 / 溶媒系: 93% H2O/7% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMC-CDNF[U-13C; U-15N]1
20 mMsodium phosphatenatural abundance1
50 mMsodium chloridenatural abundance1
試料状態イオン強度: 0.15 M / Label: conditions1 / pH: 6.5 / 圧: ambient atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Varian INOVAVarianINOVA8003

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
CcpNmr AnalysisCCPNデータ解析
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
AmberCase, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
精密化
手法ソフトェア番号
simulated annealing3
molecular dynamics4
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 300 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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