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万見
- PDB-8q92: P301S Tau Filaments from the Brains of PS19 Transgenic Mouse Line -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8q92
タイトルP301S Tau Filaments from the Brains of PS19 Transgenic Mouse Line
要素Microtubule-associated protein tau
キーワードPROTEIN FIBRIL / P301S tau / Frontotemporal dementia and parkinsonism linked to chromosome 17 / Transgenic mice / Electron cryo-microscopy
機能・相同性
機能・相同性情報


plus-end-directed organelle transport along microtubule / histone-dependent DNA binding / neurofibrillary tangle assembly / positive regulation of diacylglycerol kinase activity / axonal transport / negative regulation of establishment of protein localization to mitochondrion / neurofibrillary tangle / positive regulation of protein localization to synapse / microtubule lateral binding / tubulin complex ...plus-end-directed organelle transport along microtubule / histone-dependent DNA binding / neurofibrillary tangle assembly / positive regulation of diacylglycerol kinase activity / axonal transport / negative regulation of establishment of protein localization to mitochondrion / neurofibrillary tangle / positive regulation of protein localization to synapse / microtubule lateral binding / tubulin complex / phosphatidylinositol bisphosphate binding / main axon / negative regulation of kinase activity / regulation of long-term synaptic depression / negative regulation of tubulin deacetylation / generation of neurons / rRNA metabolic process / internal protein amino acid acetylation / regulation of chromosome organization / regulation of mitochondrial fission / axonal transport of mitochondrion / intracellular distribution of mitochondria / axon development / central nervous system neuron development / regulation of microtubule polymerization / apolipoprotein binding / microtubule polymerization / lipoprotein particle binding / minor groove of adenine-thymine-rich DNA binding / dynactin binding / negative regulation of mitochondrial membrane potential / glial cell projection / protein polymerization / axolemma / negative regulation of mitochondrial fission / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / Caspase-mediated cleavage of cytoskeletal proteins / positive regulation of axon extension / regulation of microtubule cytoskeleton organization / Activation of AMPK downstream of NMDARs / regulation of cellular response to heat / positive regulation of protein localization / cytoplasmic microtubule organization / stress granule assembly / supramolecular fiber organization / regulation of calcium-mediated signaling / axon cytoplasm / somatodendritic compartment / positive regulation of microtubule polymerization / synapse assembly / cellular response to brain-derived neurotrophic factor stimulus / nuclear periphery / phosphatidylinositol binding / cellular response to nerve growth factor stimulus / positive regulation of superoxide anion generation / protein phosphatase 2A binding / regulation of autophagy / astrocyte activation / response to lead ion / microglial cell activation / synapse organization / Hsp90 protein binding / protein homooligomerization / PKR-mediated signaling / regulation of synaptic plasticity / : / memory / SH3 domain binding / microtubule cytoskeleton organization / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / cellular response to reactive oxygen species / microtubule cytoskeleton / neuron projection development / cell-cell signaling / protein-folding chaperone binding / single-stranded DNA binding / actin binding / cellular response to heat / protein-macromolecule adaptor activity / double-stranded DNA binding / growth cone / cell body / microtubule binding / sequence-specific DNA binding / microtubule / amyloid fibril formation / dendritic spine / learning or memory / nuclear speck / neuron projection / membrane raft / axon / negative regulation of gene expression / neuronal cell body / DNA damage response / dendrite / protein kinase binding / enzyme binding / mitochondrion / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Microtubule-associated protein Tau / Microtubule associated protein, tubulin-binding repeat / : / Tau and MAP protein, tubulin-binding repeat / Tau and MAP proteins tubulin-binding repeat signature. / Tau and MAP proteins tubulin-binding repeat profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Microtubule-associated protein tau
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.05 Å
データ登録者Schweighauser, M. / Murzin, A.G. / Macdonald, J. / Lavenir, I. / Crowther, R.A. / Scheres, S.H.W. / Goedert, M.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC-UP-A025-1013 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC-U105184291 英国
引用ジャーナル: Acta Neuropathol Commun / 年: 2023
タイトル: Cryo-EM structures of tau filaments from the brains of mice transgenic for human mutant P301S Tau.
著者: Manuel Schweighauser / Alexey G Murzin / Jennifer Macdonald / Isabelle Lavenir / R Anthony Crowther / Sjors H W Scheres / Michel Goedert /
要旨: Mice transgenic for human mutant P301S tau are widely used as models for human tauopathies. They develop neurodegeneration and abundant filamentous inclusions made of human mutant four-repeat tau. ...Mice transgenic for human mutant P301S tau are widely used as models for human tauopathies. They develop neurodegeneration and abundant filamentous inclusions made of human mutant four-repeat tau. Here we used electron cryo-microscopy (cryo-EM) to determine the structures of tau filaments from the brains of Tg2541 and PS19 mice. Both lines express human P301S tau (0N4R for Tg2541 and 1N4R for PS19) on mixed genetic backgrounds and downstream of different promoters (murine Thy1 for Tg2541 and murine Prnp for PS19). The structures of tau filaments from Tg2541 and PS19 mice differ from each other and those of wild-type tau filaments from human brains. The structures of tau filaments from the brains of humans with mutations P301L, P301S or P301T in MAPT are not known. Filaments from the brains of Tg2541 and PS19 mice share a substructure at the junction of repeats 2 and 3, which comprises residues I297-V312 of tau and includes the P301S mutation. The filament core from the brainstem of Tg2541 mice consists of residues K274-H329 of tau and two disconnected protein densities. Two non-proteinaceous densities are also in evidence. The filament core from the cerebral cortex of line PS19 extends from residues G271-P364 of tau. One strong non-proteinaceous density is also present. Unlike the tau filaments from human brains, the sequences following repeat 4 are missing from the cores of tau filaments from the brains of Tg2541 and PS19 mice.
履歴
登録2023年8月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年10月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Microtubule-associated protein tau
B: Microtubule-associated protein tau
C: Microtubule-associated protein tau


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9023
ポリマ－29,9023
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area15120 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area14510 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質 Microtubule-associated protein tau / Neurofibrillary tangle protein / Paired helical filament-tau / PHF-tau


分子量: 9967.430 Da / 分子数: 3 / 変異: P301S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 株: Transgenic PS19 / 組織: Cerebral Cortex / 遺伝子: MAPT, MAPTL, MTBT1, TAU / 器官: Brain / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P10636

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: P301S Tau Protein Filament (PS19) / タイプ: TISSUE
詳細: Human P301S tau filaments extracted from the brains of transgenic mouse line PS19
Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: PS19 / 器官: Brain / 組織: Cerebral Cortex
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 96000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影電子線照射量: 30 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION4.1粒子像選択
2EPU画像取得
4CTFFIND4.1CTF補正
12RELION4.1３次元再構成
13Servalcatモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: -0.98 ° / 軸方向距離/サブユニット: 4.71 Å / らせん対称軸の対称性: C1
3次元再構成解像度: 3.05 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 36951 / 対称性のタイプ: HELICAL
精密化解像度: 3.05→138.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.761 / SU B: 20.147 / SU ML: 0.342 / ESU R: 0.228
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rwork0.47778 --
obs0.47778 31365 100 %
溶媒の処理溶媒モデル: PARAMETERS FOR MASK CACLULATION
原子変位パラメータBiso mean: 53.879 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 合計: 697
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.0060.012705
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_other_d0.0010.016710
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg1.1961.638942
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_other_deg0.5561.6031653
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg6.955593
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg2.06551
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg15.110142
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_4_deg
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.080.2107
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.0060.02796
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_other0.0020.02132
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_other
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it5.0774.785375
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_other5.0674.786375
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it8.0718.606467
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_other8.0688.62468
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it8.0655.828330
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_other8.0535.842331
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_other13.86810.127476
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_refined18.52945.04684
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_other18.51845.17685
ELECTRON MICROSCOPYr_rigid_bond_restr
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_free
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.05→3.129 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0 0 -
Rwork0.867 2264 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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