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- PDB-8q6q: Structure of human immunity related GTPase Q in complex with GABA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8q6q
タイトルStructure of human immunity related GTPase Q in complex with GABARAPL2.
要素
  • Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein-like 2
  • Immunity-related GTPase family Q protein
キーワードIMMUNE SYSTEM / Complex / Autophagy / Cell autonomous immunity
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of proteasomal protein catabolic process / protein localization to endoplasmic reticulum / intra-Golgi vesicle-mediated transport / GABA receptor binding / phosphatidylethanolamine binding / positive regulation of ATP-dependent activity / TBC/RABGAPs / cellular response to nitrogen starvation / Macroautophagy / beta-tubulin binding ...negative regulation of proteasomal protein catabolic process / protein localization to endoplasmic reticulum / intra-Golgi vesicle-mediated transport / GABA receptor binding / phosphatidylethanolamine binding / positive regulation of ATP-dependent activity / TBC/RABGAPs / cellular response to nitrogen starvation / Macroautophagy / beta-tubulin binding / autophagosome membrane / autophagosome assembly / autophagosome maturation / mitophagy / autophagosome / SNARE binding / autophagy / protein transport / ATPase binding / microtubule binding / cytoplasmic vesicle / Golgi membrane / ubiquitin protein ligase binding / endoplasmic reticulum membrane / GTP binding / Golgi apparatus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Immunity-related GTPase family Q protein / IRG-type guanine nucleotide-binding (G) domain / IRG-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Autophagy protein Atg8 ubiquitin-like / Autophagy protein Atg8 ubiquitin like / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein-like 2 / Immunity-related GTPase family Q protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Bailey, H.J. / Misra, M. / Pomirska, J. / Dikic, I.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG) ドイツ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of human immunity related GTPase Q in complex with GABARAPL2.
著者: Bailey, H.J. / Misra, M. / Pomirska, J. / Dikic, I.
履歴
登録2023年8月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein-like 2
C: Immunity-related GTPase family Q protein
B: Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein-like 2
D: Immunity-related GTPase family Q protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,5728
ポリマ－65,8034
非ポリマー7684
水5,783321
1
A: Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein-like 2
C: Immunity-related GTPase family Q protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,2864
ポリマ－32,9022
非ポリマー3842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2570 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area13370 Å2
手法PISA
2
B: Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein-like 2
ヘテロ分子

D: Immunity-related GTPase family Q protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,2864
ポリマ－32,9022
非ポリマー3842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_546x,y-1,z+11
Buried area2440 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area13340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.100, 64.365, 64.467
Angle α, β, γ (deg.)60.56, 80.88, 84.77
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質 Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein-like 2 / GABA(A) receptor-associated protein-like 2 / Ganglioside expression factor 2 / GEF-2 / General ...GABA(A) receptor-associated protein-like 2 / Ganglioside expression factor 2 / GEF-2 / General protein transport factor p16 / Golgi-associated ATPase enhancer of 16 kDa / GATE-16 / MAP1 light chain 3-related protein


分子量: 13686.836 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GABARAPL2, FLC3A, GEF2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P60520
#2: タンパク質 Immunity-related GTPase family Q protein


分子量: 19214.754 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IRGQ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8WZA9
#3: 化合物
ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 321 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.56 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20 % w/v Polyethylene glycol 3,350, 200 mM di-Ammonium hydrogen citrate; pH 5.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 123 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 0.999 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年8月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→42.22 Å / Num. obs: 63781 / % possible obs: 88.8 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 27.4 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.034 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 1.8→1.84 Å / Rmerge(I) obs: 0.479 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 3677 / CC1/2: 0.77 / % possible all: 86.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→42.22 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 27.75 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2223 3179 4.99 %
Rwork0.1873 --
obs0.189 63731 88.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→42.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4256 0 52 321 4629
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.351
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.244633
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.089680
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.013802
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.830.35121460.30182510X-RAY DIFFRACTION86
1.83-1.860.33781290.29832575X-RAY DIFFRACTION85
1.86-1.890.29911150.28412462X-RAY DIFFRACTION83
1.89-1.920.33841180.26642406X-RAY DIFFRACTION81
1.92-1.950.25751010.25032135X-RAY DIFFRACTION72
1.95-1.990.27281200.22452274X-RAY DIFFRACTION78
1.99-2.030.26131610.20972768X-RAY DIFFRACTION92
2.03-2.080.26441480.21052784X-RAY DIFFRACTION93
2.08-2.120.27731830.19952662X-RAY DIFFRACTION93
2.12-2.180.24111740.19112690X-RAY DIFFRACTION92
2.18-2.240.24681510.19712789X-RAY DIFFRACTION93
2.24-2.30.2671320.19562750X-RAY DIFFRACTION92
2.3-2.380.27791420.20332737X-RAY DIFFRACTION93
2.38-2.460.25991340.19892744X-RAY DIFFRACTION92
2.46-2.560.25971300.20692743X-RAY DIFFRACTION92
2.56-2.680.27741420.21582708X-RAY DIFFRACTION91
2.68-2.820.2531450.20982705X-RAY DIFFRACTION91
2.82-2.990.28920.21452693X-RAY DIFFRACTION90
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5.12-42.220.18521630.16572918X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5136-1.05560.49792.32882.20185.5499-0.05920.18110.0245-0.065-0.18350.1866-0.3794-0.40760.22960.30340.0431-0.0050.3651-0.06960.275-35.199219.2408-25.7745
22.86480.7541-0.87484.3362-6.42859.6826-0.2046-0.09590.3293-0.36080.2810.5057-0.0152-0.8599-0.1240.31520.0891-0.06620.577-0.15510.4121-41.971413.3466-37.5504
31.6757-0.4728-1.45572.791.41454.2666-0.03740.03110.0822-0.0124-0.0680.0617-0.0374-0.10720.0950.2580.02070.00940.3601-0.05290.2413-31.881412.0258-34.4916
43.3509-1.098-0.00545.3041-1.28773.78510.11160.1752-0.269-0.0302-0.11370.25750.2877-0.269-0.02450.2186-0.05030.03210.2255-0.00930.2486-34.339517.2202-0.593
56.0556.5465-4.82217.559-4.52894.8481-0.1957-1.2421-0.86940.7129-0.19080.65160.20.33250.41880.3325-0.00820.03980.5083-0.02660.8043-43.916413.0955-3.3737
63.3179-0.7627-0.86822.44140.60581.00440.12930.0689-0.33320.0609-0.24790.17360.0020.0150.09630.2153-0.0182-0.00890.24530.00430.2037-29.165721.8944-3.4974
72.2537-1.646-0.96397.08951.927.4745-0.3281-0.6345-0.37580.2367-0.0261-1.38040.84060.07660.33240.3812-0.0338-0.0020.32210.03380.4309-18.252120.508410.4559
85.2003-0.6879-0.35952.11760.68423.52540.0791-0.00210.05020.0479-0.260.2311-0.15390.08810.18360.2121-0.0275-0.00630.2034-0.0040.2502-28.368928.91782.3887
92.2148-0.12640.97430.6505-0.40030.83150.60210.1263-0.8138-0.267-0.2084-1.1481.261.0516-0.22350.83640.08590.13150.46830.24930.8889-26.157113.056217.8719
105.27311.19850.46544.4350.04673.7098-0.0132-0.8156-0.18010.4781-0.08640.18760.3116-0.25520.10460.2975-0.03210.07270.3669-0.00610.2427-30.052524.194514.4608
113.0961-2.07831.70966.5835-4.4667.4402-0.0886-0.3216-0.3020.51620.03470.6867-0.3707-0.5234-0.08350.2473-0.01820.06060.3505-0.04170.3414-43.514624.49423.062
121.09880.63150.5667.61766.51527.85350.00680.12240.09920.1744-0.47310.5441-0.7895-0.27090.46370.59560.10480.02280.5229-0.14180.4093-43.836323.4403-20.4889
136.1524-0.6060.3863.47730.83987.86350.11920.98340.6776-1.3396-0.03831.22630.0352-0.3284-0.1430.34520.0012-0.07870.35810.06150.46-16.082-5.1693-6.6822
141.6386-0.9122-0.22353.4254-0.34211.03750.04390.08840.1259-0.2538-0.0721-0.4490.13760.04710.05510.27650.01870.03540.24250.01930.3904-5.8264-1.6663-1.9938
154.36260.71110.8043.783-2.81442.53890.0890.45140.206-0.2861-0.1967-0.6619-0.06210.26440.13830.37230.04140.11310.31630.07320.4712-2.256111.0937-4.7769
163.8119-0.96820.22362.51860.26643.56760.11110.33960.3148-0.12140.0761-0.1982-0.2802-0.0502-0.22030.31240.01250.03890.22530.06720.371-10.195513.0594-1.4627
173.54163.74961.02996.22742.12843.0040.04190.0687-0.00480.55570.00960.4234-0.0547-0.039-0.03790.32050.0502-0.00540.22830.04350.3994-9.9512-0.22216.9479
183.9054-1.52440.7364.1887-0.83872.6360.13340.29110.1137-0.4827-0.04880.4533-0.2433-0.4193-0.1020.38930.03030.05270.32010.01460.3903-16.038510.5857-6.0339
191.92730.1498-0.14993.2777-0.52093.93210.0596-0.29290.17840.1042-0.0321-0.30340.010.3082-0.0230.28210.0253-0.03640.2968-0.0490.2451-9.04739.9357-45.3643
204.79235.4548-0.516.333-0.053.18730.2738-1.15651.07710.3401-0.035-0.31390.02540.8532-0.17220.3133-0.0292-0.02170.4194-0.08210.3495-6.816414.0855-45.8424
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221.19740.2541.33620.08310.22182.5187-0.2626-1.59370.46651.52570.45350.7514-0.7855-1.5254-0.11890.68170.1016-0.01480.8999-0.03320.3815-15.4277-5.1585-31.8121
235.59890.40780.04214.0174-0.5754.01420.056-0.4581-0.37450.2539-0.054-0.23740.15190.2511-0.0160.28550.035-0.0240.25260.01820.2691-12.0391-6.5792-43.3758
242.3952-0.8363-1.33934.2717-0.391.54290.1187-0.0620.2948-0.3289-0.2579-0.6175-0.13120.20450.16280.2106-0.0227-0.01330.2578-0.04990.2973-1.142211.5406-53.7533
精密化 TLSグループ
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20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 29 through 62 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 63 through 115 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 116 through 123 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 124 through 158 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 159 through 190 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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