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- PDB-8q7o: Crystal structure of the FZD3 cysteine-rich domain in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8q7o
タイトルCrystal structure of the FZD3 cysteine-rich domain in complex with a nanobody (14478)
要素
  • Frizzled-3
  • Nanobody 14478
キーワードSIGNALING PROTEIN / Frizzled / WNT / GPCR / Nanobody / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


dopaminergic neuron axon guidance / serotonergic neuron axon guidance / cell proliferation in midbrain / negative regulation of mitotic cell cycle, embryonic / establishment of planar polarity / midbrain morphogenesis / Wnt receptor activity / non-canonical Wnt signaling pathway / motor neuron migration / sympathetic ganglion development ...dopaminergic neuron axon guidance / serotonergic neuron axon guidance / cell proliferation in midbrain / negative regulation of mitotic cell cycle, embryonic / establishment of planar polarity / midbrain morphogenesis / Wnt receptor activity / non-canonical Wnt signaling pathway / motor neuron migration / sympathetic ganglion development / filopodium tip / Wnt-protein binding / post-anal tail morphogenesis / commissural neuron axon guidance / negative regulation of execution phase of apoptosis / PCP/CE pathway / Class B/2 (Secretin family receptors) / Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / inner ear morphogenesis / positive regulation of neuroblast proliferation / hair follicle development / lateral plasma membrane / canonical Wnt signaling pathway / response to electrical stimulus / presynaptic active zone membrane / PDZ domain binding / Asymmetric localization of PCP proteins / neural tube closure / G protein-coupled receptor activity / neuron differentiation / Ca2+ pathway / apical plasma membrane / response to xenobiotic stimulus / axon / neuronal cell body / dendrite / glutamatergic synapse / cell surface / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Frizzled 3, cysteine-rich domain / Frizzled/Smoothened, transmembrane domain / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/secreted frizzled-related protein / Frizzled / Frizzled domain / Frizzled cysteine-rich domain superfamily / Fz domain / Frizzled (fz) domain profile. ...Frizzled 3, cysteine-rich domain / Frizzled/Smoothened, transmembrane domain / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/secreted frizzled-related protein / Frizzled / Frizzled domain / Frizzled cysteine-rich domain superfamily / Fz domain / Frizzled (fz) domain profile. / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2.
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / Frizzled-3
類似検索 - 構成要素
生物種Lama glama (ラマ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.76 Å
データ登録者Hillier, J.S. / Zhao, Y. / Malinauskas, T. / Jones, E.Y.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Cancer Research UK 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structural insights into Frizzled3 through nanobody modulators.
著者: James Hillier / Yuguang Zhao / Loic Carrique / Tomas Malinauskas / Reinis R Ruza / Tao-Hsin Chang / Gangshun Yi / Helen M E Duyvesteyn / Jing Yu / Weixian Lu / Els Pardon / Jan Steyaert / ...著者: James Hillier / Yuguang Zhao / Loic Carrique / Tomas Malinauskas / Reinis R Ruza / Tao-Hsin Chang / Gangshun Yi / Helen M E Duyvesteyn / Jing Yu / Weixian Lu / Els Pardon / Jan Steyaert / Yanan Zhu / Tao Ni / E Yvonne Jones /
要旨: The Wnt receptor Frizzled3 (FZD3) is important for brain axonal development and cancer progression. We report structures of FZD3 in complex with extracellular and intracellular binding nanobodies (Nb) ...The Wnt receptor Frizzled3 (FZD3) is important for brain axonal development and cancer progression. We report structures of FZD3 in complex with extracellular and intracellular binding nanobodies (Nb). The crystal structure of Nb8 in complex with the FZD3 cysteine-rich domain (CRD) reveals that the nanobody binds at the base of the lipid-binding groove and can compete with Wnt5a. Nb8 fused with the Dickkopf-1 C-terminal domain behaves as a FZD3-specific Wnt surrogate, activating β-catenin signalling. The cryo-EM structure of FZD3 in complex with Nb9 reveals partially resolved density for the CRD, which exhibits positional flexibility, and a transmembrane conformation that resembles active GPCRs. Nb9 binds to the cytoplasmic region of FZD3 at the putative Dishevelled (DVL) or G protein-binding site, competes with DVL binding, and inhibits GαS coupling. In combination, our FZD3 structures with nanobody modulators map extracellular and intracellular interaction surfaces of functional, and potentially therapeutic, relevance.
履歴
登録2023年8月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年9月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nanobody 14478
B: Nanobody 14478
C: Frizzled-3
D: Frizzled-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,79015
ポリマ－55,4354
非ポリマー1,35511
水3,729207
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6780 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area25960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.659, 147.475, 229.727
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-350-

HOH

-
要素

-
抗体 / タンパク質 / 糖 , 3種, 6分子 ABCD

#1: 抗体 Nanobody 14478


分子量: 13264.633 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 細胞株 (発現宿主): HEK293S GnTI- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: タンパク質 Frizzled-3 / Fz-3 / hFz3


分子量: 14452.656 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FZD3 / 細胞株 (発現宿主): HEK293S GnTI- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NPG1
#6: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 5種, 216分子

#3: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#7: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO4
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 207 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 100 mM citric acid, pH 3.6; 690 mM ammonium sulphate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.759→46.17 Å / Num. obs: 90730 / % possible obs: 99.51 % / 冗長度: 13.8 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 15.4
反射 シェル解像度: 1.759→1.822 Å / Num. unique obs: 8825 / CC1/2: 0.797

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (1.19.2_4158: ???) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.76→46.17 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.09 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2222 4520 5 %
Rwork0.2172 --
obs0.2174 90453 99.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.76→46.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3792 0 82 207 4081
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073957
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8875367
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.3171448
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057571
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008697
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.76-1.780.42141320.38332694X-RAY DIFFRACTION94
1.78-1.80.3831560.36882802X-RAY DIFFRACTION99
1.8-1.820.33711680.35132804X-RAY DIFFRACTION99
1.82-1.840.34641500.32682838X-RAY DIFFRACTION100
1.84-1.870.33141600.3162837X-RAY DIFFRACTION100
1.87-1.890.36651400.31042786X-RAY DIFFRACTION99
1.89-1.920.31421740.3092859X-RAY DIFFRACTION99
1.92-1.950.31551530.28912791X-RAY DIFFRACTION99
1.95-1.980.25681390.27332874X-RAY DIFFRACTION100
1.98-2.010.24061410.26162837X-RAY DIFFRACTION99
2.01-2.050.27181370.23482858X-RAY DIFFRACTION100
2.05-2.090.24361560.22532822X-RAY DIFFRACTION100
2.09-2.130.22681500.2262874X-RAY DIFFRACTION100
2.13-2.170.25451270.22262854X-RAY DIFFRACTION100
2.17-2.220.23011650.21882822X-RAY DIFFRACTION100
2.22-2.270.2291600.22372859X-RAY DIFFRACTION100
2.27-2.320.23351520.22982862X-RAY DIFFRACTION100
2.32-2.390.26331500.22432855X-RAY DIFFRACTION100
2.39-2.460.24711370.2292900X-RAY DIFFRACTION100
2.46-2.540.25431370.22712885X-RAY DIFFRACTION100
2.54-2.630.25961360.23062855X-RAY DIFFRACTION100
2.63-2.730.27321350.22542921X-RAY DIFFRACTION100
2.73-2.860.24431530.2312851X-RAY DIFFRACTION100
2.86-3.010.25131570.24192902X-RAY DIFFRACTION100
3.01-3.20.23961500.23732894X-RAY DIFFRACTION100
3.2-3.440.23171640.22212882X-RAY DIFFRACTION100
3.44-3.790.22691520.21472926X-RAY DIFFRACTION100
3.79-4.340.18861590.17332940X-RAY DIFFRACTION100
4.34-5.460.15541540.16082967X-RAY DIFFRACTION100
5.46-46.170.16591760.20433082X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 13.9767 Å / Origin y: 30.8473 Å / Origin z: 25.3798 Å
111213212223313233
T0.3149 Å20.0039 Å2-0.0046 Å2-0.3231 Å20.0199 Å2--0.3118 Å2
L0.0718 °2-0.0245 °2-0.1507 °2-0.2071 °20.001 °2--0.3597 °2
S-0.0644 Å °-0.053 Å °-0.0338 Å °0.0972 Å °0.0124 Å °-0.0492 Å °0.0649 Å °0.0629 Å °0.0482 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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