PDB-8q9v: S-methylthiourocanate hydratase from Variovorax sp. RA8 in comple...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8q9v

タイトル

S-methylthiourocanate hydratase from Variovorax sp. RA8 in complex with NAD+ and imidazolone propionate

要素

urocanate hydratase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / S-methylergothioneine S-methylthiourocanate NAD+

機能・相同性

機能・相同性情報

urocanate hydratase activity / L-histidine catabolic process to glutamate and formamide / L-histidine catabolic process to glutamate and formate / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; デヒドラターゼ類 / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Variovorax sp. RA8 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Vasseur, C.M. / Seebeck, F.P.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2024
タイトル: Structure and Substrate Specificity of S -Methyl Thiourocanate Hydratase.
著者: Vasseur, C.M. / Karunasegaram, D. / Seebeck, F.P.

履歴

登録	2023年8月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年3月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月27日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8q9v.cif.gz	129.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8q9v.ent.gz	97.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8q9v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8q9v_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8q9v_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	8q9v_validation.xml.gz	25.1 KB	表示
CIF形式データ	8q9v_validation.cif.gz	37.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q9/8q9v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q9/8q9v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8q9uC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#4 - 2000年4月コラーゲン (Collagen) 類似性 (1) #116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: urocanate hydratase

ヘテロ分子

59.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: urocanate hydratase

ヘテロ分子

A: urocanate hydratase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
120 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	96.511, 96.511, 147.585
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	153
Space group name H-M	P3₂12

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1224- HOH
2	1	A-1285- HOH
3	1	A-1287- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	urocanate hydratase 分子量: 58616.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Variovorax sp. RA8 (バクテリア) / 遺伝子: hutU_2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6P2DXK2

-
非ポリマー , 6種, 405分子

#2: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-O66 / 3-[(4~{R})-5-oxidanylidene-1,4-dihydroimidazol-4-yl]propanoic acid / Imidazol-4-one-5-propionic acid 分子量: 156.139 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈N₂O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#5: 化合物	ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₄O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 400 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.66 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 20 %w/v PEG 3350 0.2 M Na3 Cit 0.1 M BIS-TRIS prop 7.5 pH

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→49.2 Å / Num. obs: 80319 / % possible obs: 99.97 % / 冗長度: 1 % / CC_1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 8.89
反射シェル	解像度: 2.2→2.279 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.58 / Num. unique obs: 7880 / CC_1/2: 0.628

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.17.1_3660: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.2→49.2 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.89 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.207	3823	4.9 %
R_work	0.1615	-	-
obs	0.1637	78036	99.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→49.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4066	0	76	400	4542

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	4218
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.73	5719
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.666	650
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.071	640
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	773

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.23	0.3028	151	0.2841	2690	X-RAY DIFFRACTION	100
2.23-2.26	0.3056	153	0.2735	2753	X-RAY DIFFRACTION	100
2.26-2.29	0.2743	140	0.2765	2759	X-RAY DIFFRACTION	100
2.29-2.32	0.3108	158	0.27	2772	X-RAY DIFFRACTION	100
2.32-2.36	0.2641	102	0.2565	2795	X-RAY DIFFRACTION	100
2.36-2.39	0.3071	138	0.2545	2692	X-RAY DIFFRACTION	100
2.39-2.43	0.3137	155	0.2373	2727	X-RAY DIFFRACTION	100
2.43-2.47	0.2473	144	0.2361	2803	X-RAY DIFFRACTION	100
2.47-2.52	0.2528	144	0.2163	2709	X-RAY DIFFRACTION	100
2.52-2.57	0.2586	168	0.2191	2715	X-RAY DIFFRACTION	100
2.57-2.62	0.2398	162	0.2002	2755	X-RAY DIFFRACTION	100
2.62-2.68	0.2583	132	0.1966	2736	X-RAY DIFFRACTION	100
2.68-2.74	0.2433	112	0.187	2774	X-RAY DIFFRACTION	100
2.74-2.81	0.2072	126	0.1823	2772	X-RAY DIFFRACTION	100
2.81-2.88	0.2534	158	0.1801	2705	X-RAY DIFFRACTION	100
2.88-2.97	0.2146	156	0.1664	2737	X-RAY DIFFRACTION	100
2.97-3.06	0.2645	142	0.1686	2743	X-RAY DIFFRACTION	100
3.06-3.17	0.233	125	0.1689	2784	X-RAY DIFFRACTION	100
3.17-3.3	0.2088	168	0.1614	2722	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3-3.45	0.1748	128	0.1503	2810	X-RAY DIFFRACTION	100
3.45-3.63	0.1932	126	0.1344	2723	X-RAY DIFFRACTION	100
3.63-3.86	0.165	120	0.1159	2791	X-RAY DIFFRACTION	100
3.86-4.16	0.1141	94	0.1089	2786	X-RAY DIFFRACTION	100
4.16-4.58	0.1495	162	0.1004	2724	X-RAY DIFFRACTION	100
4.58-5.24	0.1665	124	0.113	2783	X-RAY DIFFRACTION	100
5.24-6.59	0.1689	158	0.1388	2720	X-RAY DIFFRACTION	100
6.6-49.2	0.1606	177	0.1241	2733	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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