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- PDB-8q6n: Xanthin riboswitch in complex with oxypurinol -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8q6n
タイトルXanthin riboswitch in complex with oxypurinol
要素Xanthin riboswitch NMT-46 (46-MER)
キーワードRNA / RNA riboswitch xanthin ligand
機能・相同性Oxypurinol / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Ideonella sp. B508-1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.63 Å
データ登録者Nar, H.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Artificial oxypurinol-responsive riboswitches for gene expression control in mammalian cells based on bacterial xanthine aptamers
著者: Schnapp, G. / Hartig, J. / Nar, H.
履歴
登録2023年8月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Xanthin riboswitch NMT-46 (46-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,0562
ポリマ－14,9041
非ポリマー1521
水30617
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area350 Å2
ΔGint5 kcal/mol
Surface area7740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.811, 85.091, 97.162
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: RNA鎖 Xanthin riboswitch NMT-46 (46-MER)


分子量: 14903.956 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: oxypurinol / 由来: (合成) Ideonella sp. B508-1 (バクテリア)
#2: 化合物 ChemComp-141 / Oxypurinol / Alloxanthine / オキシプリノ-ル


分子量: 152.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H4N4O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 阻害剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.64 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: 0.1M ammonium sulfate, 0.1M sodium chloride, 20% PEG 8000, 1M sodium formate, 50mM Bis-Tris

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 1.102 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.102 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.63→50 Å / Num. obs: 6639 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 12 % / Biso Wilson estimate: 97 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rpim(I) all: 0.013 / Net I/av σ(I): 23.3 / Net I/σ(I): 4.2
反射 シェル解像度: 2.66→2.76 Å / 冗長度: 9.6 % / Rmerge(I) obs: 1.047 / Mean I/σ(I) obs: 0.2 / Num. unique obs: 332 / Rpim(I) all: 2.9 / % possible all: 84.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.8精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7ELP

7elp


解像度: 2.63→21.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU R Cruickshank DPI: 0.429 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.504 / SU Rfree Blow DPI: 0.336 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.317
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2819 318 -RANDOM
Rwork0.2371 ---
obs0.2391 6620 71.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 123.43 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.4481 Å20 Å20 Å2
2--0.3076 Å20 Å2
3----7.7557 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.48 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.63→21.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 987 11 17 1015
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0081117HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.781740HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d225SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes52HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1117HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion184SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact503SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion22.06
LS精密化 シェル解像度: 2.63→2.91 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.358 27 -
Rwork0.3545 --
obs0.3547 442 18.29 %
精密化 TLSOrigin x: -7.7492 Å / Origin y: -16.8967 Å / Origin z: -22.7353 Å
111213212223313233
T0.0834 Å20.0675 Å2-0.1264 Å2-0.1572 Å2-0.304 Å2---0.0411 Å2
L3.7794 °21.3143 °2-0.8778 °2-4.6409 °25.8208 °2--3.7297 °2
S-0.14 Å °0.1432 Å °0.4717 Å °0.1432 Å °0.9302 Å °0.4088 Å °0.4717 Å °0.4088 Å °-0.7903 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A1 - 46
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A102

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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