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- PDB-8q5p: Structure of the lysine methyltransferase SETD2 in complex with a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8q5p
タイトルStructure of the lysine methyltransferase SETD2 in complex with a peptide derived from human tyrosine kinase ACK1
要素
  • Activated CDC42 kinase 1
  • Histone-lysine N-methyltransferase SETD2
キーワードTRANSFERASE / Histone methyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


mesoderm morphogenesis / morphogenesis of a branching structure / peptidyl-lysine trimethylation / coronary vasculature morphogenesis / regulation of clathrin-dependent endocytosis / cell migration involved in vasculogenesis / microtubule cytoskeleton organization involved in mitosis / [histone H3]-lysine36 N-trimethyltransferase / Grb2-EGFR complex / embryonic placenta morphogenesis ...mesoderm morphogenesis / morphogenesis of a branching structure / peptidyl-lysine trimethylation / coronary vasculature morphogenesis / regulation of clathrin-dependent endocytosis / cell migration involved in vasculogenesis / microtubule cytoskeleton organization involved in mitosis / [histone H3]-lysine36 N-trimethyltransferase / Grb2-EGFR complex / embryonic placenta morphogenesis / histone H3K36 trimethyltransferase activity / cytoophidium / GTPase inhibitor activity / pericardium development / regulation of mRNA export from nucleus / stem cell development / histone H3K36 methyltransferase activity / nucleosome organization / response to type I interferon / protein-lysine N-methyltransferase activity / embryonic cranial skeleton morphogenesis / positive regulation of ossification / response to alkaloid / regulation of protein localization to chromatin / response to metal ion / Signaling by LTK / clathrin-coated vesicle / epidermal growth factor receptor binding / histone H3 methyltransferase activity / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / WW domain binding / phosphorylation / regulation of double-strand break repair via homologous recombination / small GTPase-mediated signal transduction / endodermal cell differentiation / positive regulation of interferon-alpha production / alpha-tubulin binding / mismatch repair / forebrain development / clathrin-coated pit / positive regulation of autophagy / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / cytoplasmic vesicle membrane / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / regulation of cytokinesis / adherens junction / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / stem cell differentiation / neural tube closure / non-specific protein-tyrosine kinase / transcription elongation by RNA polymerase II / : / PKMTs methylate histone lysines / endocytosis / chromosome / regulation of gene expression / protein tyrosine kinase activity / angiogenesis / defense response to virus / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / cell surface receptor signaling pathway / non-specific serine/threonine protein kinase / endosome / protein serine kinase activity / intracellular membrane-bounded organelle / ubiquitin protein ligase binding / regulation of DNA-templated transcription / perinuclear region of cytoplasm / nucleoplasm / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Activated CDC42 kinase 1 / Cdc42 binding domain-like superfamily / Cdc42 binding domain-like / Mig-6 domain / : / GTPase binding / EGFR receptor inhibitor Mig-6 / : / : / SAM domain-like ...Activated CDC42 kinase 1 / Cdc42 binding domain-like superfamily / Cdc42 binding domain-like / Mig-6 domain / : / GTPase binding / EGFR receptor inhibitor Mig-6 / : / : / SAM domain-like / Histone-lysine N-methyltransferase SETD2, animal / Set2 Rpb1 interacting domain superfamily / SETD2/Set2, SET domain / Set2 Rpb1 interacting domain / SRI (Set2 Rpb1 interacting) domain / AWS domain / AWS domain / AWS domain profile. / associated with SET domains / Cysteine-rich motif following a subset of SET domains / TFIIS/LEDGF domain superfamily / Post-SET domain / Post-SET domain profile. / Variant SH3 domain / WW domain / WW/rsp5/WWP domain signature. / WW domain superfamily / WW/rsp5/WWP domain profile. / Domain with 2 conserved Trp (W) residues / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain / WW domain / SET domain / SET domain superfamily / SET domain profile. / SET domain / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYLMETHIONINE / Activated CDC42 kinase 1 / Histone-lysine N-methyltransferase SETD2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.814 Å
データ登録者Mechaly, A. / Le Coadou, L. / Dupret, J.M. / Haouz, A. / Rodrigues Lima, F.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) フランス
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2024
タイトル: Structural and enzymatic evidence for the methylation of the ACK1 tyrosine kinase by the histone lysine methyltransferase SETD2.
著者: Le Coadou, L. / Berthelet, J. / Mechaly, A.E. / Michail, C. / Bui, L.C. / Dairou, J. / Haouz, A. / Dupret, J.M. / Rodrigues Lima, F.
履歴
登録2023年8月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone-lysine N-methyltransferase SETD2
B: Activated CDC42 kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,0416
ポリマ－35,4462
非ポリマー5954
水3,135174
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2060 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area13910 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)60.94, 76.33, 77.41
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Histone-lysine N-methyltransferase SETD2 / HIF-1 / Huntingtin yeast partner B / Huntingtin-interacting protein 1 / HIP-1 / Huntingtin- ...HIF-1 / Huntingtin yeast partner B / Huntingtin-interacting protein 1 / HIP-1 / Huntingtin-interacting protein B / Lysine N-methyltransferase 3A / SET domain-containing protein 2 / hSET2 / p231HBP


分子量: 34098.812 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1433-1711 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: SETD2, HIF1, HYPB, KIAA1732, KMT3A, SET2, HSPC069
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BYW2, histone-lysine N-methyltransferase
#2: タンパク質・ペプチド Activated CDC42 kinase 1 / ACK-1 / Tyrosine kinase non-receptor protein 2


分子量: 1347.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q07912, non-specific protein-tyrosine kinase, non-specific serine/threonine protein kinase
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.57 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.1M TRIS pH 8.5, 16%w/v PEG 10000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9801 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.814→34.52 Å / Num. obs: 33159 / % possible obs: 99.36 % / 冗長度: 13.2 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.06118 / Rpim(I) all: 0.01759 / Rrim(I) all: 0.06371 / Net I/σ(I): 21.58
反射 シェル解像度: 1.814→1.879 Å / 冗長度: 12.7 % / Rmerge(I) obs: 1.18 / Mean I/σ(I) obs: 1.77 / Num. unique obs: 3091 / CC1/2: 0.835 / Rpim(I) all: 0.3376 / Rrim(I) all: 1.229 / % possible all: 94.23

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.814→40.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU R Cruickshank DPI: 0.119 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.126 / SU Rfree Blow DPI: 0.12 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.116
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2456 1658 -RANDOM
Rwork0.2163 ---
obs0.2178 33160 99.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 48.44 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.8406 Å20 Å20 Å2
2---7.1864 Å20 Å2
3---8.027 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.28 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.814→40.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2052 0 30 174 2256
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0082121HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.952848HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d770SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes380HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2121HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion260SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1805SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.54
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.76
LS精密化 シェル解像度: 1.814→1.83 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2183 33 -
Rwork0.2444 --
obs--75.71 %
精密化 TLSOrigin x: -13.3846 Å / Origin y: -5.1205 Å / Origin z: 3.0299 Å
111213212223313233
T0 Å20 Å20 Å2-0 Å20 Å2--0 Å2
L0 °20 °20 °2-0 °20 °2--0 °2
S0 Å °0 Å °0 Å °0 Å °0 Å °0 Å °0 Å °0 Å °0 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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