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万見
- PDB-8q90: Halophilic Lrp transcription factor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8q90
タイトルHalophilic Lrp transcription factor
要素AsnC family transcriptional regulator
キーワードTRANSCRIPTION / Transcription factor / DNA protein binding / Halophilic protein / Regulator / Nitrogen metabolism
機能・相同性
機能・相同性情報


sequence-specific DNA binding
類似検索 - 分子機能
: / AsnC-type HTH domain profile. / AsnC-type HTH domain / Transcription regulator AsnC-like / helix_turn_helix ASNC type / Transcription regulator AsnC/Lrp, ligand binding domain / Lrp/AsnC ligand binding domain / Winged helix-turn-helix DNA-binding / ArsR-like helix-turn-helix domain / Dimeric alpha-beta barrel ...: / AsnC-type HTH domain profile. / AsnC-type HTH domain / Transcription regulator AsnC-like / helix_turn_helix ASNC type / Transcription regulator AsnC/Lrp, ligand binding domain / Lrp/AsnC ligand binding domain / Winged helix-turn-helix DNA-binding / ArsR-like helix-turn-helix domain / Dimeric alpha-beta barrel / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
AsnC family transcriptional regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Haloferax mediterranei (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Garcia-Bonete, M.J. / Bonete, M.-J.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Other governmentVIGROB_016 スペイン
引用
ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2024
タイトル: Global Lrp regulator protein from Haloferax mediterranei: Transcriptional analysis and structural characterization.
著者: Matarredona, L. / Garcia-Bonete, M.J. / Guio, J. / Camacho, M. / Fillat, M.F. / Esclapez, J. / Bonete, M.J.
#1: ジャーナル: Genes (Basel) / 年: 2021
タイトル: Analysis of Haloferax mediterranei Lrp Transcriptional Regulator
著者: Matarredona, L. / Camacho, M. / Garcia-Bonete, M.J. / Esquerra, B. / Zafrilla, B. / Esclapez, J. / Bonete, M.J.
履歴
登録2023年8月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月7日Group: Database references / Refinement description / カテゴリ: citation / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.journal_volume / _pdbx_initial_refinement_model.entity_id_list

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AsnC family transcriptional regulator
B: AsnC family transcriptional regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,6962
ポリマ－35,6962
非ポリマー00
水5,116284
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5650 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area13690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)32.360, 60.000, 87.390
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.990, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 AsnC family transcriptional regulator


分子量: 17847.832 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Haloferax mediterranei (古細菌) / 株: R4 / 遺伝子: lrp / プラスミド: pTA1992.lrp
詳細 (発現宿主): The plasmid used for protein overexpression was pTA1992, kindly provided by Dr Thorsten Allers (University of Nottingham, UK). This vector contains pHV2 origin, pyrE2 and hdrB ...詳細 (発現宿主): The plasmid used for protein overexpression was pTA1992, kindly provided by Dr Thorsten Allers (University of Nottingham, UK). This vector contains pHV2 origin, pyrE2 and hdrB markers to allow the selection on media lacking uracil and thymidine, and strong p.syn synthetic promoter for constitutive overexpression of halophilic proteins with a N-terminal His-tag
発現宿主: Haloferax mediterranei (古細菌) / 株 (発現宿主): HM26 / 参照: UniProt: I3R177
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 284 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.19 % / 解説: Needdle crystals of 100 um long
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 2:1 protein:reservoir 0.1 M Sodium acetate pH 3.6 0.2 M Ammonium acetate 10% PEG 4000 20% Ethylene glycol
PH範囲: 3.6-4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→49.38 Å / Num. obs: 22193 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 26.68 Å2 / CC1/2: 0.979 / CC star: 0.995 / Rpim(I) all: 0.108 / Rrim(I) all: 0.289 / Net I/σ(I): 4.68
反射 シェル解像度: 2→2.071 Å / 冗長度: 7.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.45 / Num. unique obs: 2168 / CC1/2: 0.679 / CC star: 0.9 / Rrim(I) all: 1.13 / % possible all: 97.13

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSVersion Jan 10, 2022データ削減
XSCALEVersion Jan 10, 2022データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→43.46 Å / SU ML: 0.2101 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 23.301
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2231 1110 5.01 %0.05
Rwork0.1988 21064 --
obs0.2 22174 97.92 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 30.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→43.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2196 0 0 284 2480
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0112221
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.43026
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0837383
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061393
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.001796
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.090.2821340.25562552X-RAY DIFFRACTION96.58
2.09-2.20.2581380.22862621X-RAY DIFFRACTION97.28
2.2-2.340.25291380.22842607X-RAY DIFFRACTION97.48
2.34-2.520.23661380.22882631X-RAY DIFFRACTION97.78
2.52-2.770.25361370.22432609X-RAY DIFFRACTION98.18
2.77-3.170.23861400.21092643X-RAY DIFFRACTION98.3
3.17-40.18581410.17392681X-RAY DIFFRACTION98.77
4-43.460.2051440.17182720X-RAY DIFFRACTION98.9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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