PDB-8q6l: human Carbonic Anhydrase I in complex with 3,4-dihydro-1H-benzo[c...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8q6l

タイトル

human Carbonic Anhydrase I in complex with 3,4-dihydro-1H-benzo[c][1,2]oxaborinin-1-ol

要素

Carbonic anhydrase 1

キーワード

LYASE / Carbonic Anhydrase I / inhibitor / metalloenzyme / Benzoxaborine / boro

機能・相同性

機能・相同性情報

hydro-lyase activity / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / cyanamide hydratase activity / cyanamide hydratase / arylesterase activity / Reversible hydration of carbon dioxide / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.72 Å

データ登録者

Angeli, A. / Ferraroni, M.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Benzoxaborinine, New Chemotype for Carbonic Anhydrase Inhibition: Ex Novo Synthesis, Crystallography, In Silico Studies, and Anti-Melanoma Cell Line Activity.
著者: Giovannuzzi, S. / Nikitjuka, A. / Angeli, A. / Smietana, M. / Massardi, M.L. / Turati, M. / Ronca, R. / Bonardi, A. / Nocentini, A. / Ferraroni, M. / Supuran, C.T. / Winum, J.Y.

履歴

登録	2023年8月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年8月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年4月16日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8q6l.cif.gz	123.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8q6l.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8q6l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8q6l_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8q6l_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	8q6l_validation.xml.gz	22.6 KB	表示
CIF形式データ	8q6l_validation.cif.gz	32.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q6/8q6l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q6/8q6l	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8q7gC 8qhoC 8qkzC 8qq9C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#128 - 2010年8月インターフェロン (Interferons) 類似性 (1) #94 - 2007年10月スーパーオキシドジスムターゼ (Superoxide Dismutase) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Carbonic anhydrase 1

BBB: Carbonic anhydrase 1

ヘテロ分子

58.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.350, 71.410, 121.460
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase 1 / Carbonate dehydratase I / Carbonic anhydrase B / CAB / Carbonic anhydrase I / CA-I 分子量: 28906.186 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00915, carbonic anhydrase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-KIX / 1,1-bis(oxidanyl)-3,4-dihydro-2,1$l^{4}-benzoxaborinine / 3,4-dihydro-1H-1l4-benzo[c][1,2]oxaborinine-1,1-diol 分子量: 164.974 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀BO₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 253 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.4 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: 28-31% PEG4000, 0.2 M Sodium acetate, 0.1 M Tris pH 8.5-9.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 0.9717 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9717 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.72→50 Å / Num. obs: 58501 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 12.4 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.104 / R_rim(I) all: 0.108 / Net I/σ(I): 19.06
反射シェル	解像度: 1.72→1.76 Å / 冗長度: 10.1 % / R_merge(I) obs: 1.172 / Mean I/σ(I) obs: 2.31 / Num. unique obs: 4171 / CC_1/2: 0.833 / R_rim(I) all: 1.235 / % possible all: 97.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.72→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / SU B: 2.804 / SU ML: 0.087 / 交差検証法: NONE / ESU R: 0.112 / ESU R Free: 0.112 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.23	2976	5.087 %
R_work	0.1897	55525	-
all	0.192	-	-
obs	-	58501	99.586 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.302 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.839 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.251 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.412 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.72→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4024	0	27	253	4304

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	4193
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	3686
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.653	1.641	5717
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.388	1.581	8626
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.559	5	521
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.851	23.738	206
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.521	15	666
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.758	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	536
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	4792
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	854
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.202	0.2	759
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.184	0.2	3492
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.167	0.2	1995
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	1877
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.135	0.2	194
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.104	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.255	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.2	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.107	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.971	2.336	2060
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.971	2.336	2061
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.738	3.496	2574
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.738	3.496	2575
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.835	2.596	2133
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.834	2.596	2134
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.258	3.773	3138
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.258	3.774	3139
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.229	27.146	4536
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.23	27.15	4533

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.72-1.761	0.317	210	0.286	3952	X-RAY DIFFRACTION	97.1976
1.761-1.809	0.289	202	0.262	3924	X-RAY DIFFRACTION	99.1112
1.809-1.862	0.259	224	0.241	3837	X-RAY DIFFRACTION	99.5587
1.862-1.919	0.261	181	0.223	3757	X-RAY DIFFRACTION	99.7467
1.919-1.982	0.281	185	0.219	3628	X-RAY DIFFRACTION	99.7645
1.982-2.051	0.265	186	0.214	3529	X-RAY DIFFRACTION	99.7583
2.051-2.129	0.25	180	0.21	3379	X-RAY DIFFRACTION	99.9719
2.129-2.215	0.248	190	0.207	3272	X-RAY DIFFRACTION	99.8558
2.215-2.314	0.265	176	0.193	3159	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.314-2.426	0.234	150	0.191	3004	X-RAY DIFFRACTION	100
2.426-2.557	0.239	195	0.19	2856	X-RAY DIFFRACTION	99.9672
2.557-2.712	0.203	141	0.181	2741	X-RAY DIFFRACTION	99.9653
2.712-2.899	0.216	136	0.189	2553	X-RAY DIFFRACTION	99.9628
2.899-3.131	0.229	128	0.19	2409	X-RAY DIFFRACTION	100
3.131-3.429	0.228	116	0.192	2215	X-RAY DIFFRACTION	100
3.429-3.832	0.229	111	0.179	2013	X-RAY DIFFRACTION	100
3.832-4.422	0.191	96	0.151	1797	X-RAY DIFFRACTION	99.9472
4.422-5.409	0.198	67	0.142	1550	X-RAY DIFFRACTION	100
5.409-7.62	0.187	59	0.157	1229	X-RAY DIFFRACTION	99.9224
7.62-50	0.17	43	0.18	721	X-RAY DIFFRACTION	99.0921

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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