[English] 日本語
Yorodumi- PDB-8q5j: Cytochrome P450 monooxygenase from Streptomyces scabiei (SscaCYP) -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8q5j | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Cytochrome P450 monooxygenase from Streptomyces scabiei (SscaCYP) | |||||||||
Components | Cytochrome P450 107B1 | |||||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / CYP / P450 / cytochrome P450 / CYP-peroxygenase / Streptomyces scabiei / hydrogen peroxide | |||||||||
Function / homology | Function and homology information oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Streptomyces scabiei (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.48 Å | |||||||||
Authors | Opperman, D.J. / Ebrecht, A.C. | |||||||||
Funding support | United Kingdom, 2items
| |||||||||
Citation | Journal: Catalysis Science And Technology / Year: 2023 Title: Natural alternative heme-environments allow efficient peroxygenase activity by cytochrome P450 monooxygenases Authors: Ebrecht, A.C. / Smit, M.S. / Opperman, D.J. | |||||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8q5j.cif.gz | 100 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb8q5j.ent.gz | 73.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8q5j.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8q5j_validation.pdf.gz | 791.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 8q5j_full_validation.pdf.gz | 793 KB | Display | |
Data in XML | 8q5j_validation.xml.gz | 18.8 KB | Display | |
Data in CIF | 8q5j_validation.cif.gz | 28.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q5/8q5j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q5/8q5j | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
---|
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
| ||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 44297.922 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptomyces scabiei (bacteria) / Gene: SsS58_05869 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Variant (production host): Gold / References: UniProt: A0A100JTL7 |
---|---|
#2: Chemical | ChemComp-HEM / |
#3: Chemical | ChemComp-MG / |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | N |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.43 Å3/Da / Density % sol: 49.5 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 289.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.2 M magnesium formate dihydrate, 20% w/v polyethylene glycol 3,350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 93 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I24 / Wavelength: 0.9999 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Mar 19, 2023 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9999 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.48→47.38 Å / Num. obs: 139161 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 12.3 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.154 / Rrim(I) all: 0.168 / Net I/σ(I): 9.82 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
|
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.48→47.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.968 / SU B: 1.541 / SU ML: 0.053 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.061 / ESU R Free: 0.063 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 19.95 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: 1 / Resolution: 1.48→47.38 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
|