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- PDB-8q67: Crystal structure of a homohexameric MCM from M. acidophilum -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8q67
タイトルCrystal structure of a homohexameric MCM from M. acidophilum
要素DNA helicase
キーワードREPLICATION / Minichromosome maintenance / MCM / helicase / AAA+ / ATPase / DNA-binding protein / Zinc finger / Motor / Cell cycle protein / Replicative helicase / Hexamer
機能・相同性
機能・相同性情報


MCM complex / single-stranded DNA helicase activity / single-stranded DNA binding / DNA helicase / DNA replication / hydrolase activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Mini-chromosome maintenance, conserved site / MCM family signature. / MCM N-terminal domain / MCM N-terminal domain / MCM OB domain / MCM OB domain / Mini-chromosome maintenance protein / MCM, AAA-lid domain / MCM P-loop domain / MCM AAA-lid domain ...Mini-chromosome maintenance, conserved site / MCM family signature. / MCM N-terminal domain / MCM N-terminal domain / MCM OB domain / MCM OB domain / Mini-chromosome maintenance protein / MCM, AAA-lid domain / MCM P-loop domain / MCM AAA-lid domain / MCM family domain profile. / minichromosome maintenance proteins / MCM domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Nucleic acid-binding, OB-fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / PHOSPHATE ION / DNA helicase
類似検索 - 構成要素
生物種Candidatus Mancarchaeum acidiphilum (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.59 Å
データ登録者Noble, O.W. / Degut, C. / Hodgkinson, M.R. / Chong, J.P.J. / Plevin, M.J.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/L013770/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/M015831/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/S506795/1 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Fundamental steps of Minichromosome Maintenance complex assembly are conserved from archaea to eukaryotes
著者: Noble, O.W. / Degut, C. / Hodgkinson, M.R. / Chong, J.P.J. / Plevin, M.J.
履歴
登録2023年8月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年3月12日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA helicase
B: DNA helicase
C: DNA helicase
D: DNA helicase
E: DNA helicase
F: DNA helicase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)401,86824
ポリマ－398,6746
非ポリマー3,19318
水23413
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area49260 Å2
ΔGint-283 kcal/mol
Surface area141120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)228.699, 127.488, 177.038
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.713, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質
DNA helicase


分子量: 66445.711 Da / 分子数: 6 / 変異: E391Q, del601-687 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Candidatus Mancarchaeum acidiphilum (古細菌)
遺伝子: Mia14_0611 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: A0A218NN99
#2: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.98 % / 解説: 0.5 mm long plate-shaped crystals
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.03 M NPS, 0.1 M MOPS/HEPES pH 7.5, 10 % (w/v) PEG 20,000, 20 % (v/v) PEG MME 550

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.59→57.15 Å / Num. obs: 157088 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 64.47 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.115 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 2.59→2.64 Å / Num. unique obs: 7646 / CC1/2: 0.5 / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-Areaデータ削減
DIALSデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
BUCCANEERモデル構築
PHENIXモデル構築
PHENIX1.18.2_3874精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.59→57.15 Å / SU ML: 0.575 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 35.0699
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2533 1983 1.29 %
Rwork0.2309 152155 -
obs0.2311 154138 98.02 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 96.45 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.59→57.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数26927 0 176 13 27116
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.018227559
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.490637281
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.09764277
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00924779
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.875210455
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.59-2.660.43751140.43338273X-RAY DIFFRACTION75.03
2.66-2.730.42941430.41510873X-RAY DIFFRACTION98.44
2.73-2.810.41731400.390510979X-RAY DIFFRACTION99.68
2.81-2.90.37731390.362811114X-RAY DIFFRACTION99.85
2.9-30.37481360.363610972X-RAY DIFFRACTION99.93
3-3.130.35611450.331611023X-RAY DIFFRACTION99.79
3.13-3.270.35421400.299611081X-RAY DIFFRACTION99.89
3.27-3.440.29611500.273811047X-RAY DIFFRACTION99.95
3.44-3.660.2881390.266911065X-RAY DIFFRACTION100
3.66-3.940.25891520.240511078X-RAY DIFFRACTION99.99
3.94-4.330.25161510.202211089X-RAY DIFFRACTION100
4.33-4.960.1951470.17711119X-RAY DIFFRACTION100
4.96-6.250.19541450.206111157X-RAY DIFFRACTION99.98
6.25-57.150.21621420.182811285X-RAY DIFFRACTION99.69

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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