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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8q65 | ||||||
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タイトル | Mycobacterium smegmatis inosine monophosphate dehydrogenase (IMPDH) ATP-bound form | ||||||
![]() | Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Octamer / ATP-bound complex / Purine metabolism / IMPDH | ||||||
機能・相同性 | ![]() IMP dehydrogenase activity / IMP dehydrogenase / GMP biosynthetic process / GTP biosynthetic process / nucleotide binding / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.54 Å | ||||||
![]() | Bulvas, O. / Kouba, T. / Pichova, I. | ||||||
資金援助 | European Union, 1件
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![]() | ![]() タイトル: Mycobacterium smegmatis inosine monophosphate dehydrogenase (IMPDH) apo form 著者: Bulvas, O. / Kouba, T. / Pichova, I. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 657.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 431.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 18184 ![]() 17988 ![]() 18600 ![]() 18601 ![]() 18602 ![]() 18604 ![]() 18606 ![]() 18607 ![]() 18608 ![]() 8pw3C ![]() 8qqpC ![]() 8qqqC ![]() 8qqrC ![]() 8qqtC ![]() 8qqvC ![]() 8qqwC ![]() 8qqxC C: 同じ文献を引用 ( M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 53388.988 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: MC2 155 / 遺伝子: guaB, MSMEG_1602 / プラスミド: pRSFDuet-1 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-ATP / #3: 化合物 | ChemComp-MG / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Octameric assembly of inosine monophosphate dehydrogenase in complex with ATP タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.426658 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 詳細: 50 mM HEPES (pH 7.5), 200 mM KCl, 5 mM DTT,2 mM MgCl2 Ligand: 0.3 mM ATP | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 165000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2900 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 400 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 電子線照射量: 55 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 実像数: 6484 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 40 |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY | ||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 2754934 | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.54 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 317151 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 38.33 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: CC coefficient 詳細: Initial fitting was done in UCSF ChimeraX. Model refinement was done by iterative cycles of manual fitting with Coot and ISOLDE and automated fitting with phenix.real_space_refine. | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | Accession code: A0QSU3 / Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 38.82 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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