ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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BUSTER | 2.11.8精密化 | autoPROC | | データ削減 | autoPROC | | データスケーリング | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.516→19.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU R Cruickshank DPI: 0.136 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.14 / SU Rfree Blow DPI: 0.124 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.123
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.2161 | 1547 | - | RANDOM |
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Rwork | 0.1874 | - | - | - |
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obs | 0.1888 | 31604 | 57.4 % | - |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 22.08 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 1.9018 Å2 | 0 Å2 | -0.7916 Å2 |
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2- | - | -0.854 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | -1.0478 Å2 |
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.21 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.516→19.32 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 2695 | 0 | 26 | 290 | 3011 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 | Restraint function | Weight |
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X-RAY DIFFRACTION | t_bond_d0.01 | 2849 | HARMONIC2 | X-RAY DIFFRACTION | t_angle_deg1.04 | 3848 | HARMONIC2 | X-RAY DIFFRACTION | t_dihedral_angle_d | 1030 | SINUSOIDAL2 | X-RAY DIFFRACTION | t_gen_planes | 479 | HARMONIC5 | X-RAY DIFFRACTION | t_it | 2837 | HARMONIC10 | X-RAY DIFFRACTION | t_chiral_improper_torsion | 362 | SEMIHARMONIC5 | X-RAY DIFFRACTION | t_ideal_dist_contact | 2638 | SEMIHARMONIC4 | X-RAY DIFFRACTION | t_omega_torsion4.08 | | | | X-RAY DIFFRACTION | t_other_torsion15.95 | | | | | | | | | | | | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.52→1.59 Å
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.2852 | 31 | - |
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Rwork | 0.2343 | - | - |
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obs | - | - | 45.1 % |
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精密化 TLS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION ID | L11 (°2) | L12 (°2) | L13 (°2) | L22 (°2) | L23 (°2) | L33 (°2) | S11 (Å °) | S12 (Å °) | S13 (Å °) | S21 (Å °) | S22 (Å °) | S23 (Å °) | S31 (Å °) | S32 (Å °) | S33 (Å °) | T11 (Å2) | T12 (Å2) | T13 (Å2) | T22 (Å2) | T23 (Å2) | T33 (Å2) | Origin x (Å) | Origin y (Å) | Origin z (Å) |
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1 | 0.6647 | -0.2742 | 0.6826 | 0.9858 | -0.2137 | 0.7042 | 0.0001 | 0.0528 | 0.0633 | 0.0528 | 0.0187 | -0.039 | 0.0633 | -0.039 | -0.0188 | 0.0121 | -0.0156 | 0.0127 | -0.0248 | 0.003 | -0.0392 | 6.0351 | 2.2105 | -0.0968 | 2 | 0.359 | 0.3124 | 0.4406 | 0.2842 | -0.1025 | 1.6453 | -0.0484 | -0.0341 | -0.0834 | -0.0341 | -0.0137 | 0.0061 | -0.0834 | 0.0061 | 0.0622 | 0.0032 | 0.0099 | -0.0079 | -0.0315 | 0.0072 | -0.0153 | -3.6256 | 16.4709 | -24.958 |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Selection details | Auth asym-ID | Auth seq-ID |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | { A|* }A1 - 170 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | { A|* }A260 - 262 | 3 | X-RAY DIFFRACTION | 2 | { B|* }B1 - 170 | 4 | X-RAY DIFFRACTION | 2 | { B|* }B260 - 262 | | | | | | | | |
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