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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8q5j | |||||||||
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タイトル | Cytochrome P450 monooxygenase from Streptomyces scabiei (SscaCYP) | |||||||||
要素 | Cytochrome P450 107B1 | |||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / CYP / P450 / cytochrome P450 / CYP-peroxygenase / Streptomyces scabiei / hydrogen peroxide | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Streptomyces scabiei (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.48 Å | |||||||||
データ登録者 | Opperman, D.J. / Ebrecht, A.C. | |||||||||
資金援助 | 英国, 2件
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引用 | ジャーナル: Catalysis Science And Technology / 年: 2023 タイトル: Natural alternative heme-environments allow efficient peroxygenase activity by cytochrome P450 monooxygenases 著者: Ebrecht, A.C. / Smit, M.S. / Opperman, D.J. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8q5j.cif.gz | 100 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8q5j.ent.gz | 73.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8q5j.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8q5j_validation.pdf.gz | 791.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8q5j_full_validation.pdf.gz | 793 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8q5j_validation.xml.gz | 18.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8q5j_validation.cif.gz | 28.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q5/8q5j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q5/8q5j | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44297.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptomyces scabiei (バクテリア) 遺伝子: SsS58_05869 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold / 参照: UniProt: A0A100JTL7 |
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#2: 化合物 | ChemComp-HEM / |
#3: 化合物 | ChemComp-MG / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.5 % |
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結晶化 | 温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2 M magnesium formate dihydrate, 20% w/v polyethylene glycol 3,350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9999 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月19日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9999 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.48→47.38 Å / Num. obs: 139161 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.3 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.154 / Rrim(I) all: 0.168 / Net I/σ(I): 9.82 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.48→47.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.968 / SU B: 1.541 / SU ML: 0.053 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.061 / ESU R Free: 0.063 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.95 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.48→47.38 Å
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拘束条件 |
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