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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8q8g | ||||||
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タイトル | Crystal structure of HsRNMT complexed with inhibitor DDD1870799 | ||||||
要素 | mRNA cap guanine-N7 methyltransferase | ||||||
キーワード | RNA BINDING PROTEIN / Methyl transferase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 mRNA cap methyltransferase RNMT:RAMAC complex / mRNA capping enzyme complex / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE during HIV infection / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / mRNA Capping / 7-methylguanosine mRNA capping / cellular response to leukemia inhibitory factor / fibrillar center / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity ...mRNA cap methyltransferase RNMT:RAMAC complex / mRNA capping enzyme complex / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE during HIV infection / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / mRNA Capping / 7-methylguanosine mRNA capping / cellular response to leukemia inhibitory factor / fibrillar center / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / receptor complex / RNA binding / nucleoplasm / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Petit, A.P. / Fyfe, P.K. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structure-Guided Design of HsRNMT inhibitors 著者: Petit, A.P. / Fyfe, P.K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8q8g.cif.gz | 155.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8q8g.ent.gz | 98.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8q8g.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8q8g_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8q8g_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8q8g_validation.xml.gz | 22.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8q8g_validation.cif.gz | 31.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q8/8q8g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q8/8q8g | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8q69C 8q9wC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 32550.559 Da / 分子数: 2 / 変異: 416-455 GLGC / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RNMT, KIAA0398 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: O43148, mRNA (guanine-N7)-methyltransferase |
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-非ポリマー , 5種, 117分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | 分子量: 354.378 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H19FN4O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.65 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M MES pH 6.3-6.9, 50 mM Na2SO4, 18-25 % PEG 6000 PH範囲: 6.3-6.9 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2018年9月12日 |
放射 | モノクロメーター: NA / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→42.17 Å / Num. obs: 21196 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 28.4 Å2 / CC1/2: 0.98 / Rmerge(I) obs: 0.156 / Net I/σ(I): 6.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.853 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 2207 / CC1/2: 0.57 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→42.17 Å / SU ML: 0.3525 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.7755 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.4 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→42.17 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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