[日本語] English
万見
- PDB-8q66: Crystal Structure of the C. elegans MUT-7 MUT-8 CTD complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8q66
タイトルCrystal Structure of the C. elegans MUT-7 MUT-8 CTD complex
要素
  • Exonuclease mut-7
  • SH2 domain-containing protein
キーワードRNA BINDING PROTEIN / small RNA amplification mutator complex exoribonuclease
機能・相同性
機能・相同性情報


mutator focus / pre-miRNA 3'-end processing / 3'-5'-exoribonuclease activity involved in mature miRNA 3'-end processing / post-transcriptional gene silencing / meiotic chromosome segregation / olfactory learning / regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / siRNA processing / associative learning / 3'-5' exonuclease activity ...mutator focus / pre-miRNA 3'-end processing / 3'-5'-exoribonuclease activity involved in mature miRNA 3'-end processing / post-transcriptional gene silencing / meiotic chromosome segregation / olfactory learning / regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / siRNA processing / associative learning / 3'-5' exonuclease activity / nucleic acid binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / metal ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Mut7-C RNAse domain / Mut7-C RNAse domain / Exonuclease Mut-7, DEDDy 3'-5' exonuclease domain / : / 3'-5' exonuclease / 3'-5' exonuclease / 3'-5' exonuclease domain / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Exonuclease mut-7 / SH2 domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.03 Å
データ登録者Falk, S. / Busetto, V.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
H2020 Marie Curie Actions of the European CommissionFA743031European Union
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2024
タイトル: MUT-7 exoribonuclease activity and localization are mediated by an ancient domain.
著者: Busetto, V. / Pshanichnaya, L. / Lichtenberger, R. / Hann, S. / Ketting, R.F. / Falk, S.
履歴
登録2023年8月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年9月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Exonuclease mut-7
B: SH2 domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,4266
ポリマ－60,1742
非ポリマー2524
水4,504250
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering, gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5010 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area23960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)145.089, 59.053, 88.161
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 119.800, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質 Exonuclease mut-7


分子量: 31667.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: mut-7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): derivative / 参照: UniProt: P34607
#2: タンパク質 SH2 domain-containing protein


分子量: 28506.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: rde-2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): derivative / 参照: UniProt: Q19672
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 250 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.83 %
結晶化温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 30 %w/v EDO_P8K (Precipitant) 0.1 M MB3 8.5 pH (Buffer) 0.06 M divalent (Complex ingredient)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.87313 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年7月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87313 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.03→67.91 Å / Num. obs: 42083 / % possible obs: 99.73 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 40.56 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.08813 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 2.03→2.103 Å / Num. unique obs: 4152 / CC1/2: 0.41

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12.1-4487位相決定
PHENIX1.12.1-4487精密化
PDB-REDO精密化
pointlessデータスケーリング
XDS20230630データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.03→67.91 Å / SU ML: 0.3131 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.4956
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2247 2109 5.01 %
Rwork0.1908 39974 -
obs0.1925 42083 99.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 49.42 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.03→67.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4155 0 13 250 4418
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00254277
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.56125795
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0461642
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0149751
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.191572
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.03-2.070.37961410.38162582X-RAY DIFFRACTION96.9
2.07-2.130.36741470.32322646X-RAY DIFFRACTION99.93
2.13-2.180.28691350.29372650X-RAY DIFFRACTION99.82
2.18-2.250.30541470.27042646X-RAY DIFFRACTION99.75
2.25-2.320.29611300.25422643X-RAY DIFFRACTION99.64
2.32-2.40.29411470.23272668X-RAY DIFFRACTION99.93
2.4-2.50.27421290.23272683X-RAY DIFFRACTION99.93
2.5-2.610.27451360.23882650X-RAY DIFFRACTION99.75
2.61-2.750.30821430.22672644X-RAY DIFFRACTION99.61
2.75-2.920.26871560.21262666X-RAY DIFFRACTION99.89
2.92-3.150.23531460.18962669X-RAY DIFFRACTION99.96
3.15-3.470.22471150.1842708X-RAY DIFFRACTION99.86
3.47-3.970.18531430.15812679X-RAY DIFFRACTION99.68
3.97-50.16591560.13912674X-RAY DIFFRACTION99.51
5-67.910.18651380.16282766X-RAY DIFFRACTION99.35
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.862293614860.9926415301943.71479839252.60430870135-0.7032843522476.054789193650.108876141223-0.1161220193690.334631282577-0.3387407763440.3623359995810.4263632481610.248589030195-0.296664845609-0.4884542294050.438115216218-0.102849952643-0.05866130018310.465833461489-0.1227758838370.65730731704522.2825969727-12.995503379222.4069043175
22.479564479651.50844471908-0.2575767190842.01703098582-0.7864241226564.57314145505-0.1923241168710.546230891059-0.593388474809-0.412895436890.132996412453-0.7560721622180.3892811828590.2796071399380.04865242082230.3450296119570.02720987095250.05969911285570.456758422259-0.1605537478710.51685763836343.4342934866-9.2854301379521.9349350928
32.48996798449-0.6071691517620.2157193705063.11339281134-0.4766366402432.780557191390.07186456358490.469239427880.136460928262-0.273766916794-0.0492235203139-0.127651057233-0.229567786847-0.0779234043142-0.01450257871520.2940169411690.002814324331640.03736010444730.4045156518820.01604196165730.33249657568532.85559441458.7633608244924.0989301223
40.9076402116890.205017092103-0.5845621178120.657100019692-0.7621421062962.70848836179-0.04882117128120.0986793277815-0.3121840002680.010265354582-0.0586794876277-0.1165822604480.231540027245-0.04910103359270.1066643704010.311925608136-0.00865488335657-0.02773428641250.286683390407-0.06646226298020.45038314768331.0306887282-13.236636572641.9267080731
51.67052083341-0.7098588558051.271386220673.024207018720.08389657639632.57983161189-0.112586778487-0.39390978814-0.3348820208890.4954605447760.1300048983230.03052758114960.462119397656-0.00404132540265-0.04258371303930.3397038823280.0358569532761-0.06284067868720.319981151660.06694360030510.45786348076133.4351141973-12.594567663261.233809723
62.605344030520.301549693249-0.04199109117591.266953982330.8793685308924.2016391225-0.01036391180550.121532102124-0.3713049082060.104125792803-0.04682603956270.02975813368910.363703370508-0.3641524610680.04525006408480.292747846849-0.021838945756-0.007724217142590.286317509983-0.03566385673880.39648038549729.120405063-10.798239548845.7598842201
72.331167497920.466890518932-0.143011761512.25620030733-0.1627864561454.041756116490.160741313542-0.1878707144160.222866645590.08311606132540.0221496327645-0.0335750098937-0.3745149138250.303194800045-0.1573437996750.291721113896-0.01194659926650.005858907376930.282869288027-0.05216275201160.41555898225439.36470540411.011791314156.2365556702
84.164558130120.8730767549630.03938229134282.774680394580.005717766421972.1464834578-0.004384573145470.1128233020220.198229177629-0.050175624105-0.02243173332930.341804897563-0.148491922064-0.4190819416350.02193226712660.3293462731910.05835015128240.00189725191150.3380517718780.01708804319330.30014267103217.49745434013.3070686706861.7405475094
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 628 through 641 )AA628 - 6411 - 14
22chain 'A' and (resid 642 through 661 )AA642 - 66115 - 34
33chain 'A' and (resid 662 through 735 )AA662 - 73535 - 108
44chain 'A' and (resid 736 through 831 )AA736 - 831109 - 204
55chain 'A' and (resid 832 through 846 )AA832 - 846205 - 219
66chain 'A' and (resid 847 through 898 )AA847 - 898220 - 271
77chain 'B' and (resid 326 through 446 )BF326 - 4461 - 121
88chain 'B' and (resid 447 through 567 )BF447 - 567122 - 242

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る