PDB-8q9u: S-methylthiourocanate hydratase, variant R450A, from Variovorax s...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8q9u

タイトル

S-methylthiourocanate hydratase, variant R450A, from Variovorax sp. RA8 in complex with NAD+

要素

urocanate hydratase

キーワード

LYASE / urocanase S-methylergothioneine NAD+

機能・相同性

機能・相同性情報

urocanate hydratase activity / L-histidine catabolic process to glutamate and formamide / L-histidine catabolic process to glutamate and formate / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; デヒドラターゼ類 / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Variovorax sp. RA8 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Vasseur, C.M. / Seebeck, F.P.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2024
タイトル: Structure and Substrate Specificity of S -Methyl Thiourocanate Hydratase.
著者: Vasseur, C.M. / Karunasegaram, D. / Seebeck, F.P.

履歴

登録	2023年8月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年3月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月27日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8q9u.cif.gz	120 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8q9u.ent.gz	90.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8q9u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8q9u_validation.pdf.gz	706.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8q9u_full_validation.pdf.gz	712.9 KB	表示
XML形式データ	8q9u_validation.xml.gz	13.6 KB	表示
CIF形式データ	8q9u_validation.cif.gz	20.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q9/8q9u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q9/8q9u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

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類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: urocanate hydratase

ヘテロ分子

59.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: urocanate hydratase

ヘテロ分子

A: urocanate hydratase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
118 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	95.947, 95.947, 147.818
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	153
Space group name H-M	P3₂12

#1: タンパク質	urocanate hydratase 分子量: 58530.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: R450A mutant / 由来: (組換発現) Variovorax sp. RA8 (バクテリア) / 遺伝子: hutU_2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6P2DXK2
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 151 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.29 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M sodium sulfate 0.1 M Bis Tris propane, pH 7.5 20 % w/v PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年5月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→49.27 Å / Num. obs: 1080243 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 1 % / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 16.9
反射シェル	解像度: 2→2.05 Å / Num. unique obs: 78203 / CC_1/2: 0.55

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.17.1_3660: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→49.27 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.37 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2685	5054	4.92 %
R_work	0.2407	-	-
obs	0.2421	102801	99.99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→49.27 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4053	0	44	151	4248

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	4200
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.789	5705
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.895	616
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	637
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	749

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.02	0.3806	160	0.348	3210	X-RAY DIFFRACTION	100
2.02-2.05	0.3299	202	0.3291	3242	X-RAY DIFFRACTION	100
2.05-2.07	0.3778	164	0.3186	3239	X-RAY DIFFRACTION	100
2.07-2.1	0.34	164	0.3043	3313	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1-2.13	0.3315	168	0.3093	3230	X-RAY DIFFRACTION	100
2.13-2.15	0.3539	152	0.299	3265	X-RAY DIFFRACTION	100
2.15-2.19	0.3097	166	0.2868	3267	X-RAY DIFFRACTION	100
2.19-2.22	0.3338	160	0.2897	3258	X-RAY DIFFRACTION	100
2.22-2.25	0.3334	184	0.2768	3242	X-RAY DIFFRACTION	100
2.25-2.29	0.3305	176	0.2779	3285	X-RAY DIFFRACTION	100
2.29-2.33	0.3476	192	0.2798	3206	X-RAY DIFFRACTION	100
2.33-2.37	0.3285	142	0.2766	3287	X-RAY DIFFRACTION	100
2.37-2.42	0.3061	196	0.2672	3245	X-RAY DIFFRACTION	100
2.42-2.47	0.3415	166	0.2689	3273	X-RAY DIFFRACTION	100
2.47-2.52	0.3218	220	0.2622	3217	X-RAY DIFFRACTION	100
2.52-2.58	0.331	194	0.2706	3193	X-RAY DIFFRACTION	100
2.58-2.64	0.2974	152	0.2533	3273	X-RAY DIFFRACTION	100
2.64-2.71	0.3776	154	0.255	3281	X-RAY DIFFRACTION	100
2.71-2.79	0.2921	172	0.2419	3281	X-RAY DIFFRACTION	100
2.79-2.88	0.3009	120	0.2561	3320	X-RAY DIFFRACTION	100
2.88-2.99	0.3038	137	0.246	3264	X-RAY DIFFRACTION	100
2.99-3.11	0.2675	131	0.2406	3299	X-RAY DIFFRACTION	100
3.11-3.25	0.2535	172	0.2361	3239	X-RAY DIFFRACTION	100
3.25-3.42	0.3067	168	0.2442	3301	X-RAY DIFFRACTION	100
3.42-3.63	0.2682	186	0.235	3204	X-RAY DIFFRACTION	100
3.63-3.91	0.2367	174	0.2328	3262	X-RAY DIFFRACTION	100
3.91-4.31	0.2278	212	0.2229	3228	X-RAY DIFFRACTION	100
4.31-4.93	0.2481	172	0.2174	3256	X-RAY DIFFRACTION	100
4.93-6.21	0.2101	148	0.2214	3266	X-RAY DIFFRACTION	100
6.21-49.27	0.2023	150	0.2096	3301	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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