PDB-8q5z: Crystal structure of bovine Thiosulfate sulfurtransferase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8q5z

タイトル

Crystal structure of bovine Thiosulfate sulfurtransferase

要素

Thiosulfate sulfurtransferase

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / mitochondrial enzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

rRNA transport / 3-mercaptopyruvate sulfurtransferase activity / thiosulfate sulfurtransferase / thiosulfate-cyanide sulfurtransferase activity / rRNA import into mitochondrion / 5S rRNA binding / mitochondrial matrix / mitochondrion
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Goor, H.v. / Groves, M.R. / AL-Dahmani, Z.M. / Wang, C.

資金援助

オランダ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of bovine Thiosulfate sulfurtransferase
著者: AL-Dahmani, Z.M. / Groves, M.R. / Goo, H.v.

履歴

登録	2023年8月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年9月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え	2024年2月14日	ID: 8BGQ
改定 1.1	2024年2月14日	Group: Advisory / カテゴリ: pdbx_database_PDB_obs_spr

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8q5z.cif.gz	132.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8q5z.ent.gz	99.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8q5z.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8q5z_validation.pdf.gz	410.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8q5z_full_validation.pdf.gz	410.7 KB	表示
XML形式データ	8q5z_validation.xml.gz	15 KB	表示
CIF形式データ	8q5z_validation.cif.gz	23 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q5/8q5z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q5/8q5z	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Thiosulfate sulfurtransferase

ヘテロ分子

33.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	153.857, 49.506, 41.863
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 98.504, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Thiosulfate sulfurtransferase 分子量: 33339.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: TST / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00586
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 293 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.61 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 6000, Tris, calcium chloride dihydrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.03322 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.03322 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→38.86 Å / Num. obs: 47923 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 12.8 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 27.9
反射シェル	解像度: 1.5→1.53 Å / R_merge(I) obs: 0.176 / Num. unique obs: 1966 / CC_1/2: 0.989

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.5→38.86 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.964 / SU B: 0.786 / SU ML: 0.031 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.062 / ESU R Free: 0.061 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1628	2367	4.939 %
R_work	0.1463	45554	-
all	0.147	-	-
obs	-	47921	95.834 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 12.056 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.253 Å²	0 Å²	0.155 Å²
2-	-	0.066 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.134 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→38.86 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2317	0	1	293	2611

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	2418
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	2223
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.782	1.645	3290
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.569	1.577	5127
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.295	5	298
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	27.567	20.827	133
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.34	15	387
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.06	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.1	0.2	293
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	2763
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	589
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.238	0.2	477
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.177	0.2	2069
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.188	0.2	1186
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	1160
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.124	0.2	168
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.095	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.37	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.314	0.2	60
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.099	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.124	1.037	1183
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.12	1.035	1182
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.669	1.558	1484
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.671	1.559	1485
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.305	1.292	1235
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.296	1.292	1235
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.479	1.84	1806
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.476	1.84	1806
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.323	13.107	2807
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.26	12.675	2752

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.539	0.185	154	0.161	2930	X-RAY DIFFRACTION	85.0993
1.539-1.581	0.165	173	0.143	3270	X-RAY DIFFRACTION	95.4268
1.581-1.627	0.168	161	0.132	3193	X-RAY DIFFRACTION	96.5458
1.627-1.677	0.167	145	0.125	3178	X-RAY DIFFRACTION	97.1922
1.677-1.732	0.147	158	0.123	3017	X-RAY DIFFRACTION	98.1756
1.732-1.793	0.161	163	0.133	2969	X-RAY DIFFRACTION	97.6918
1.793-1.86	0.169	127	0.147	2854	X-RAY DIFFRACTION	97.482
1.86-1.936	0.163	149	0.141	2689	X-RAY DIFFRACTION	96.5635
1.936-2.022	0.143	150	0.141	2656	X-RAY DIFFRACTION	98.2493
2.022-2.121	0.16	129	0.137	2528	X-RAY DIFFRACTION	98.1892
2.121-2.236	0.155	132	0.14	2423	X-RAY DIFFRACTION	98.3449
2.236-2.371	0.169	102	0.144	2300	X-RAY DIFFRACTION	98.2413
2.371-2.535	0.172	108	0.147	2133	X-RAY DIFFRACTION	97.9458
2.535-2.737	0.174	88	0.153	1914	X-RAY DIFFRACTION	92.7711
2.737-2.998	0.193	82	0.149	1817	X-RAY DIFFRACTION	95.7157
2.998-3.352	0.165	106	0.158	1613	X-RAY DIFFRACTION	95.7127
3.352-3.869	0.159	83	0.152	1403	X-RAY DIFFRACTION	93.1661
3.869-4.735	0.153	70	0.149	1203	X-RAY DIFFRACTION	94.5063
4.735-6.684	0.179	52	0.161	915	X-RAY DIFFRACTION	91.572

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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