PDB-8q7g: Human Carbonic Anhydrase I in complex with 3,4-dihydro-1H-benzo[c...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8q7g

タイトル

Human Carbonic Anhydrase I in complex with 3,4-dihydro-1H-benzo[c][1,2]oxaborinin-1-ol pH 7.0

要素

Carbonic anhydrase 1

キーワード

LYASE / Carbonic anhydrase 1 / inibitor / boro / benzoxaborinine

機能・相同性

機能・相同性情報

hydro-lyase activity / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / cyanamide hydratase activity / cyanamide hydratase / arylesterase activity / Reversible hydration of carbon dioxide / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.43 Å

データ登録者

Angeli, A. / Ferraroni, M.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Benzoxaborinine, New Chemotype for Carbonic Anhydrase Inhibition: Ex Novo Synthesis, Crystallography, In Silico Studies, and Anti-Melanoma Cell Line Activity.
著者: Giovannuzzi, S. / Nikitjuka, A. / Angeli, A. / Smietana, M. / Massardi, M.L. / Turati, M. / Ronca, R. / Bonardi, A. / Nocentini, A. / Ferraroni, M. / Supuran, C.T. / Winum, J.Y.

履歴

登録	2023年8月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年8月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年3月12日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8q7g.cif.gz	127.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8q7g.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8q7g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8q7g_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8q7g_full_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示
XML形式データ	8q7g_validation.xml.gz	24.6 KB	表示
CIF形式データ	8q7g_validation.cif.gz	35.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q7/8q7g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q7/8q7g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8q6lC 8qhoC 8qkzC 8qq9C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#128 - 2010年8月インターフェロン (Interferons) 類似性 (1) #94 - 2007年10月スーパーオキシドジスムターゼ (Superoxide Dismutase) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Carbonic anhydrase 1

BBB: Carbonic anhydrase 1

ヘテロ分子

58.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Carbonic anhydrase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
29.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

BBB: Carbonic anhydrase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
29.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.360, 71.640, 121.300
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase 1 / Carbonate dehydratase I / Carbonic anhydrase B / CAB / Carbonic anhydrase I / CA-I 分子量: 28906.186 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00915, carbonic anhydrase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-KIX / 1,1-bis(oxidanyl)-3,4-dihydro-2,1$l^{4}-benzoxaborinine / 3,4-dihydro-1H-1l4-benzo[c][1,2]oxaborinine-1,1-diol 分子量: 164.974 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀BO₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 386 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.51 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 28-31% PEG4000, 0.2 M Sodium acetate, 0.1 M Tris pH 8.5-9.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.43→43.89 Å / Num. obs: 101912 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.2 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.068 / R_rim(I) all: 0.071 / Net I/σ(I): 16.04
反射シェル	解像度: 1.43→1.46 Å / 冗長度: 9.4 % / R_merge(I) obs: 0.946 / Mean I/σ(I) obs: 2.31 / Num. unique obs: 7478 / CC_1/2: 0.878 / R_rim(I) all: 1.001 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.43→43.89 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.962 / SU B: 1.621 / SU ML: 0.06 / 交差検証法: NONE / ESU R: 0.067 / ESU R Free: 0.068 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2175	4998	4.904 %
R_work	0.1927	96914	-
all	0.194	-	-
obs	-	101912	99.913 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.904 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.987 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	2.829 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.842 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.43→43.89 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4020	0	30	386	4436

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	4212
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	3696
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.818	1.642	5745
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.483	1.587	8645
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.507	5	521
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.424	23.786	206
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.76	15	663
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.1	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	538
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	4882
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	860
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.201	0.2	810
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.187	0.2	3596
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.17	0.2	2012
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	1869
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.134	0.2	262
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.108	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.189	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.16	0.2	49
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.113	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.029	2.374	2061
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.028	2.375	2062
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.665	3.563	2574
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.665	3.563	2575
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.099	2.635	2151
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.099	2.636	2152
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.474	3.839	3166
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.473	3.84	3167
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.432	28.444	4660
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.439	28.471	4649

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.43-1.462	0.357	353	0.338	7097	X-RAY DIFFRACTION	99.6389
1.462-1.502	0.315	336	0.3	6888	X-RAY DIFFRACTION	99.9862
1.502-1.546	0.291	362	0.262	6693	X-RAY DIFFRACTION	99.9575
1.546-1.593	0.27	319	0.239	6592	X-RAY DIFFRACTION	99.9855
1.593-1.645	0.241	302	0.222	6345	X-RAY DIFFRACTION	99.985
1.645-1.703	0.231	330	0.2	6123	X-RAY DIFFRACTION	100
1.703-1.767	0.237	325	0.197	5893	X-RAY DIFFRACTION	99.9839
1.767-1.84	0.225	314	0.197	5720	X-RAY DIFFRACTION	99.9503
1.84-1.921	0.22	303	0.195	5460	X-RAY DIFFRACTION	99.948
1.921-2.015	0.225	291	0.201	5228	X-RAY DIFFRACTION	99.9095
2.015-2.124	0.189	239	0.196	5026	X-RAY DIFFRACTION	99.962
2.124-2.252	0.235	258	0.201	4726	X-RAY DIFFRACTION	99.9599
2.252-2.408	0.241	232	0.19	4475	X-RAY DIFFRACTION	99.9788
2.408-2.6	0.234	216	0.186	4172	X-RAY DIFFRACTION	99.9772
2.6-2.848	0.207	200	0.182	3844	X-RAY DIFFRACTION	99.9259
2.848-3.183	0.226	170	0.186	3514	X-RAY DIFFRACTION	100
3.183-3.674	0.216	159	0.192	3116	X-RAY DIFFRACTION	99.9695
3.674-4.496	0.187	127	0.169	2676	X-RAY DIFFRACTION	99.9287
4.496-6.341	0.156	105	0.162	2087	X-RAY DIFFRACTION	100
6.341-43.89	0.178	57	0.163	1239	X-RAY DIFFRACTION	99.4628

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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