PDB-8qaa: X-ray crystal structure of a de novo designed antiparallel coiled...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8qaa

タイトル

X-ray crystal structure of a de novo designed antiparallel coiled-coil 6-helix bundle with 4 heptad repeats, antiparallel 6-helix bundle-ALIA

要素

antiparallel 6-helix bundle-ALIA

キーワード

DE NOVO PROTEIN / COILED COIL / 6-HELIX BUNDLE / DE NOVO PROTEIN DESIGN / PEPTIDE ASSEMBLY

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Albanese, K.I. / Petrenas, R. / Woolfson, D.N.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2024
タイトル: Rationally seeded computational protein design of ɑ-helical barrels.
著者: Albanese, K.I. / Petrenas, R. / Pirro, F. / Naudin, E.A. / Borucu, U. / Dawson, W.M. / Scott, D.A. / Leggett, G.J. / Weiner, O.D. / Oliver, T.A.A. / Woolfson, D.N.

履歴

登録	2023年8月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年7月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年8月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8qaa.cif.gz	105 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8qaa.ent.gz	84 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8qaa.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qa/8qaa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qa/8qaa	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8qabC 8qacC 8qadC 8qaeC 8qafC 8qagC 8qahC 8qaiC 8qkdC C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: antiparallel 6-helix bundle-ALIA

B: antiparallel 6-helix bundle-ALIA

C: antiparallel 6-helix bundle-ALIA

D: antiparallel 6-helix bundle-ALIA

E: antiparallel 6-helix bundle-ALIA

F: antiparallel 6-helix bundle-ALIA

19.4 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation, mass spectrometry

単位格子

Length a, b, c (Å)	29.274, 89.496, 32.667
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 115.21, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質・ペプチド	antiparallel 6-helix bundle-ALIA 分子量: 3234.871 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.5 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% v/v MPD, 0.03 M of each NPS, 0.1 M bicine/Trizma base pH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE CdTe 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→44.75 Å / Num. obs: 19749 / % possible obs: 98.26 % / 冗長度: 7 % / B_iso Wilson estimate: 17.31 Å² / CC_1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.1184 / R_pim(I) all: 0.0493 / R_rim(I) all: 0.1285 / Net I/σ(I): 8.63
反射シェル	解像度: 1.6→1.657 Å / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 0.8176 / Mean I/σ(I) obs: 1.11 / Num. unique obs: 19709 / CC_1/2: 0.783 / CC star: 0.937 / R_pim(I) all: 0.3437 / R_rim(I) all: 0.8881 / % possible all: 96.93

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
DIALS		データ削減
DIALS		データスケーリング
Arcimboldo		位相決定

精密化

構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.6→44.75 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.08 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2244	1004	5.09 %
R_work	0.1806	-	-
obs	0.1829	19709	98.26 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→44.75 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1266	0	0	171	1437

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	1266
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.571	1707
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.819	182
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.036	216
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	207

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.68	0.2951	139	0.2465	2623	X-RAY DIFFRACTION	97
1.68-1.79	0.2595	136	0.2252	2648	X-RAY DIFFRACTION	98
1.79-1.93	0.2885	138	0.2059	2658	X-RAY DIFFRACTION	98
1.93-2.12	0.2257	150	0.1784	2651	X-RAY DIFFRACTION	98
2.12-2.43	0.2205	136	0.1589	2702	X-RAY DIFFRACTION	99
2.43-3.06	0.2504	128	0.1701	2711	X-RAY DIFFRACTION	99
3.06-44.75	0.1951	177	0.1745	2712	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9239	1.8682	-0.4109	6.4613	-1.514	0.7154	-0.0477	0.0699	0.047	-0.4407	0.0865	0.246	0.0779	-0.0176	-0.0555	0.2312	-0.0128	0.0188	0.1097	0	0.0773	-2.3485	19.0946	9.9015
2	2.0626	2.6728	0.7227	3.9747	0.5785	0.4953	-0.1085	0.0622	-0.0511	-0.1074	0.2477	-0.2743	0.0247	0.108	-0.0659	0.2395	0.014	0.0455	0.1743	0.0074	0.1246	8.2747	21.4192	13.9086
3	1.5231	1.8687	-0.7371	4.2413	-2.1019	2.2333	-0.0194	0.0543	0.1842	-0.1515	0.0763	0.3414	0.0206	-0.1384	-0.1355	0.1588	-0.0276	0.0188	0.1529	-0.0008	0.0246	-5.4846	23.7939	15.6635
4	1.0308	-0.5188	0.5779	5.7934	-2.434	2.3484	-0.078	-0.1417	-0.0013	0.175	0.2409	0.4381	-0.0882	-0.1003	-0.0934	0.1515	-0.0129	0.0301	0.1558	-0.0068	0.0421	-4.8891	19.8295	25.6161
5	0.6147	-1.3806	0.1499	6.85	-0.1494	0.0456	-0.1137	-0.1187	0.0105	0.4562	0.1171	0.0132	-0.0416	-0.0154	-0.0049	0.2935	0.0087	0.0076	0.1819	-0.0064	0.1018	1.0932	23.894	29.9484
6	0.7344	0.7599	0.0612	2.4641	-0.0311	0.6973	-0.0322	-0.0266	-0.0405	0.1616	0.0231	-0.4591	0.0121	0.0412	-0.0025	0.1749	0.0063	0.013	0.1947	0.0059	0.1232	5.7721	18.1638	21.2847

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain 'A' and resid 0 through 30)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain 'D' and resid 1 through 30)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain 'E' and resid 0 through 30)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain 'B' and resid 0 through 30)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain 'C' and resid 0 through 30)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain 'F' and resid 1 through 30)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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